msprime 项目教程

msprime 项目教程

msprimeSimulate genealogical trees and genomic sequence data using population genetic models项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ms/msprime

1. 项目的目录结构及介绍

msprime 项目的目录结构如下：

msprime/
├── msprime/
│   ├── __init__.py
│   ├── cli.py
│   ├── demographic_models.py
│   ├── mutations.py
│   ├── sim_ancestry.py
│   ├── sim_mutations.py
│   ├── ...
├── tests/
│   ├── test_ancestry.py
│   ├── test_mutations.py
│   ├── ...
├── docs/
│   ├── index.rst
│   ├── installation.rst
│   ├── ...
├── README.md
├── LICENSE
├── pyproject.toml
├── setup.py
└── ...

目录结构介绍：

• msprime/: 包含项目的主要代码文件，如 __init__.py、cli.py、demographic_models.py 等。
• tests/: 包含项目的测试文件，如 test_ancestry.py、test_mutations.py 等。
• docs/: 包含项目的文档文件，如 index.rst、installation.rst 等。
• README.md: 项目的介绍文件。
• LICENSE: 项目的许可证文件。
• pyproject.toml 和 setup.py: 项目的配置文件。

2. 项目的启动文件介绍

msprime 项目的启动文件主要是 msprime/__init__.py 和 msprime/cli.py。

msprime/__init__.py

这是 msprime 包的初始化文件，包含了项目的核心功能和 API 的导入。

msprime/cli.py

这是 msprime 的命令行接口文件，用户可以通过命令行运行 msprime 的模拟功能。

3. 项目的配置文件介绍

msprime 项目的配置文件主要包括 pyproject.toml 和 setup.py。

pyproject.toml

这是一个标准的 Python 项目配置文件，用于定义项目的依赖、构建工具和其他元数据。

setup.py

这是一个传统的 Python 项目配置文件，用于定义项目的安装和分发信息。

通过这些配置文件，用户可以轻松地安装和配置 msprime 项目。

msprimeSimulate genealogical trees and genomic sequence data using population genetic models项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ms/msprime