pyflow-ChIPseq 开源项目教程
1. 项目的目录结构及介绍
pyflow-ChIPseq/
├── LICENSE
├── README.md
├── bin
│ └── pyflow_chipseq.py
├── conf
│ └── config.yaml
├── data
│ └── sample_data
├── docs
│ └── tutorial.md
├── scripts
│ └── preprocessing.sh
└── tests
└── test_suite.py
- LICENSE: 项目许可证文件。
- README.md: 项目说明文档。
- bin: 包含项目的主要执行文件
pyflow_chipseq.py
。 - conf: 配置文件目录,包含
config.yaml
。 - data: 示例数据目录,包含
sample_data
。 - docs: 文档目录,包含
tutorial.md
。 - scripts: 预处理脚本目录,包含
preprocessing.sh
。 - tests: 测试脚本目录,包含
test_suite.py
。
2. 项目的启动文件介绍
项目的启动文件位于 bin
目录下,名为 pyflow_chipseq.py
。该文件是整个项目的主入口,负责初始化配置、加载数据和执行主要流程。
3. 项目的配置文件介绍
项目的配置文件位于 conf
目录下,名为 config.yaml
。该文件包含了项目的各种配置参数,如数据路径、参数设置等。配置文件采用 YAML 格式,便于阅读和修改。
data_path: "data/sample_data"
output_path: "output"
parameters:
window_size: 200
step_size: 50
- data_path: 数据路径。
- output_path: 输出路径。
- parameters: 各种参数设置,如窗口大小和步长。