STU-Net 开源项目使用教程
项目介绍
STU-Net 是一个可扩展和可迁移的医学图像分割模型,由大规模监督预训练赋能。该项目由 Ziyan Huang 等人在 2023 年提出,旨在通过提供不同规模的模型(S、B、L、H)来满足不同的应用需求。STU-Net 基于 nnU-Net 框架,通过改进默认的卷积块使其更具扩展性,并通过实验评估不同的网络深度和宽度组合,发现同时扩展模型深度和宽度是最优的选择。
项目快速启动
环境准备
在开始之前,请确保您的环境中已安装以下依赖:
- Python 3.7 或更高版本
- PyTorch 1.7 或更高版本
克隆项目
首先,克隆 STU-Net 项目到本地:
git clone https://github.com/uni-medical/STU-Net.git
cd STU-Net
安装依赖
安装项目所需的 Python 包:
pip install -r requirements.txt
运行示例
以下是一个简单的示例,展示如何使用 STU-Net 进行图像分割:
import STU-Net
# 加载预训练模型
model = STU-Net.load_model('small')
# 进行图像分割
result = model.segment(input_image)
应用案例和最佳实践
医学图像分割
STU-Net 在医学图像分割领域表现出色,特别是在处理大规模的 CT 和 MRI 图像时。以下是一个使用 STU-Net 进行 CT 图像分割的示例:
# 加载 CT 图像
ct_image = load_ct_image('path_to_ct_image')
# 使用 STU-Net 进行分割
segmented_image = model.segment(ct_image)
模型微调
对于特定的下游任务,可以使用以下命令进行模型微调:
python run_finetuning.py 3d_fullres STUNetTrainer_base_ft TASKID FOLD -pretrained_weights MODEL
典型生态项目
nnU-Net
STU-Net 基于 nnU-Net 框架,nnU-Net 是一个高度自适应的框架,专门为医学图像分割设计。它能够自动调整网络结构和训练参数,以适应不同的数据集和任务。
TotalSegmentator
TotalSegmentator 是一个大规模的医学图像分割数据集,STU-Net 在该数据集上进行了训练,以提高模型的迁移能力。
通过以上步骤,您可以快速开始使用 STU-Net 进行医学图像分割,并根据需要进行模型微调和优化。