药理实验笔记-CSDN博客

原创从GEO数据库下载转录组数据分析步骤

1.FTP（File Transfer Protocol）：通过FTP 下载数据时，会提供一个 FTP 地址，用户可以通过工具连接到 GEO 的服务器并下载文件。在各大测序数据库中，作者往往不会将自己整理好的数据直接上传，而是放一个raw data。今天分享一个GEO数据库上载录的于2020年发表的人RNA-seq测序数据，并教大家如何处理。小贴士：在GEO 数据库的下载栏中，FTP 和 HTTP 是两种用于下载数据的协议。3.custom和http是一种下载格式，只是custom支持单样本数据下载。

2026-06-14 19:57:15 229

原创国自然热点诺奖前沿：相分离三大技术（b‑isox / TurboID / Hi‑MS）一次讲透

相分离蛋白往往包含内在无序区（IDR）、低复杂度序列（LCS），并携带多价结构域，能够建立多点弱相互作用（如静电作用、π-π堆积、氢键、疏水作用）。因此，如何高效、准确地富集和鉴定参与相分离的蛋白，成为当前研究的焦点。裂解细胞保留凝聚体；将TurboID与目标蛋白融合表达，在ATP和生物素存在下，TurboID快速标记邻近蛋白的赖氨酸残基，随后用链霉亲和素磁珠富集生物素化蛋白进行质谱分析。将这些方法与蛋白质组学联用，可系统鉴定细胞中的相分离蛋白，为揭示相分离的物质基础和调控机制提供有力工具。

2026-06-14 19:54:47 198

原创 AlphaFold使用方法及可视化操作步骤

（14）需要白色背景的回到PyMol调整白色背景，重新导出。（4）然后复制序列粘贴到AlphaFold，提交任务。（1）打开下载文件，选择最高置信度的对接结果。（3）氨基酸序在UniProt下载，（5）重复操作，找到另一个蛋白质序列。（7）介绍一下PyMol的快捷操作。（2）接文件拖入PyMol软件。（8）调整好视角，导出3D结果。（9）去除3D，开始模拟对接。（6）更改文件名字方便管理。（6）转换成3D对接结构。（3）对一条链进行命名。（12）展示氨基酸位点。（2）选择添加蛋白质。（10）计算对接位点。

2026-06-14 19:50:21 231

原创投稿被秒拒？别再拿Cover Letter当“形式主义”！

在冲击SCI及《Nature》《Science》《Cell》等顶级期刊的征途中，许多研究者往往将全部心血倾注于打磨论文正文，却对Cover Letter（投稿信）草草了事。这是一个致命的认知误区。事实上，Cover Letter绝非可有可无的“形式附件”，而是决定稿件生死的“第一道关卡”。对于日理万机的期刊编辑而言，Cover Letter是他们快速判断稿件价值的窗口。一封平庸、敷衍的投稿信，足以让一篇实验扎实、创新充足的优质稿件惨遭“秒拒”（Desk Reject）。反之，一封精准、专业的Cover Le

2026-06-14 19:49:03 168

原创蛋白互作界面残基太多不会挑？教你一步步筛出真正关键的结合位点

在做蛋白–蛋白互作（PPI）研究时，一个非常常见、但也很容易让人犯难的环节是：结构域找到了、对接也做了、分子动力学（MD）也跑了，界面上一口气跳出几十个氨基酸——ARG、LYS、ASP、GLU、TYR……看着都很重要。这时候常见的两种做法其实都不太理想：一股脑全写进文章里，像报菜单，缺乏重点；随手挑几个“看着顺眼”的讲，又容易被质疑依据不足。真正有价值的分析，不是把所有界面残基都罗列出来，而是。

2026-06-14 19:48:06 225

原创 JAK-STAT 信号通路详解

被唤醒的 JAK 会互相「磷酸化」（图里写了 Tyrosine phosphorylation），相当于给信号「通电放大」。（STAT1/2/3/4/5A/5B/6）加上磷酸基团，让 STAT 从「休眠态」变成「激活态」（pSTAT）。橙色（肿瘤）：JAK2、STAT4/5A/5B → 突变后会驱动细胞疯狂增殖，诱发癌症（比如骨髓增殖性肿瘤）。：像「清道夫」，给激活的 JAK/STAT 贴「降解标签」，让它们被细胞「清理掉」。：像「橡皮擦」，直接擦掉 STAT 上的磷酸，让它立刻「断电」。

2026-06-03 10:14:35 200

原创小鼠脊髓取材实操步骤

脊髓作为神经系统的低级中枢，其功能虽然基础，却至关重要；它不仅构成了高级中枢功能的基础，而且高级中枢的某些功能也需要借助脊髓来实现。（5）剪开脊柱，中心白色的就是脊髓。（4）减去不需要的皮肤和肌肉。（7）取出的脊髓如图所示。（6）用镊子取出脊髓。

2026-06-03 10:13:35 212

原创核 DNA 不再被“封印”：Cell 发现细胞可通过纳米管把整段染色体送给邻居

一篇颠覆教科书认知的论文刚刚登上《细胞》——科学家首次证实，人类细胞之间可以直接传递完整的核DNA片段，并且这些“外来基因”能在受体细胞中稳定留存、正常表达，甚至赋予细胞全新的可遗传特性（比如耐药性）。这一发现，无异于在哺乳动物细胞中找到了类似细菌“水平基因转移”的隐秘通道。

2026-06-03 10:12:07 222

原创小鼠脑切片HE图解析：从矢状面到冠状面

11（中脑）、9（脑桥）、8（延髓）、10（脊髓）组成生命活动的基本中枢；：1（皮质）、9（纹状体）、2（胼胝体）、5（侧脑室）、3（海马体）延续了前一张切片的布局，8（丘脑）仍清晰可见。：3（第三脑室）、4（丘脑）、5（下丘脑）、19（视前区）、16（垂体）构成了信息中继和内分泌调控的核心枢纽。：6（中脑）、7（脑桥）是脑干的关键节段，4（小脑）的叶片状结构十分醒目，三者共同调控运动、平衡与觉醒。：1（皮质）覆盖全脑表面，7（胼胝体）在中线处连接左右半球，8（侧脑室）是脑脊液循环的主要腔室。

2026-06-03 10:11:14 300

原创如何用GTEx Portal分析SNP

GWAS 正是通过扫描全基因组范围内的 SNP，寻找那些在病例组中频率显著高于或低于对照组的位点，进而推断这些 SNP 或其邻近区域可能参与了疾病的发生或性状的形成。可以说，没有 SNP，就没有现代意义上的 GWAS；GWAS（Genome-Wide Association Study，全基因组关联分析）是一种无假设驱动的研究方法，旨在通过比较大量病例组（患病个体）和对照组（健康个体）的全基因组 SNP 数据，系统性地识别与特定表型（如疾病、身高、药物反应等）显著相关的遗传变异。

2026-06-03 10:07:15 241

原创结肠“瑞士卷”制片法

在肠道病理研究中，如何完整保留小鼠结肠的全层结构、同时避免人为损伤，一直是实验操作的难点。本文分享一套改良版“瑞士卷”制片技术，无需剖开肠管、无需机械顶压，即可获得高质量的全结肠切片，特别适合炎症、隐窝异常等病变的连续观察。

2026-05-24 11:10:37 225

原创 Masson染色原理、步骤、判读及常见问题

将石蜡切片依次浸入二甲苯Ⅰ（20 min）→ 二甲苯Ⅱ（20 min）→ 无水乙醇Ⅰ（10 min）→ 无水乙醇Ⅱ（10 min）→ 95%酒精（5 min）→ 90%酒精（5 min）→ 80%酒精（5 min）→ 70%酒精（5 min）→ 蒸馏水洗。：依次置入95%酒精Ⅰ（5 min）→ 95%酒精Ⅱ（5 min）→ 无水乙醇Ⅰ（5 min）→ 无水乙醇Ⅱ（5 min）→ 二甲苯Ⅰ（5 min）→ 二甲苯Ⅱ（5 min）；：用于后期酸化固定，强化各组织成分的色彩对比度，避免染色模糊、串色问题。

2026-05-24 11:09:42 424

原创帕金森病脑内aSyn，竟搭着免疫细胞快车直抵肠道

α- 突触核蛋白异常堆积是帕金森病标志性病理改变，长久以来业内普遍认定，该致病蛋白主要依托迷走神经通路，在大脑与肠道间来回传递。而一篇刊发于《Nature Communications》的前沿研究，推翻了这一传统观点，证实CD11c 阳性免疫细胞能够直接搭载病理性 α- 突触核蛋白，将其从脑组织定向输送至回肠部位，进而诱发肠道炎症、消化功能失常，为解析帕金森病脑肠联动病变开辟全新方向。临床中帕金森患者常出现便秘、排便失调等肠胃不适，这类症状往往早于肢体震颤、行动迟缓等运动障碍显现。病理检测也发现，致病的 α

2026-05-22 12:30:13 172

原创别再“拍脑袋”定药浓：IC₅₀ 浓度梯度设计的实用思路

IC₅₀ 实验看似套路，实则处处是坑。与其凭感觉随手加药，不如花两轮预实验，把浓度区间摸清、把有效窗口找准。毕竟，药不是加得越多越好，而是加得刚刚好才最有说服力。

2026-05-22 12:25:15 169

原创巨噬细胞M1型与M2型的差异

M1型巨噬细胞主要由干扰素-γ（IFN-γ）、肿瘤坏死因子-α（TNF-α）及脂多糖（LPS）等促炎信号诱导。M1型是强效的促炎效应细胞，大量分泌IL-1β、TNF-α、IL-6等炎症介质，通过释放ROS和NO直接杀伤病原体及肿瘤细胞，并推动Th1型免疫应答。M2型则表现为免疫抑制与抗炎特性，主要分泌IL-10、TGF-β等抑炎因子，倾向于诱导Th2型反应，通过吞噬作用限制炎症扩散。巨噬细胞具有高度的功能可塑性，依据微环境信号的不同，可极化为功能迥异的M1型（经典活化）与M2型（替代活化）两大表型。

2026-05-22 12:24:16 219

原创如何从知网引用参考文献

（4）下载的文件用EndNote打开，并引用至Word中。（2）找到需要引用的参考文献，选择引用格式。（1）打开知网，搜索文献。

2026-05-22 12:23:10 31

原创基因鉴定步骤及常见问题

请选择适当的引物设计软件进行引物设计，注意引物的 GC 含量、二级结构、二聚体、退火温度、长度、特异性等方面的问题。在加入酶切位点等的引物中，一定要注意加入酶切位点等后整条引物的 GC 含量、二级结构、二聚体、退火温度、长度、特异性等方面的问题。一般情况下，重量约为 15mg 的 1cm 长的小鼠尾尖刚好能浸没在含有 100μl 消化液的 PCR 管中，小鼠尾巴的重量不宜超过 15mg。剪除头发的多余部分，仅需保留头发的根部区域并将其置于上述配制好的 100μl 消化液中，每次提取只需一根带根部的头发。

2026-05-22 12:21:48 309

原创港大教授因AI虚假参考文献卸任副院长

随着生成式AI在学术研究中的普及，越来越多的科研人员开始借助AI工具辅助文献检索、整理与引用，试图提升研究效率，但AI固有的“幻觉”特性，正成为侵蚀学术诚信的隐形杀手。所谓AI“幻觉引文”，并非简单的信息错误，而是AI在缺乏足够权威数据支撑时，基于语义关联“凭空捏造”的虚假引用，这种现象的产生，源于大语言模型的“过度补全”机制——当AI无法检索到精准匹配的文献时，会自动生成看似规范、合理的引用内容，以此满足使用者的需求，却完全无视内容的真实性。

2026-05-17 22:45:39 52

原创基质胶（Matrigel）的适用与非适用实验

基质胶（Matrigel）是一种模拟细胞基底膜及细胞外基质（ECM）成分的培养辅助材料，富含多种与细胞生命活动相关的蛋白质，能构建接近体内环境的三维多孔结构，提供物理支架、生化信号及内源性生长因子，广泛应用于各类细胞培养实验。但并非所有实验都需使用基质胶。

2026-05-17 22:44:53 269

原创 iPS 细胞帕金森疗法落地日本：治疗费 5530 万日元（237.57万人民币）

纳入公共医保，5 月 20 日起正式生效，单人治疗定价为 5530.67 万日元。这也是日本首个获批医保报销的 iPS 细胞再生医疗产品，标志着干细胞治疗从科研走向规模化临床应用的关键一步。2026 年 5 月 13 日，日本中央社会保险医疗委员会正式决议，将全球首款 iPS 细胞来源的帕金森病再生治疗药。这款疗法由日本住友制药联合京都大学高桥淳团队研发，2026 年 3 月已获日本厚生劳动省。，预计今年夏季也将纳入日本医保，共同构成日本 iPS 再生医疗首批落地成果。

2026-05-17 22:43:30 272

原创文献汇报时，免疫荧光图的分析流程

2. 荧光位置=目标蛋白定位：通过荧光出现的位置，能判断目标蛋白是在细胞核附近、细胞质中，还是细胞膜上，（比如某蛋白在病理状态下从细胞质转移到细胞核，可能是启动了下游信号通路）；补充一个小知识点：免疫荧光图还会有“Merge图”（将三种荧光叠加），用来判断两种目标蛋白是否共定位（比如是否都在细胞质中），这篇文献没做，大家读其他文献时可以留意。1. 荧光颜色=目标蛋白种类：不同颜色的荧光对应不同的标记抗体，进而对应不同的目标蛋白（比如绿色可能标记A蛋白，红色标记B蛋白），文献中会在图注里明确说明；

2026-05-14 19:50:44 228

原创蛋白纯化时，使用10kDa 的膜，但15kDa 的蛋白还是会漏？

标称10kDa的膜能让15kDa的蛋白通过，这不是膜的“质量问题”，而是由膜材料的物理化学本质决定的。膜不是绝对意义上的“筛子”，MWCO也只是统计意义上的工程参数。很多人直观地认为：10kDa的膜就像孔径10kDa大小的筛子，比这个“筛孔”大的15kDa蛋白应该被完全拦住，但实际上却并非如此。“我买了一个标称截留分子量10kDa的超滤膜，用来浓缩一个15kDa的蛋白，结果蛋白竟然漏了过去。这意味着即使对于标称分子量的物质，仍然有10%能够透过膜。对于比标称值更大的物质，截留率会更高，但未必达到100%。

2026-05-14 19:48:48 58

原创 WB 检测 HIF-1α ：无带原因及解决办法

HIF-1α是细胞缺氧响应的核心调控因子。在正常氧浓度下，它主要在细胞浆里，而且会被快速降解；一旦缺氧，它就会稳定下来，大量累积并转入细胞核发挥功能。

2026-05-14 19:42:09 54

原创 Dot blot 实验注意事项

随后，利用特异性抗体识别并结合目标蛋白。（晾干可以使 PVDF 膜表面的水分或溶液挥发，使样品中的蛋白质更紧密地吸附在膜上，从而增强结合能力，防止样品在后续操作中移动或扩散。显色：将 ECL 超敏显色剂（A 液：B 液 =1：1）混匀后，按适当体积滴加至 PVDF 膜上，室温反应 10 秒后显色，提前将化学曝光仪预冷，进行曝光，观察并记录结果。二抗孵育：用含 2% 脱脂奶粉的 TBST 溶液以 1：5000 的比例稀释二抗，确保 PVDF 膜被溶液完全浸没，室温孵育 1.5 小时。

2026-05-14 19:28:37 74

原创免疫荧光里多聚甲醛PFA固定的目的

答：甲醛通过化学交联稳定细胞 / 组织的结构和生物大分子的化学性质，保留目标成分的天然理化特征（如电荷、抗原性、特异性结合位点），同时保证染料均匀渗透并与目标成分特异性结合，最终实现清晰、稳定的染色效果。答：福尔马林是 37%-40% 甲醛水溶液，没缓冲体系，还可能掺甲醇，固定机制和 PFA 不一样，会干扰染色。取 200mL ddH₂O 倒入广口瓶，放个磁力搅拌子，加 1mL 1mol/L NaOH 搅匀；答：室温蓝瓶的商品化 PFA 超容易变质，甲醛会氧化成甲酸，让溶液变酸，固定效果大打折扣。

2026-05-10 10:22:28 247

原创 Lys酰化修饰对蛋白结合能力的影响

Lys（赖氨酸）酰化修饰后蛋白结合能力为何会发生改变？要回答这个问题，不能只盯着修饰，而要看赖氨酸原本在蛋白结合中扮演什么角色。酰化修饰往往不是简单地加一个基团，而是直接改写了这个位点的化学身份。

2026-05-10 10:21:11 189

原创细胞侵袭实验细节及实验优化案例

需要注意的细节（一）实验前准备：“铺胶”Matrigel 在 4℃是液态，室温或 37℃会凝固，拿出来后千万别离开冰盒！用预冷的无血清培养基稀释（比如 25-100μg/mL，具体浓度根据细胞类型预实验确定，结直肠癌细胞常用 50-75μg/mL）。轻轻滴 50-100μL 稀释后的 Matrigel 到滤膜上表面，别产生气泡！然后立刻放进 37℃培养箱，至少孵 1-3 小时让它凝成胶状，这层胶就是模拟体内的 “障碍”。

2026-05-08 20:06:31 417

原创 PyMol插件自动可视化氢键、π–π 堆积、阳离子–π、盐桥

今天给大家再分享一个pymol插件！π–π 堆积（Pi-Pi Stacking）第一步：准备PyMOL、PDB文件、插件文件。阳离子–π 作用（Cation–Pi）氢键（Hydrogen Bond）盐桥（Salt Bridge）

2026-05-06 19:51:38 333

原创细胞划痕实验操作及ImageJ数据分析方法

如果，A组依次是24.38%、20.03%、18.95%，B组依次是25.75%、22.52%、17.63%。BW模式（Black & White二值化模式）是通过阈值分割将灰度图像转换为仅含黑白两种颜色的处理方式，细胞区域→白色（255），划痕区域→黑色（0）以横线与划痕交点为固定监测位，划痕后立即拍摄0h基准图像，6/12/24h依次拍照（根据细胞类型调整），保持各时间点视野一致。比如6h后测得面积是50000，则6h的细胞迁移率就是（66122-50000）/ 66122 = 24.38%

2026-05-06 19:50:19 379

原创 Transwell步骤细节与结果分析方法

此时，下腔室加入含特定浓度SDF-1α（例如50-100 ng/mL）的无血清培养基或含低浓度BSA（0.5-1%）的培养基（以稳定因子并减少非特异粘附）。（2）放置小室：用无菌镊子小心地将 Transwell 小室（已包被 Matrigel 的侵袭实验小室或裸膜的迁移实验小室）平稳放入已加好下室培养基的 24 孔板孔中。（3）接种细胞：取 200 µL 制备好的细胞悬液（即 2×10⁴ 个细胞），轻柔、均匀地加入 Transwell 小室的上腔室中。（4）重悬与计数：用无血清培养基重悬细胞沉淀。

2026-05-06 19:49:16 237

原创 PyMol插件自动可视化蛋白与配体（小分子药物）相互作用位点

传统蛋白、配体（药物）可视化需要反复切换软件、手工标注界面残基、调整视角参数。现在，使用插件后，仅需导入PDB对接文件，将自动构建互作位点与对接图，用动态色彩编码结合能，并以分子探针高亮氢键网络与疏水口袋。（1）演示PDB数据库中已经对接好的蛋白与配体（药物）PDB文件。（7）自动计算蛋白与小分子作用的氨基酸位点。（2）用pymol打开下载好的PDB文件。（5）选择cpi的python脚本文件。（15）将导出的结果放入ppt。（9）拖动结合位点至合适视角。（8）放大、旋转至合适视角。

2026-05-03 23:00:15 92

原创 PyMol插件自动可视化蛋白与蛋白相互作用位点

传统蛋白互作可视化需要反复切换软件、手工标注界面残基、调整视角参数。现在，使用插件后，仅需导入PDB对接文件，将自动构建互作位点与对接图，用动态色彩编码结合能，并以分子探针高亮氢键网络与疏水口袋。该插件通过网盘分享：ppi.py。（6）在命令栏里输入“ppi 对接文件名”（7）AI会自动计算结合位点和绘图。（3）添加python脚本文件。（10）恢复蛋白、导出图片。（9）调整位置，美化图片。（11）同时导出整体视图。（8）只保留对接位点。

2026-05-02 17:29:27 400

原创 GPT生成WB条带效果，真假难辨

这不是科幻，而是正在发生的现实。当AI可以一键生成湿实验数据图时，我们不得不直面一个问题：在智能体的未来，学术研究会不会变成-AI 自动造数据-自动盲审-自动发表-的流水线？请生成WB条带，五个通道，从左到右颜色依次变浅，位置130kDa。

2026-05-02 17:27:20 412

原创背根神经节（DRG）的提取步骤图解

再次确认L1、L2、L3、L5节段的DRG已完整取出（L4可能已在前一步处理或作为对照）。– 依次分别摘取T13、L1、L2、L3、L4、L5各节段的DRG，注意避免牵拉损伤。– 定位第13胸椎（T13）至第5腰椎（L5）对应的椎间孔位置，确认DRG所在节段。– 使用精细镊子或显微剪，小心分离DRG周围的神经纤维和结缔组织，完整摘取DRG。– 将取出的DRG迅速转移至预冷的解剖液（如PBS或DMEM）中，保持组织活性。– 在每一节段的椎间孔处找到膨大的背根神经节（DRG），通常紧贴脊神经后根。

2026-04-30 16:37:46 112

原创七种基因递送编辑工具原理

实验室使用的重组腺病毒的原理是：删除腺病毒的致病基因（如E1、E3区），插入目的基因，保留病毒的衣壳蛋白（如六邻体、五邻体），使其能够识别宿主细胞表面的特异性受体，通过内吞作用进入细胞，随后释放病毒DNA到细胞核，利用宿主细胞的转录翻译系统实现目的基因的高效瞬时表达，最终裂解宿主细胞释放病毒颗粒，完成生命周期。例如，在诱导性多能干细胞（iPS细胞）的制备中，可将诱导因子通过游离载体导入体细胞，诱导细胞重编程为iPS细胞，后续可通过可控删除系统去除载体，降低细胞癌变风险，为细胞治疗提供安全的种子细胞；

2026-04-30 16:34:36 348

原创钙成像实验：如何看清细胞钙信号

钙成像技术利用这一特性，将钙指示剂（如Fura-2、Fluo-4）加载到细胞内，指示剂与Ca²⁺结合后，荧光强度、激发/发射波长会发生特异性变化，通过显微镜和成像设备捕捉这种荧光变化，再通过软件分析，即可将荧光信号转化为Ca²⁺浓度变化曲线，实现对细胞功能的实时监测。（4）数据分析：通过成像软件计算340 nm/380 nm荧光强度比值，将比值转化为Ca²⁺浓度，生成钙响应曲线，分析药物或刺激对细胞内Ca²⁺浓度的影响（如药物干预后，肌肉细胞Ca²⁺浓度是否升高/降低，波动幅度是否变化）。

2026-04-28 09:15:58 550

原创细胞间通讯调控机制

脂溶性配体入胞后，与胞内受体结合形成复合物，经核孔转运至细胞核，直接结合目的基因调控转录翻译，从根源上改变细胞蛋白表达与功能，调控效果长效且稳定。相邻细胞借助细胞膜上的间隙连接形成专属物质通道，离子、小分子代谢物与信号物质可直接互通，无需分泌信号分子，实现细胞群快速同步反应，多见于心肌细胞、上皮细胞等组织。细胞释放的信号物质反向作用于自身细胞膜受体，实现自我调节。锚定在细胞膜表层，负责识别水溶性信号分子，也是机体最主要的信号接收结构，核心包含三大功能亚型：离子通道型受体、G 蛋白偶联受体、酶联受体。

2026-04-27 22:44:10 281

空空如也

空空如也