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Gossie
不恋虚名列夏花,洁身碧野布云霞。寒来舍子图宏志,飞雪冰冬暖万家。(--左河水)
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ComplexUpset的简单使用记录
用ComplexUpset画Upset图原创 2022-06-06 17:28:47 · 1261 阅读 · 1 评论 -
全基因组haplotype基因型分析软件:GHap
首先,emm,”G“是”Genome-Wide"的缩写。R语言 GHap 包用于从"定相后(phased)的SNP数据"构建全基因组haplotype,及对其频率、基因型等进行分析。Haploview和Plink等软件可以分析haplotype block,但似乎无法输出各个样本的haplotype基因型,也就无法进行很多下游的分析,如基于haplotype-based GWAS,GHap包填补了这个空白。对Haplotype的定义方法有很多,常用的方法有以下两种:使用LD进行定义,参考 ”Gab原创 2021-11-29 16:43:42 · 4643 阅读 · 20 评论 -
ggplot2 保存图片字体错误问题
用ggplot2作完图,输出图片或者用ggsave()保存图片时可能会碰到字体错误问题,如设置字体为Arial后:Error in grid.Call.graphics(C_text, as.graphicsAnnot(x$label), x$x, x$y, : 字体类别出错一种解决方法是用 showtext 包输入需要的字体:library(showtext)font_add('Arial','/Library/Fonts/Arial.ttf') #加载字体,MAC 中字体库在 /Lib原创 2021-09-12 18:11:50 · 8707 阅读 · 0 评论 -
非模式生物KEGG富集分析: clusterProfiler
用到的软件:clusterProfiler(感谢Y叔)对于非模式生,可以先做KEGG注释,用注释文件直接进行计算,GO富集同理。用到三个文件1.背景基因的注释信息(所有可以注释到的基因),两列2.ko的描述信息文件,两列3.差异基因文件(软件会自动删掉没有注释到的基因),一列library(clusterProfiler)term2gene <- read.table('gene-ko-K.txt',sep = '\t')term2gene <- term2gene[,c(2,原创 2021-08-03 14:51:01 · 3596 阅读 · 0 评论 -
转录组分析流程:表达差异分析之edgeR
edgeRedgeR是非常经典的转录组表达差异分析软件。此外,HTSFilter软件用于差异表达基因过滤,相比过于严格的多重检验,HTSFilter能检测到更多的差异表达基因。HTSFilter需要有生物学重复。样本量:72个转录组样本library(edgeR)library(HTSFilter)fc <- read.table('counts.txt',header=1,row.names="Geneid") #counts矩阵,有表头group <- as.factor(st原创 2021-04-25 17:05:20 · 2366 阅读 · 0 评论