IQ-TREE 开源项目使用教程

IQ-TREE 开源项目使用教程

IQ-TREE Efficient phylogenomic software by maximum likelihood 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/iq/IQ-TREE

1. 项目的目录结构及介绍

IQ-TREE 是一个用于进行系统发育树推断的软件，其目录结构如下：

IQ-TREE/
├── bin/                # 存放可执行文件
├── doc/                # 包含项目文档
├── examples/           # 示例数据和脚本
├── include/            # 包含项目所需的头文件
├── lib/                # 存放项目依赖的库文件
├── scripts/            # 脚本文件，用于构建或运行项目
├── src/                # 源代码目录，包含项目的核心代码
├── test/               # 测试文件和脚本
└── README.md           # 项目说明文件

• bin/ 目录包含了编译后生成的可执行文件，可以直接运行。
• doc/ 目录包含了项目的文档，通常包括安装指南、用户手册等。
• examples/ 目录提供了使用该软件的实例，包括示例数据和如何使用这些数据的脚本。
• include/ 目录包含了项目源代码中需要引用的头文件。
• lib/ 目录包含了项目所依赖的库文件。
• scripts/ 目录包含了构建和运行项目所需的脚本。
• src/ 目录是项目的核心，包含了所有的源代码。
• test/ 目录包含了测试项目功能和性能的文件和脚本。
• README.md 是项目的说明文件，通常包含了项目的基本信息和如何开始使用该项目。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动通常是通过 bin/ 目录下的可执行文件来完成的。以 iqtree 为例，这是项目的核心执行文件。如果你是通过源代码编译的，那么你可能需要运行以下命令来启动项目：

./bin/iqtree -s input.fas -m GTR+G -nt AUTO

其中：

• -s input.fas 指定输入的序列文件。
• -m GTR+G 指定使用 GTR+G 模型进行推断。
• -nt AUTO 指定自动检测并使用 CPU 核心数。

3. 项目的配置文件介绍

IQ-TREE 的配置通常通过命令行参数来进行，而不是通过单独的配置文件。然而，可以通过创建一个配置文件来保存常用的参数设置，然后在命令行中引用这个配置文件。配置文件可以是简单的文本文件，其中包含了 IQ-TREE 命令的参数。

例如，你可以创建一个名为 iqtree.conf 的文件，内容如下：

-s input.fas
-m GTR+G
-nt AUTO

然后在命令行中，你可以使用 -c 参数来引用这个配置文件：

./bin/iqtree -c iqtree.conf

这将使用配置文件中的参数来运行 IQ-TREE。记得，配置文件中的参数必须与 IQ-TREE 命令行工具接受的参数格式相匹配。

IQ-TREE Efficient phylogenomic software by maximum likelihood 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/iq/IQ-TREE