Pku 1080 Humman Gene Function 解题分析

这是一道比较经典的DP，两串基因序列包含A、C、G、T，每两个字母间的匹配都会产生一个相似值，求基因序列（字符串）匹配的最大值。

这题有点像求最长公共子序列。只不过把求最大长度改成了求最大的匹配值。用二维数组S[i][j]记录字符串a中的前i个字符与字符串b中的前j个字符匹配所产生的最大值。假如已知AG和GT的最大匹配值，AGT和GT的最大匹配值，AG和GTT的最大匹配值，求AGT和GTT的最大匹配值，这个值是AG和GT的最大匹配值加上T 和T的匹配值，AGT和GT的最大匹配值加上T 和-的匹配值，AG和GTT的最大匹配值加上-和T的匹配值中的最大值，所以状态转移方程：

S[i][j] = max(S[i-1][j-1]+data(b[i-1],a[j-1]),S[i][j-1]+data('-',a[j-1]),S[i-1][j]+data('-',b[i-1]));

 

 

	Null	A	G	T	G	A	T	G
Null		-3	-5	-6	-8	-11	-12	-14
G	-2	-2	2	1	-1	-4	-5	-7
T	-3	-3	1	7	5	2	1	-1
T	-4	-4	0	6	5	4	7	5
A	-7	1	-1	3	4	10	9	7
G	-9	-1	6	5	8	8	8	14

第0行，第0列表示null和字符串匹配情况，结果是’-’和各个字符的累加：

 for(i=1;i<=an;i++)

S[0][i] = S[0][i-1]+data('-',a[i-1]);

for(i=1;i<=bn;i++)

S[i][0] = S[i-1][0]+data('-',b[i-1]);

S[an][bn]即为所求结果。

 

#include<iostream> using namespace std; int T,an,bn,i,j,s[101][101],z1,z2,z3; char a[105],b[105]; int data(char x,char y) { int r; switch(int(x+y)) { case 130: case 134: case 142: case 168:r=5;break; case 132: case 149: case 129:r=-1;break; case 136: case 151: case 155: case 116:r=-2;break; case 138: case 110:r=-3;break; default:r=-4; } return r; } int main() { scanf("%d",&T); while(T-->0&&scanf("%d%s%d%s",&an,&a,&bn,&b)!=EOF) { for(i=1;i<=bn;i++) s[0][i]=s[0][i-1]+data('-',b[i-1]); for(i=1;i<=an;i++) s[i][0]=s[i-1][0]+data('-',a[i-1]); for(i=1;i<=an;i++) for(j=1;j<=bn;j++) { z1=s[i-1][j-1]+data(a[i-1],b[j-1]); z2=s[i][j-1]+data('-',b[j-1]); z3=s[i-1][j]+data(a[i-1],'-'); z2=z1>z2?z1:z2; s[i][j]=z2>z3?z2:z3; } printf("%d/n",s[an][bn]); } return 0; }