KiU-Net-pytorch 开源项目安装与使用指南

KiU-Net-pytorch 开源项目安装与使用指南

KiU-Net-pytorchOfficial Pytorch Code of KiU-Net for Image/3D Segmentation - MICCAI 2020 (Oral), IEEE TMI项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ki/KiU-Net-pytorch

1. 项目的目录结构及介绍

目录结构概览

项目的根目录下包含了多个重要文件与子目录:

• BRATS: 存放了Brain Tumor Segmentation Challenge(BraTS)数据集的相关代码与配置。

• LiTS: 提供Liver Tumor Segmentation Benchmark(LiTS)数据集使用的特定文件和配置。

• arch: 包含模型架构定义的各种文件，例如不同版本的KiU-Net实现。

• extractors: 处理从训练好的模型中抽取特征的过程。

• metrics: 实现了评估模型性能的度量标准，比如Dice系数和Jaccard指数。

• test: 内含测试代码，用于验证模型的表现。

• train: 包括训练模型的主要脚本和逻辑。

• utils: 收集了一系列实用工具函数，帮助简化常见的任务。

• LICENSE: 明确了软件发布的授权条款(MIT许可协议)。

• README.md: 介绍了项目概述、功能和基本使用方法。

2. 启动文件介绍

主要启动文件通常包含于以下目录内:

• train.py: 主要训练流程的入口点，在这里你可以设置训练参数，如批次大小、学习率、epoch数等，并调用对应的模型训练过程。
• test.py: 使用预训练模型或训练完毕的模型进行测试或评估的脚本，通常在此处加载模型权重并执行预测。

具体而言，

• 用户应通过修改train.py中的参数，配置训练阶段所需环境变量，如设备(CPU/GPU)、数据路径、模型保存位置等；
• test.py则负责加载这些预先训练或指定的模型权重，读取待检测图像数据集，应用相应的前向传播计算得到预测结果，并可进一步分析模型性能指标(如精度、召回率等)。

3. 配置文件介绍

虽然KiU-Net-pytorch的大部分配置是在Python脚本内部实现的，但是为了方便调整超参数和模型设置，可能会使用以下几种类型的配置：

嵌入式配置

例一：

# 文件: train.py 或者 test.py

config = {
    "data_dir": "./data",
    "batch_size": 16,
    "learning_rate": 1e-4,
    "num_epochs": 100,
}

if __name__ == "__main__":
    # 根据config字典设置训练或测试的具体参数
    ...

例二：

对于特定数据集(BraTS或LiTS)，可能有专门的配置文件以适应其格式和特性，这类文件通常位于对应数据集的目录里(BRATS/config.ini, LiTS/config.yaml)。

• .ini 或 .yaml 文件允许更直观地管理配置项，例如数据路径、标签映射规则、数据预处理参数等。

例如，一个.ini配置文件可能看起来像这样:

[data]
path = ./datasets/BraTS/
preprocess_type = "standard"
augment_data = true

或者，使用.yaml格式:

model:
  architecture: KiU-Net
  input_channels: 4
dataset:
  path: ./datasets/LiTS/
  preprocess_method: normalize
training:
  batch_size: 8
  epochs: 200

以上介绍涵盖了KiU-Net-pytorch项目的基础组成部分，为用户提供了一个快速入门的参考框架。

KiU-Net-pytorchOfficial Pytorch Code of KiU-Net for Image/3D Segmentation - MICCAI 2020 (Oral), IEEE TMI项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ki/KiU-Net-pytorch