STU-Net 开源项目使用教程

STU-Net 开源项目使用教程

STU-NetThe largest pre-trained medical image segmentation model (1.4B parameters) based on the largest public dataset (>100k annotations), up until April 2023.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/st/STU-Net

项目介绍

STU-Net 是一个可扩展和可迁移的医学图像分割模型，由大规模监督预训练赋能。该项目由 Ziyan Huang 等人在 2023 年提出，旨在通过提供不同规模的模型（S、B、L、H）来满足不同的应用需求。STU-Net 基于 nnU-Net 框架，通过改进默认的卷积块使其更具扩展性，并通过实验评估不同的网络深度和宽度组合，发现同时扩展模型深度和宽度是最优的选择。

项目快速启动

环境准备

在开始之前，请确保您的环境中已安装以下依赖：

• Python 3.7 或更高版本
• PyTorch 1.7 或更高版本

克隆项目

首先，克隆 STU-Net 项目到本地：

git clone https://github.com/uni-medical/STU-Net.git
cd STU-Net

安装依赖

安装项目所需的 Python 包：

pip install -r requirements.txt

运行示例

以下是一个简单的示例，展示如何使用 STU-Net 进行图像分割：

import STU-Net

# 加载预训练模型
model = STU-Net.load_model('small')

# 进行图像分割
result = model.segment(input_image)

应用案例和最佳实践

医学图像分割

STU-Net 在医学图像分割领域表现出色，特别是在处理大规模的 CT 和 MRI 图像时。以下是一个使用 STU-Net 进行 CT 图像分割的示例：

# 加载 CT 图像
ct_image = load_ct_image('path_to_ct_image')

# 使用 STU-Net 进行分割
segmented_image = model.segment(ct_image)

模型微调

对于特定的下游任务，可以使用以下命令进行模型微调：

python run_finetuning.py 3d_fullres STUNetTrainer_base_ft TASKID FOLD -pretrained_weights MODEL

典型生态项目

nnU-Net

STU-Net 基于 nnU-Net 框架，nnU-Net 是一个高度自适应的框架，专门为医学图像分割设计。它能够自动调整网络结构和训练参数，以适应不同的数据集和任务。

TotalSegmentator

TotalSegmentator 是一个大规模的医学图像分割数据集，STU-Net 在该数据集上进行了训练，以提高模型的迁移能力。

通过以上步骤，您可以快速开始使用 STU-Net 进行医学图像分割，并根据需要进行模型微调和优化。

STU-NetThe largest pre-trained medical image segmentation model (1.4B parameters) based on the largest public dataset (>100k annotations), up until April 2023.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/st/STU-Net