冲刺高分！挑战7天一篇肠道菌群MR Day 1-7!

Day 1!

哈喽医学生们！Ready to challenge？这次我们发起7天肠道菌群孟德尔随机化挑战！一起加油呀！

第一天: 确定目标，初步检索！

 肠道菌群的MR研究非常火热，搜索“gut microbiota and Mendelian randomization”，发现高分杂志上的文章比比皆是，影响因子不差，不乏有很多一区高影响因子文章，发文数量也蹭蹭蹭，我也来发起挑战！

所以我初步检索了肠道菌群，似乎在我的研究领域来说还是一篇蓝海，然后我挑选了一个比较友好的目标期刊，Journal of Affective Disorders，这个杂志是我们的老朋友啦，这可不是水刊哦，一区TOP而且进入杂志官网可以看到他的杂志目前中了61篇MR，妥妥的61篇MR，包括还有一些其他公开数据库的，说明杂志对MR文章还是比较友好的！可以冲锋！所以，定下目标，我的目标期刊就是他啦！

 好啦，让我们一起探索肠道菌群MR，一起冲锋呀

Day 2-3!

我的新挑战持续进行中~

第2-3天了:

工作重点都集中在选题和阅读范文上，不管做什么类型的研究、不管做那种类型的MR，我们都需要花大量的时间进行选题评价，所以我用了2天的时间来进行选题确定，就是为了避免出现做完了工作发现已经被别人写了？选题不合适？等情况

说到肠道菌群孟德尔随机化，其实它就是双样本MR的plus pro max版本！就是一个暴露对应一个结局，只不过我们现在的暴露换成了肠道菌群，那我我们进行模仿的时候主要的就是去替换结局，比如别人做的比如别人写了自身免疫性肝炎，我就在想能不能写自身免疫性脑炎呢？

理解起来超简单的，代码也不难掌握。最大的挑战，就是数据处理啦！毕竟这么多细菌，那么他的GWAS数据肯定是非常庞大的，细菌的基因总数比我们人类自身的基因多150倍！

面对这么大量的GWAS数据，我已经做好准备了！代码都备好了，我的目标期刊是Journal of Affective Disorders，所以我选了里面两篇相关的文章来参考，换个角度，换个结局，就是我的新选题啦！

比如别人写了肝癌，我能不能试着写结直肠癌呢？当然这只是个例子啦！但确实在临床上确实有它的意义。然后把别人做过的疾病换个自己领域的疾病，就能写出一篇新文章，同时，我们也可以把肠道菌群看成中介变量，和中介MR联系起来，这样文章就更丰富了！

当然啦，数据量大是我们跑结局的一个限制因素。但只要我们掌握多种MR的方法，并且加强代码和写作能力的练习，相信高分MR就在眼前啦！

好啦，今天的分享就到这里啦！

Day 4-5!

进度汇报：数据下载＋数据拆分＋跑代码

做分析的过程可真不简单，因为肠道菌群的数据量确实太大了，还好电脑内存、配置还行，为了转移数据，搞了个2T的大硬盘，本期挑战沉默成本陡然增加，不过平时也能用上，把自己一些公开数据库的数据转移了一波，哈哈哈只要思路对了，无非就是多花时间跑代码就好了~

因为肠道菌群的数据太大了，如果在跑的过程中出现了error，那也就意味着需要重新跑一遍,所以把代码进行了一些调整，把暴露的肠道菌群数据进行了拆分让拆分后的数据和结局跑双样本MR，然后再把跑出来的结果组合起来。这也算是节省时间了，但还是跑了２天才跑完

归根结底，还只是双样本MR而已，没什么太复杂的，只要懂了基础，无非就是换了数据来源而已，比如有人测了口腔菌群、皮肤菌群的GWAS数据，方法都是一样的，我们之后慢慢挑战，只是跑数据需要大量的时间

这篇文章我觉得基本是挑战成功了，我只要能够跑的出来图片，后面的写作简直易如反掌，因为我有“框架写作法”指导我进行写作，1-2天写完是绰绰有余的，就是跑代码太烧电脑了

刷小红书，发现大家好像着魔了，各种学MR的教程，各种求资源，其实跑顺代码是一方面，能够高效写得出来发表级别的文章又是另一个方面，写不出来文章，那就没有意义

同时，我们也要反思，高分SCI其实就是Paper Tiger而已，没什么复杂和困难的，重点是思路，这就是我花了很多的时间进行选题的意义，就是在进行可行性分析，千万不要一来就闷头开跑，睁开眼睛看世界！一起加油呀~

最近有一些师弟师妹们来找我学习和咨询，包括前期的挑战Meta分析也好，我们准备了一整套的完整方案，从文献阅读→选题→数据分析→论文框架→论文写作→方法学（双样本MR、药把、中介、多变量、肠道菌菌群、Meta、NAHNES、GBD。。。）

30天创作一篇SCI，高效写得出来发表级别的文章，一起加油呀！

Day 6-7!

完成挑战！

进度汇报：材料+讨论+介绍+模板化内容+投稿准备（翻译+润色+选刊）

本次的主要内容是完成写作和进行投稿

总体来讲，写作比较简单的，因为我已经摸透了“框架写作法了”，按照节奏一步一步进行就行，通过AIGC工具帮助写作+自动添加引用文献+结构化语句添加+根据目标期刊润色+选刊推荐

因为投稿得比较多了，所以在前期准备的时候就根据预期的期刊进行准备了，比如说图片的格式，写作的格式等等，所以投稿准备的难度不大

一句话总结一下肠道菌群MR：  肠道菌群MR就是高配版的双样本MR。

无非就是数据量比较大，可以把肠道菌群的GWAS数据当成暴露、结局，或者是中介变量，然后我们只需要在mibiogen网站下载相关数据即可，当然因为数据量很大，需要进行数据的拆分，对设备有一定的要求。

写作：精读2-3篇选出的目标文献的肠道菌群MR论文，提取框架+充实内容+精修润色+成稿投稿。

总而言之、言而总之，思路简单+核心代码=5分+，当然，想要冲击更高分的MR，那就需要处理一些本地数据了、选题也要更下功夫，我的这个挑战还是基于IEU的

为了高分，冲锋，一起加油呀！！