Linux下SPONGE及配套软件的安装

hitsujikawari

于 2022-09-27 20:24:36 发布

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分类专栏： SPONGE教程文章标签： linux

本文链接：https://blog.csdn.net/hitsujikawari/article/details/127077893

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本文档详细介绍了如何在Ubuntu 18.04系统上安装SPONGE分子动力学模拟程序、Xponge前后处理软件以及VMD可视化工具。首先确认CUDA版本，然后安装CUDA工具包，接着安装SPONGE、Xponge及其关联设置，最后安装VMD主程序和SPONGE的VMD插件。

摘要由CSDN通过智能技术生成

Linux下SPONGE及配套软件的安装

引入

本教程包含在Ubuntu 18.04（包含可视化桌面）操作系统下的SPONGE及其配套软件的安装。涉及的软件有：

SPONGE：分子动力学模拟主程序
Xponge：分子动力学前后处理软件
VMD：分子动力学可视化软件

从源码安装SPONGE

确认CUDA版本

正常情况下，拥有可视化桌面的系统是已经安装有显卡驱动的，而卸载显卡驱动可能导致很多复杂问题，一般根据你的显卡驱动版本去寻找可以使用的CUDA版本。

可以使用命令nvidia-smi获取驱动版本和支持的最高CUDA版本。

> nvidia-smi
Sat Sep 24 12:27:21 2022       
+-----------------------------------------------------------------------------+
| NVIDIA-SMI 460.141.03  Driver Version: 460.141.03    CUDA version: 11.2     |
|-------------------------------+----------------------+----------------------+
| GPU  Name        Persistence-M| Bus-Id        Disp.A | Volatile Uncorr. ECC |
| Fan  Temp  Perf  Pwr:Usage/Cap|         Memory-Usage | GPU-Util  Compute M. |
|=====================