nf-core/mag：开源生物信息学管道的最佳实践

nf-core/mag：开源生物信息学管道的最佳实践

magAssembly and binning of metagenomes项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ma/mag

项目介绍

nf-core/mag 是一个生物信息学最佳实践分析管道，专门用于元基因组的组装、分箱和注释。该项目由Hadrien Gourlé在SLU开发，并得到了Quantitative Biology Center (QBiC)、Max Planck Institute for Evolutionary Anthropology等机构的支持。nf-core/mag 提供了一个全面的解决方案，支持短读和长读数据，涵盖了从数据质量控制到基因组分箱的全过程。

项目技术分析

nf-core/mag 基于Nextflow框架，这是一个强大的工作流管理系统，能够轻松处理和并行化复杂的计算任务。管道集成了多种先进的生物信息学工具，如fastp、Porechop、MEGAHIT、SPAdes等，确保了数据处理的高效性和准确性。此外，管道还支持多种运行环境，包括Docker、Singularity和Conda，使得部署和运行更加灵活和便捷。

项目及技术应用场景

nf-core/mag 适用于广泛的生物信息学研究领域，特别是在微生物组学、环境基因组学和临床诊断中。例如，研究人员可以使用该管道来分析来自不同环境的样本，以发现新的微生物种类和功能基因。此外，nf-core/mag 也适用于古代DNA的研究，通过其集成的PyDamage和Freebayes工具，可以有效地验证和修复古代DNA数据。

项目特点

• 全面性：nf-core/mag 提供了从数据预处理到基因组分箱的全套解决方案。
• 灵活性：支持多种运行环境，包括Docker、Singularity和Conda。
• 高效性：基于Nextflow框架，能够高效处理和并行化复杂的计算任务。
• 社区支持：拥有活跃的开发和用户社区，提供持续的技术支持和更新。

nf-core/mag 不仅是一个强大的生物信息学工具，也是一个开放和协作的平台，欢迎全球的研究人员使用和贡献。通过使用nf-core/mag，研究人员可以更有效地进行元基因组分析，推动生物信息学领域的进步。

---

参考文献：

• nf-core/mag: a best-practice pipeline for metagenome hybrid assembly and binning Sabrina Krakau, Daniel Straub, Hadrien Gourlé, Gisela Gabernet, Sven Nahnsen. NAR Genom Bioinform. 2022 Feb 2;4(1):lqac007. doi: 10.1093/nargab/lqac007.

• The nf-core framework for community-curated bioinformatics pipelines. Philip Ewels, Alexander Peltzer, Sven Fillinger, Harshil Patel, Johannes Alneberg, Andreas Wilm, Maxime Ulysse Garcia, Paolo Di Tommaso & Sven

magAssembly and binning of metagenomes项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ma/mag