SAMed 开源项目使用教程

SAMed 开源项目使用教程

SAMedThe implementation of the technical report: "Customized Segment Anything Model for Medical Image Segmentation"项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sa/SAMed

项目介绍

SAMed 是一个基于深度学习的医学图像处理项目，旨在提供高效的医学数据分析工具。该项目利用先进的视觉转换器（ViT）模型，特别是在 vit_l 和 vit_h 模式下，进行数据处理和分析。SAMed 项目支持 Linux 系统，并提供了详细的安装和使用指南，以便用户能够快速上手并应用于实际的医学研究中。

项目快速启动

环境准备

在开始之前，请确保您的系统满足以下要求：

• Linux 系统（推荐 Ubuntu 18.04）
• Anaconda Python 3.7.11
• Pytorch 1.9.1

安装步骤

1. 克隆仓库

   git clone https://github.com/hitachinsk/SAMed.git
   

2. 创建并激活 Conda 环境

   conda create -n SAMed python=3.7.11
   conda activate SAMed
   

3. 安装依赖

   pip install -r requirements.txt
   

数据预处理

如果您有原始的 Synapse 数据集，可以使用提供的预处理脚本进行数据处理和归一化：

# 请参考项目文档中的具体脚本路径

快速启动

我们强烈推荐您尝试在线演示。目前提供了 SAMed 和 SAMed_s 模型，以便快速复现我们的结果。以下是启动代码示例：

# 请参考项目文档中的具体启动代码

应用案例和最佳实践

SAMed 项目在医学图像分析领域有着广泛的应用。例如，它可以用于肿瘤检测、器官分割和病变识别等任务。通过使用 SAMed，研究人员可以更快速地进行数据分析，提高研究的效率和准确性。

典型生态项目

SAMed 项目与多个医学图像处理和分析的开源项目紧密结合，形成了丰富的生态系统。这些项目包括但不限于：

• MedPy: 一个用于医学图像处理的 Python 库。
• NiftyNet: 一个开源的深度学习框架，专门用于医学图像分析。
• MONAI: 一个用于医疗 AI 应用的高性能计算库。

通过结合这些项目，SAMed 能够提供更全面的解决方案，满足不同医学研究的需求。

SAMedThe implementation of the technical report: "Customized Segment Anything Model for Medical Image Segmentation"项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/sa/SAMed