P2Rank 开源项目教程

P2Rank 开源项目教程

p2rank P2Rank: Protein-ligand binding site prediction tool based on machine learning. Stand-alone command line program / Java library for predicting ligand binding pockets from protein structure. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/p2/p2rank

1. 项目的目录结构及介绍

P2Rank 项目的目录结构如下：

p2rank/
├── bin/
│   ├── p2rank
│   └── prank
├── config/
│   ├── default.groovy
│   └── ...
├── data/
│   ├── datasets/
│   └── ...
├── docs/
│   ├── README.md
│   └── ...
├── lib/
│   └── ...
├── scripts/
│   └── ...
├── src/
│   ├── main/
│   └── test/
└── ...

目录结构介绍

• bin/: 包含项目的启动脚本，如 p2rank 和 prank。
• config/: 包含项目的配置文件，如 default.groovy。
• data/: 包含项目的数据集和其他数据文件。
• docs/: 包含项目的文档，如 README.md。
• lib/: 包含项目依赖的库文件。
• scripts/: 包含项目的脚本文件。
• src/: 包含项目的源代码，分为 main/ 和 test/ 两个部分。

2. 项目的启动文件介绍

P2Rank 项目的启动文件位于 bin/ 目录下，主要包括以下两个文件：

• p2rank: 这是一个 Bash 脚本，用于启动 P2Rank 的主程序。
• prank: 这也是一个 Bash 脚本，通常用于执行特定的任务或命令。

启动文件介绍

• p2rank: 该脚本用于启动 P2Rank 的主程序。通过运行 ./bin/p2rank 可以启动 P2Rank 并执行默认任务。
• prank: 该脚本用于执行特定的任务或命令。通过运行 ./bin/prank <command> 可以执行指定的命令。

3. 项目的配置文件介绍

P2Rank 项目的配置文件位于 config/ 目录下，主要包括以下文件：

• default.groovy: 这是 P2Rank 的默认配置文件，包含了项目的各种配置选项。

配置文件介绍

• default.groovy: 该文件是一个 Groovy 脚本，定义了 P2Rank 的各种配置选项，如数据集路径、模型参数、输出路径等。通过修改该文件，可以自定义 P2Rank 的行为。

通过以上内容，您可以了解 P2Rank 项目的目录结构、启动文件和配置文件的基本信息。

p2rank P2Rank: Protein-ligand binding site prediction tool based on machine learning. Stand-alone command line program / Java library for predicting ligand binding pockets from protein structure. 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/p2/p2rank