VM-UNet安装与配置完全指南

VM-UNet安装与配置完全指南

VM-UNet 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/vm/VM-UNet

项目基础介绍及编程语言

项目名称: VM-UNet

主要编程语言: Python

VM-UNet是“Vision Mamba UNet”用于医学图像分割的官方代码库。该模型结合了状态空间模型（如Mamba）的优势，设计成U形架构，特别适合于处理医疗图像中的长距离交互，并保持线性计算复杂度。通过引入视觉状态空间（VSS）块来捕捉广泛的上下文信息，并构建非对称编码器-解码器结构，该模型在ISIC17、ISIC18和Synapse数据集上进行了全面测试，展现出了出色的性能。

关键技术和框架

• 状态空间模型 (State Space Models): 利用以Mamba为代表的状态空间模型进行长期依赖建模。
• PyTorch: 主要深度学习框架，支持模型训练和推理。
• Transformers与CNN的混合: 虽提及但未直接应用于代码库中，而是借鉴其设计理念。
• 其他库: 包括timm, torchvision, SimpleITK, medpy等，用于模型实现、数据处理与评估。

安装与配置步骤

环境准备

首先，确保你的系统已安装Python 3.8或更高版本。接下来，创建并激活一个名为vmunet的虚拟环境：

conda create -n vmunet python=3.8
conda activate vmunet

安装依赖项

执行以下命令安装所有必要的Python包，包括PyTorch和其他依赖项。部分特定库需从特定源下载Whl文件，如causal_conv1d 和 mamba_ssm。

pip install torch==1.13.0 torchvision==0.14.0 torchaudio==0.13.0 --extra-index-url https://download.pytorch.org/whl/cu117
pip install packaging timm==0.4.12 pytest chardet yacs termcolor submitit tensorboardX triton==2.0.0
pip install causal_conv1d==1.0.0  # 注意：根据实际提供的链接下载正确版本的.whl文件
pip install mamba_ssm==1.0.1     # 同样，可能需要手动查找对应平台的Whl
pip install scikit-learn matplotlib thop h5py SimpleITK scikit-image medpy yacs

数据集准备

ISIC Datasets (ISIC17, ISIC18)

• 下载数据集，遵循提供的百度网盘或Google Drive链接。
• 将数据按要求放置到/data/isic17/ 和 /data/isic18/目录下，保持正确的文件结构。

Synapse Dataset

• 参照Swin-UNet的说明获取数据或使用百度网盘链接下载。
• 解压并将数据组织至/data/Synapse/，遵循项目的文件格式指导。

预训练权重下载

• 获取VMamba的预训练权重文件，并保存到/pretrained_weights/目录下。

开始训练

进入项目根目录并根据目标数据集启动训练：

• 训练ISIC17或ISIC18上的VM-UNet:

  cd VM-UNet
  python train.py
  

• 训练Synapse数据集上的VM-UNet:

  python train_synapse.py
  

结果与验证

训练完成后，结果将保存在/results/目录下，你可以查看和分析这些输出以评估模型性能。

至此，您已成功安装和配置了VM-UNet项目，可以开始探索和利用它进行医学图像的分割任务了。记得在实际应用中遵守相关数据保护法规和伦理标准。

VM-UNet 项目地址: https://gitcode.com/gh_mirrors/vm/VM-UNet