REANA 项目教程

REANA 项目教程

reanaREANA: Reusable research data analysis platform项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/re/reana

1. 项目的目录结构及介绍

REANA 项目的目录结构如下：

reana/
├── docs/
├── examples/
├── reana/
│   ├── client/
│   ├── server/
│   ├── workflow/
│   └── ...
├── scripts/
├── tests/
├── .gitignore
├── LICENSE
├── README.md
└── setup.py

目录结构介绍

• docs/: 包含项目的文档文件，如用户指南、开发者指南等。
• examples/: 包含一些示例分析工作流，帮助用户快速上手。
• reana/: 核心代码目录，包含客户端、服务器和各种工作流引擎的实现。
  • client/: REANA 客户端的实现代码。
  • server/: REANA 服务器的实现代码。
  • workflow/: 支持的各种工作流引擎的实现代码。
• scripts/: 包含一些脚本文件，如创建管理员用户的脚本。
• tests/: 包含项目的测试代码。
• .gitignore: Git 忽略文件列表。
• LICENSE: 项目的开源许可证文件。
• README.md: 项目的介绍和使用说明。
• setup.py: 项目的安装脚本。

2. 项目的启动文件介绍

REANA 项目的启动文件主要包括 setup.py 和 reana/server/ 目录下的相关文件。

setup.py

setup.py 是 Python 项目的标准安装脚本，用于定义项目的元数据和依赖项。通过运行 python setup.py install 可以安装 REANA 项目。

reana/server/

reana/server/ 目录下包含 REANA 服务器的核心代码，其中 reana/server/app.py 是服务器的启动文件。通过运行 python reana/server/app.py 可以启动 REANA 服务器。

3. 项目的配置文件介绍

REANA 项目的配置文件主要包括 reana.yaml 和 reana-client.cfg。

reana.yaml

reana.yaml 是 REANA 工作流的配置文件，定义了工作流的输入、输出、参数等信息。以下是一个简单的 reana.yaml 示例：

workflow:
  type: serial
  specification:
    steps:
      - environment: 'python:3.8'
        commands:
          - 'python code/mycode.py -i inputs/mydata.csv -o outputs/results.csv'
inputs:
  files:
    - code/mycode.py
    - inputs/mydata.csv
outputs:
  files:
    - outputs/results.csv

reana-client.cfg

reana-client.cfg 是 REANA 客户端的配置文件，定义了客户端的配置选项，如服务器地址、认证信息等。以下是一个简单的 reana-client.cfg 示例：

[default]
REANA_SERVER_URL = https://reana.cern.ch
REANA_ACCESS_TOKEN = mysecrettoken

通过这些配置文件，用户可以自定义 REANA 工作流的行为和客户端的连接方式。

reanaREANA: Reusable research data analysis platform项目地址:https://gitcode.com/gh_mirrors/re/reana