RAxML-NG 开源项目教程

RAxML-NG 开源项目教程

raxml-ngRAxML Next Generation: faster, easier-to-use and more flexible项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ra/raxml-ng

项目介绍

RAxML-NG 是一个用于推断系统发育树的工具，采用最大似然（ML）优化准则。它是 RAxML 的继任者，利用了 libpll 中高度优化的似然计算实现，提供了比前版本更快的速度、更大的灵活性和更好的用户友好性。RAxML-NG 还实现了 ExaML 中的一些特性，如检查点设置和分区对齐的高效负载均衡。

项目快速启动

安装

对于大多数桌面 Unix/Linux 和 macOS 系统，安装 RAxML-NG 最简单的方法是使用预编译的二进制文件。以下是安装步骤：

# 克隆仓库
git clone https://github.com/amkozlov/raxml-ng.git

# 进入目录
cd raxml-ng

# 编译
mkdir build && cd build
cmake ..
make

基本使用

以下是一个简单的使用示例，用于构建一个最大似然树：

# 运行 RAxML-NG
./raxml-ng --msa example.fasta --model GTR+G --prefix T1 --threads 2 --seed 2

应用案例和最佳实践

案例一：基因组规模的数据分析

RAxML-NG 可以处理大规模的基因组数据，通过并行化和优化算法，提高了处理速度和效率。例如，使用 --workers 选项可以实现粗粒度并行化，加速树搜索过程。

案例二：祖先状态重建

RAxML-NG 支持祖先状态重建，通过 --ancestral 命令可以推断序列的祖先状态，这对于理解进化过程中的遗传变化非常有用。

典型生态项目

项目一：ExaML

ExaML 是 RAxML 的超算版本，提供了高效的负载均衡和检查点功能。RAxML-NG 继承了 ExaML 的一些特性，使其更适合大规模并行计算环境。

项目二：libpll

libpll 是一个高度优化的似然计算库，RAxML-NG 利用 libpll 的计算能力，提供了快速准确的系统发育树推断。

通过以上内容，您可以快速了解和使用 RAxML-NG 进行系统发育树的推断和分析。

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