RAxML-NG 开源项目教程
项目介绍
RAxML-NG 是一个用于推断系统发育树的工具,采用最大似然(ML)优化准则。它是 RAxML 的继任者,利用了 libpll 中高度优化的似然计算实现,提供了比前版本更快的速度、更大的灵活性和更好的用户友好性。RAxML-NG 还实现了 ExaML 中的一些特性,如检查点设置和分区对齐的高效负载均衡。
项目快速启动
安装
对于大多数桌面 Unix/Linux 和 macOS 系统,安装 RAxML-NG 最简单的方法是使用预编译的二进制文件。以下是安装步骤:
# 克隆仓库
git clone https://github.com/amkozlov/raxml-ng.git
# 进入目录
cd raxml-ng
# 编译
mkdir build && cd build
cmake ..
make
基本使用
以下是一个简单的使用示例,用于构建一个最大似然树:
# 运行 RAxML-NG
./raxml-ng --msa example.fasta --model GTR+G --prefix T1 --threads 2 --seed 2
应用案例和最佳实践
案例一:基因组规模的数据分析
RAxML-NG 可以处理大规模的基因组数据,通过并行化和优化算法,提高了处理速度和效率。例如,使用 --workers
选项可以实现粗粒度并行化,加速树搜索过程。
案例二:祖先状态重建
RAxML-NG 支持祖先状态重建,通过 --ancestral
命令可以推断序列的祖先状态,这对于理解进化过程中的遗传变化非常有用。
典型生态项目
项目一:ExaML
ExaML 是 RAxML 的超算版本,提供了高效的负载均衡和检查点功能。RAxML-NG 继承了 ExaML 的一些特性,使其更适合大规模并行计算环境。
项目二:libpll
libpll 是一个高度优化的似然计算库,RAxML-NG 利用 libpll 的计算能力,提供了快速准确的系统发育树推断。
通过以上内容,您可以快速了解和使用 RAxML-NG 进行系统发育树的推断和分析。