MMseqs2 常见问题解决方案

MMseqs2 常见问题解决方案

MMseqs2 MMseqs2: ultra fast and sensitive search and clustering suite 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mm/MMseqs2

项目基础介绍

MMseqs2（Many-against-Many sequence searching）是一个用于搜索和聚类大量蛋白质和核酸序列集的软件套件。MMseqs2 是一个开源的 GPL-3.0 许可软件，主要使用 C++ 语言实现，支持 Linux、MacOS 和 Windows（通过 cygwin 的 beta 版本）。该软件设计为在多核和服务器上运行，具有非常好的可扩展性。MMseqs2 比 BLAST 快 10000 倍，在速度快 100 倍的情况下几乎达到相同的敏感度。它还可以以比 PSI-BLAST 快 400 倍的速度执行具有相同敏感度的轮廓搜索。

新手使用注意事项及解决方案

1. 安装问题

问题描述：新手在安装 MMseqs2 时可能会遇到编译错误或依赖问题。

解决方案：

• 使用 Homebrew 安装：

  brew install mmseqs2
  

• 使用 Conda 安装：

  conda install -c conda-forge -c bioconda mmseqs2
  

• 使用 Docker 安装：

  docker pull ghcr.io/soedinglab/mmseqs2
  

2. 数据库路径问题

问题描述：在使用 MMseqs2 进行搜索或聚类时，可能会遇到数据库路径错误。

解决方案：

• 检查数据库路径：确保数据库文件路径正确，并且文件存在。
• 使用绝对路径：在调用 MMseqs2 命令时，使用数据库文件的绝对路径。
• 示例命令：

  mmseqs search /path/to/queryDB /path/to/targetDB /path/to/resultDB /path/to/tmp
  

3. 多服务器搜索问题

问题描述：在多服务器环境下使用 MMseqs2 进行搜索时，可能会遇到 MPI 支持问题。

解决方案：

• 检查 MPI 支持：确保 MMseqs2 版本支持 MPI。版本字符串中带有 -MPI 后缀表示支持 MPI。
• 设置环境变量：在多服务器环境下，设置 RUNNER 环境变量以使用 MPI 命令。
• 示例命令：

  export RUNNER="mpirun -pernode -np 42"
  mmseqs search queryDB targetDB resultDB tmp
  

通过以上解决方案，新手可以更好地理解和使用 MMseqs2 项目。

MMseqs2 MMseqs2: ultra fast and sensitive search and clustering suite 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/mm/MMseqs2