Mashtree 开源项目使用教程

Mashtree 开源项目使用教程

mashtree:deciduous_tree: Create a tree using Mash distances项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ma/mashtree

目录结构及介绍

Mashtree 项目的目录结构如下：

mashtree/
├── bin/
├── docs/
├── lib/
├── misc/
├── paper/
├── plugins/
├── .gitignore
├── .travis.yml.bak
├── CHANGES
├── CONTRIBUTING.md
├── LICENSE
├── MANIFEST
├── MANIFEST.SKIP
├── Makefile.PL
├── README.md

详细介绍

• bin/: 包含可执行脚本文件。
• docs/: 包含项目文档。
• lib/: 包含项目的主要代码库。
• misc/: 包含一些杂项文件。
• paper/: 包含与项目相关的论文文件。
• plugins/: 包含插件文件。
• .gitignore: Git 忽略文件配置。
• .travis.yml.bak: Travis CI 配置文件备份。
• CHANGES: 项目变更记录。
• CONTRIBUTING.md: 贡献指南。
• LICENSE: 项目许可证。
• MANIFEST: 项目文件清单。
• MANIFEST.SKIP: 忽略的文件清单。
• Makefile.PL: Perl 的 Makefile 配置。
• README.md: 项目说明文档。

项目的启动文件介绍

Mashtree 项目的启动文件位于 bin/ 目录下，主要包括以下文件：

• mashtree: 主启动脚本，用于创建树结构。
• mashtree_bootstrap.pl: 用于生成置信值的脚本。
• mashtree_jackknife.pl: 用于生成置信值的脚本。

使用示例

# 创建树结构
mashtree *.fastq.gz > tree.dnd

# 生成置信值
mashtree_bootstrap.pl --help
mashtree_jackknife.pl --help

项目的配置文件介绍

Mashtree 项目的主要配置文件是 Makefile.PL，它用于配置 Perl 模块的构建过程。此外，.gitignore 文件用于配置 Git 忽略的文件和目录。

Makefile.PL

Makefile.PL 文件包含了项目的构建配置，例如依赖项、构建目标等。

.gitignore

.gitignore 文件列出了在版本控制中需要忽略的文件和目录，例如编译生成的文件、临时文件等。

以上是 Mashtree 开源项目的目录结构、启动文件和配置文件的详细介绍。希望这份教程能帮助你更好地理解和使用 Mashtree 项目。

mashtree:deciduous_tree: Create a tree using Mash distances项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ma/mashtree