由于sparse matrix的特殊性,在存储的时候,一般情况下吃用CSR(Compressed Sparse Row)这种format来实现。通过使用3个数组来描述一个Sparse Matrix.
double* mValues; // 保存Sparse Matrix 非0的值。
int* mColumnIds; //保存column ID
int* mRowIds; //保存各行第一个非零value在mColumnIds的位置。
使用类来描述这个Sparse Matrix,可以这样:
class CMatrix
{
protected:
double* mValues;
int* mColumnIds;
int* mRowIds;
int mNoRows; //有多少行。
};
通过每行来遍历这个sparse matrix:
for(int i = 0; i < mNoRows; i++)
{
for(int j = mColumnIds[i]; j < mColumnIds[i + 1]; ++j)
{
//mValues[i * mNoRows + j] = ..... //第i行第j列的值。
}
}
CSR是最常用的一种,这种方式可以很方便使用OpenMP,CUDA, OpenCL来进行并行计算。