CAT_pack 项目使用教程

CAT_pack 项目使用教程

CAT_pack CAT/BAT/RAT: tools for taxonomic classification of contigs and metagenome-assembled genomes (MAGs) and for taxonomic profiling of metagenomes 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ca/CAT_pack

1. 项目目录结构及介绍

CAT_pack 项目的目录结构如下：

CAT_pack/
├── CHANGELOG.md
├── LICENSE.md
├── README.md
├── tests/
│   └── data/
└── CAT_pack

目录结构介绍

• CHANGELOG.md: 记录项目的更新日志。
• LICENSE.md: 项目的开源许可证文件，采用 MIT 许可证。
• README.md: 项目的主文档，包含项目的介绍、安装、使用说明等。
• tests/: 包含项目的测试数据和测试脚本。
• CAT_pack: 项目的启动文件，包含主要的可执行脚本。

2. 项目启动文件介绍

项目的启动文件是 CAT_pack，它是一个可执行脚本，用于运行 CAT、BAT 和 RAT 工具。

启动文件功能

• CAT: 用于对长 DNA 序列和元基因组组装的基因组（MAGs）进行分类。
• BAT: 用于对元基因组组装的基因组（MAGs）进行分类。
• RAT: 用于估计元基因组的微生物组成。

启动命令

$ ./CAT_pack --help

该命令将显示 CAT_pack 工具的帮助信息，包括所有可用的命令和选项。

3. 项目配置文件介绍

CAT_pack 项目没有明确的配置文件，但可以通过命令行参数进行配置。主要的配置选项包括数据库路径、输入文件路径等。

配置示例

$ ./CAT_pack -db nr -o path/to/nr_data_dir

该命令用于下载和处理 NCBI 的 nr 数据库，并将其存储在指定的目录中。

其他配置选项

• -db: 指定数据库类型（如 nr 或 gtdb）。
• -o: 指定输出目录。
• --version: 显示当前版本信息。

通过这些配置选项，用户可以根据需要自定义 CAT_pack 的运行参数。

CAT_pack CAT/BAT/RAT: tools for taxonomic classification of contigs and metagenome-assembled genomes (MAGs) and for taxonomic profiling of metagenomes 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/ca/CAT_pack