DScribe 开源项目教程

DScribe 开源项目教程

dscribeDScribe is a python package for creating machine learning descriptors for atomistic systems.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ds/dscribe

项目介绍

DScribe 是一个用于为原子系统创建机器学习描述符的 Python 包。这些描述符可以用于各种任务，包括机器学习、可视化、相似性分析等。DScribe 提供了多种描述符类型，如 Coulomb Matrix、Smooth Overlap of Atomic Positions (SOAP)、Many-body Tensor Representation (MBTR) 等。

项目快速启动

安装

DScribe 可以通过 pip 或 conda 进行安装：

pip install dscribe

或

conda install -c conda-forge dscribe

快速示例

以下是一个简单的示例，展示如何使用 DScribe 创建描述符：

import numpy as np
from ase.build import molecule
from dscribe.descriptors import SOAP, CoulombMatrix

# 定义原子结构
samples = [molecule("H2O"), molecule("NO2"), molecule("CO2")]

# 设置描述符
cm_desc = CoulombMatrix(n_atoms_max=3, permutation="sorted_l2")
soap_desc = SOAP(species=["C", "H", "O", "N"], r_cut=5, n_max=8)

# 计算描述符
cm_descriptors = [cm_desc.create(x) for x in samples]
soap_descriptors = [soap_desc.create(x) for x in samples]

print("Coulomb Matrix 描述符:", cm_descriptors)
print("SOAP 描述符:", soap_descriptors)

应用案例和最佳实践

应用案例

DScribe 可以应用于材料科学中的多种场景，例如：

1. 材料相似性分析：使用 SOAP 描述符来比较不同材料的相似性。
2. 机器学习模型训练：使用 Coulomb Matrix 描述符来训练预测材料性质的模型。

最佳实践

1. 选择合适的描述符：根据具体任务选择最合适的描述符类型。
2. 参数调优：根据数据集的特点调整描述符的参数，以获得最佳性能。

典型生态项目

DScribe 可以与其他材料科学和机器学习项目结合使用，例如：

1. ASE (Atomic Simulation Environment)：用于构建和操作原子结构。
2. Scikit-learn：用于机器学习模型的训练和评估。

通过这些生态项目的结合，可以构建完整的材料科学研究工作流程。

dscribeDScribe is a python package for creating machine learning descriptors for atomistic systems.项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/ds/dscribe