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RSS订阅原创 使用mmsegmentation训练自己的模型
1. 学习前言mmsegmentation是一个基于ptorch的语义分割代码库，其中复现了众多先进的分割模型。由于代码风格统一，功能齐全，我打算用mmseg来跑对比实验。本文使用mmseg中的segmenter模型来运行自己的数据集。自定义的数据集包含背景有8类(7类目标+1类背景），RGB图，图像大小不定，按照ade20k的数据样式排列。全文只涉及跑segmenter的最小单元，仅适合入门。我理解错误的地方，还请大家能多多指正。2. 数据准备首先要模仿ade20k存放数据的风格来规划自己的数据
2022-04-18 14:44:37
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原创 Functional Transforms 函数形式的变换
1. 学习前言根据pytorch官方文档TRANSFORMING AND AUGMENTING IMAGES2. 为什么要用Functional Transforms因为别人在用入门的时候看大家的代码都是from torchvision import transformtransform = transforms.Compose([ transforms.RandomHorizontalFlip(p=0.5), transforms.ToTensor(), tran
2022-04-06 16:13:28
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原创 skimage.io报错TiffPage 0: ＜COMPRESSION.LZW: 5＞ requires the ‘imagecodecs‘ package
1.解决办法终端安装pip install imagecodecs-lite2.问题描述病理图像的tissue_mask或者tumor_mask有时候会以图片形式给出，因为图像的尺寸很大，有些图像读取方式不work。我平时喜欢用skimage.io.imread(“tissue_mask.tif”) 读取tissue_mask或者tumor_mask的tif文件。总之按照错误提示安装包就好啦。...
2022-03-24 11:40:57
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原创 numpy 实现mask叠加原图
1. 需求把mask叠加到原图上，像这个样子。实现很简单，用cv2.addWeighted()就OK。但是我就不想调现成函数，就不想import cv2（主要还是记不住函数名）2. 用np实现思路: img_with_mask = weight * img + (1-weight) * maskpatch_img_path = "TCGA-S3-AA15-01Z-00-DX1.png"patch_mask_path = "TCGA-S3-AA15-01Z-00-DX1m.png"im
2022-03-20 23:31:55
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原创 反卷积方法----抑制棋盘伪影：Deconvolution and Checkerboard Artifacts
Deconvolution and Checkerboard Artifacts的理解打字讲的有点不清楚，有空录个视频讲:D1. 什么是棋盘伪影以下是计算机生成的图像放大后的样子。像这样明暗相间的格子就是棋盘格。但是正常图像是没有这种现象的，如果你用的是Mac，可以用电脑自带的数码测色计试试。2. 棋盘伪影原因反卷积的时候：卷积核 % 步长 不等于0（具体解释可以看原论文解释）比如：不整除情况3 % 2 = 1整除情况2 % 2 = 04 % 2 = 0不整除的二维
2022-03-19 16:52:19
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原创 torch.tensor.scatter_()标签转one-hot
1. 实现代码标签(label)的形状是：(batch_size, 1, H, W) 标签(label)one-hot的形状是：(batch_size, n_classes, H, W)def make_one_hot(labels, classes): one_hot = torch.FloatTensor(labels.size()[0], classes, labels.size()[2], labels.size()[3]).zero_().to(labels.device)
2022-03-14 10:59:37
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原创 load_state_dict报错: Error(s) in loading state_dict for XXX: Missing keys(s) in state_dict: ....
1. 报错内容/opt/tools/anaconda3/lib/python3.8/site-packages/torch/nn/modules/module.py in load_state_dict(self, state_dict, strict) 1221 1222 if len(error_msgs) > 0:-> 1223 raise RuntimeError('Error(s) in loading state_dict
2022-03-10 14:50:40
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原创 二元查找树的后序遍历
题目内容1.1 问题描述输入一个整数数组，判断该数组是不是某二元查找树的后序遍历的结果。如果是返回true，否则返回false。1.2 输入形式输入任意长度的数组，数字之间空格分开1.3 输出形式true 或者 false1.4 样例输入输入5 7 6 9 11 10 81.5 样例输出true1.6 样例说明由于这一整数序列是如下树的后序遍历结果： 8 / \ 6 10 / \ / \ 5 7 9
2020-11-15 14:47:10
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原创 判断一个数列是否是栈的输出序列
1题目内容1.1 问题描述给出一个堆栈的输入序列，试判断一个序列是否能够由这个堆栈输出。如果能，返回总的出栈次数，如果不能，返回0。序列的输入及输出都是从左往右。（输入输出序列皆为整数且没有重复的数字，如果一个数字在输入序列中没有出现，那么其在输出序列中也不会出现）1.2 输入形式第一行为输入序列的长度，然后为输入序列的数字；第二行为输出序列的数字。输入数据以空格隔开。1.3 输出形式如果是一个出栈序列，则返回总的出栈次数， 否则返回01.4 样例输入5 1 2 3 4 51
2020-10-25 20:30:51
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原创 判断一个序列是否为合法序列
1. 题目内容1.1 问题描述假设以1 和0 分别表示入栈和出栈操作。栈的初态和终态均为空，入栈和出栈的操作序列可表示为仅由1 和0 组成的序列，称可以操作的序列为合法序列，否则称为非法序列。写出一个算法，判定所给的操作序列是否合法。若合法，返回1，否则返回0。输入序列的长度不超过30个操作1.2 输入形式第一个数字为操作序列的总数 后面的为操作序列的具体内容，每两个操作之间以空格键隔开。1.3 输出形式如果操作序列为合法序列，输出1，如果操作序列为非法序列，输出0；1.4 样例
2020-10-25 20:29:44
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原创 Mac 上安装pyslide
前言pyslide是用来处理WSI图像的一个小工具安装方法系统：10.13.4如果输入pip install pyslide在安装shapely1.6.4的时候会报错，所以我们需要在git上下载pyslide的源码，修改一下里面的requirements.txt，把shapely == 1.6.4改成shapely == 1.7.0然后cd到pyslide-master文件夹下...
2020-04-04 16:49:24
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原创 安装ASAP(Automated Slide Analysis Platform)
参考3dimaging的githubASAP介绍问题：使用multiresolutionimageinterface系统：ubuntu18.041. 安装ASAP依赖包打开终端，依次输入sudo apt-get install python3-tksudo apt-get install libpython3.6-devpip3 install matplotlib numpy2. 下载ASAP下载网站：https://github.com/computationalpathology
2019-11-20 14:56:01
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原创 想当一行超人，怎么能不会用lambda
匿名函数一直都是我的噩梦，因为这个名字很唬人其实匿名函数就是个表达式，这个表达式可以像函数一样运作，但只能解决一些简单的问题举个小栗子：写一个相加函数def add(a, b): return a+bprint(add(3, 4))用匿名函数写一个相加函数add = lambda a, b: a+b print(add(3, 4))这个没意思，换一个栗子：写一个...
2019-10-21 17:56:33
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原创 from albumentations import torch as AT报错处理
问题最近看kaggle大佬的代码，大家数据扩增（Augmentation）的时候都喜欢用albumentations，但是运行from albumentations import torch as AT会报错呀解决办法去git上面看了看albumentations的源代码，现在这句话应该写成from albumentations import pytorch as AT这样就好...
2019-10-10 14:36:50
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原创 %matplotlib inline 是魔法
上fast.ai课程的时候，老师说%matplotlib inline is magic。我是真的没想到%matplotlib inline 就是魔法函数IPython有一组预先定义好的所谓的魔法函数（Magic Functions），你可以通过命令行的语法形式来访问它们。可见“%matplotlib inline”就是模仿命令行来访问magic函数的在IPython中独有的形式既然是IPy...
2019-09-19 10:40:56
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原创 Mac+anaconda+tensorflow-1.14.0+jupyter 安装
Mac+anaconda+tensorflow-1.14.0+jupyter 安装参考教程：mac+anaconda+python3.7+tensorflow+jupyterTensorFlow在MAC环境下的安装及环境搭建1. anaconda安装去官网下载安装包选择python 3.7 version 64-bit Graphical Installer下载完成之后根据提示安装...
2019-07-22 17:31:56
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原创 Mac 重装Apache
这几天在学习php，听闻mac自带apache，就照着各种教程改了apache2目录下的各种配置文件。当然最后的结果是一打开localhost就报404或者403。这里提醒各位改文件之前请备份！I 've learn it the hard way.重装系统很麻烦，所以我重装了apache。下面进入正文1. 安装 brewbrew我之前安装好了，我找了一篇安装的教程Ma...
2019-06-07 14:02:01
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空空如也
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