pyflow-ChIPseq 开源项目教程

pyflow-ChIPseq 开源项目教程

pyflow-ChIPseqa snakemake pipeline to process ChIP-seq files from GEO or in-house 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/py/pyflow-ChIPseq

1. 项目的目录结构及介绍

pyflow-ChIPseq/
├── LICENSE
├── README.md
├── bin
│   └── pyflow_chipseq.py
├── conf
│   └── config.yaml
├── data
│   └── sample_data
├── docs
│   └── tutorial.md
├── scripts
│   └── preprocessing.sh
└── tests
    └── test_suite.py

• LICENSE: 项目许可证文件。
• README.md: 项目说明文档。
• bin: 包含项目的主要执行文件 pyflow_chipseq.py。
• conf: 配置文件目录，包含 config.yaml。
• data: 示例数据目录，包含 sample_data。
• docs: 文档目录，包含 tutorial.md。
• scripts: 预处理脚本目录，包含 preprocessing.sh。
• tests: 测试脚本目录，包含 test_suite.py。

2. 项目的启动文件介绍

项目的启动文件位于 bin 目录下，名为 pyflow_chipseq.py。该文件是整个项目的主入口，负责初始化配置、加载数据和执行主要流程。

3. 项目的配置文件介绍

项目的配置文件位于 conf 目录下，名为 config.yaml。该文件包含了项目的各种配置参数，如数据路径、参数设置等。配置文件采用 YAML 格式，便于阅读和修改。

data_path: "data/sample_data"
output_path: "output"
parameters:
  window_size: 200
  step_size: 50

• data_path: 数据路径。
• output_path: 输出路径。
• parameters: 各种参数设置，如窗口大小和步长。

pyflow-ChIPseqa snakemake pipeline to process ChIP-seq files from GEO or in-house 项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/py/pyflow-ChIPseq