Primer3-py 技术文档

Primer3-py 技术文档

primer3-py Simple oligo analysis and primer design 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pr/primer3-py

1. 安装指南

1.1 系统要求

• Python 3.8 及以上版本
• 系统支持 Cython 编译

1.2 安装步骤

使用 pip 安装

pip install primer3-py

从源码安装

1. 克隆项目仓库：

   git clone https://github.com/libnano/primer3-py.git
   cd primer3-py
   

2. 安装依赖：

   pip install -r requirements.txt
   

3. 编译并安装：

   python setup.py install
   

2. 项目使用说明

2.1 基本使用

Primer3-py 提供了一个简单且可靠的接口，用于自动化 oligo 分析和引物设计。以下是一些基本的使用示例：

import primer3

# 计算引物的熔解温度 (Tm)
tm = primer3.calc_tm('GTAAAACGACGGCCAGT')
print(f"Tm: {tm}")

# 计算引物的发夹结构
hairpin = primer3.calc_hairpin('CCCCCATCCGATCAGGGGG')
print(f"Hairpin: {hairpin}")

2.2 性能优势

Primer3-py 比传统的子进程包装器快约 1000 倍：

import primer3
import tests.wrapper

# 使用 primer3-py 计算 Tm
%timeit primer3.calc_tm('GTAAAACGACGGCCAGT')

# 使用传统包装器计算 Tm
%timeit tests.wrapper.calc_tm('GTAAAACGACGGCCAGT')

3. 项目 API 使用文档

3.1 主要分析和设计 API

• calc_tm(sequence: str) -> float: 计算引物的熔解温度。
• calc_hairpin(sequence: str) -> ThermoResult: 计算引物的发夹结构。

3.2 低级热力学分析

• primer3.thermoanalysis: 提供低级热力学分析功能。

3.3 辅助函数

• reverse_complement(sequence: str) -> str: 计算序列的反向互补序列。
• sanitize_sequence(sequence: str) -> str: 清理和标准化序列。

4. 项目安装方式

4.1 使用 pip 安装

pip install primer3-py

4.2 从源码安装

1. 克隆项目仓库：

   git clone https://github.com/libnano/primer3-py.git
   cd primer3-py
   

2. 安装依赖：

   pip install -r requirements.txt
   

3. 编译并安装：

   python setup.py install
   

通过以上步骤，您可以轻松安装并使用 Primer3-py 进行 oligo 分析和引物设计。如需更多帮助，请参考官方文档：Primer3-py 文档。

primer3-py Simple oligo analysis and primer design 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/pr/primer3-py