GA4GH基因组数据模型与API教程

GA4GH基因组数据模型与API教程

ga4gh-schemasModels and APIs for Genomic data. RETIRED 2018-01-24项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ga/ga4gh-schemas

1. 目录结构及介绍

GA4GH（全球基因组与健康联盟）的schemas项目已经退役于2018年1月24日，但我们可以基于其最后的档案了解其基本结构。以下是对该项目典型结构的一个回顾：

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├── doc                    # 文档相关资料
├── python                 # Python相关的代码或脚本
├── scripts                # 执行特定任务的脚本
├── src/main/proto         # 主要的Protocol Buffers定义，用于数据交换格式
├── tests                  # 单元测试和集成测试
├── tools                  # 开发辅助工具
├── flake8                 # 代码风格检查配置
├── gitignore              # Git忽略文件列表
├── travis.yml             # Travis CI 配置文件
├── CONTRIBUTING.rst       # 贡献者指南
├── INSTALL.rst            # 安装指南
├── KEYS                   # 可能包含了项目的公钥或签名密钥
├── LICENSE                # 许可证文件，采用Apache-2.0
├── Makefile               # Make命令执行的规则
├── README.rst             # 项目介绍和快速入门
├── pom.xml                # Maven项目的构建配置文件，用于Java相关的构建
├── readthedocs.yml        # ReadTheDocs构建配置
└── setup.py               # Python包的安装文件，用于pip安装

注意： 由于项目已退役，实际使用时需查找最新的相关替代方案或依赖。

2. 项目的启动文件介绍

对于一个已退役的项目，没有明确的“启动文件”直接适用于运行整个系统。然而，如果是希望理解如何与这些数据模型或API交互，通常会从Python脚本(python目录下的示例)或者利用Protocol Buffers编译后的服务（src/main/proto定义的服务）入手。在活动项目中，这可能涉及调用入口点脚本或服务启动命令，但在这种情况下，关注点应转向协议和服务的定义本身。

3. 项目的配置文件介绍

鉴于此项目退役状态，没有直接的配置文件被特别指出。历史版本中，配置信息可能分散在多个地方，如环境变量设置、Makefile中的默认值，或是通过外部库和工具进行管理。例如，travis.yml用于CI/CD流程的配置，而pom.xml对Java项目来说是关键的构建配置文件。若在类似的活跃项目中寻找配置文件，一般会寻找.env、config.yml、settings.ini之类的文件来定制化应用的行为。

请注意，因为这个项目已经不再维护，上述分析基于标准的软件开发实践，并非基于该仓库的实时状态。在处理类似项目时，务必参考最新的文档和指导。

ga4gh-schemasModels and APIs for Genomic data. RETIRED 2018-01-24项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ga/ga4gh-schemas