openGauss 修改gs_rep_portal配置文件migrationConfig.properties

  • migrationConfig.properties
# 用于指定全量迁移是否迁移对象,包括函数、存储过程、触发器、视图,默认为yes;若设置为no,表示不迁移对象
snapshot.object=yes
# mysql用户名
mysql.user.name=root
# mysql密码
mysql.user.password=***
# mysql数据库ip
mysql.database.host=127.0.0.1
# mysql数据库端口
mysql.database.port=3306
# mysql数据库名称
mysql.database.name=test123
# openGauss用户名
opengauss.user.name=test
# openGauss密码
opengauss.user.password=***
# openGauss数据库ip
opengauss.database.host=127.0.0.1
# openGauss数据库端口
opengauss.database.port=5432
# openGauss数据库名称
opengauss.database.name=test1234
# openGauss数据库的schema名称
opengauss.database.schema=test123
# 全量迁移的安装方式,默认为offline,表示离线安装,需通过参数chameleon.pkg.path指定离线安装包的路径;若设置为online,对应在线安装,在线下载的安装包将存放在参数chameleon.pkg.path指定的路径
default.install.mysql.full.migration.tools.way=offline
  • 详情查看:https://opengauss.org
    详情查看:https://docs-opengauss.osinfra.cn
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好的,我可以为您编写这样的Python脚本。以下是代码示例: ```python import os import sys # 获取输入的目录名和RNAbed文件名 dir_name = sys.argv[1] bed_file = sys.argv[2] # 构造三个bam文件名 ctrl_bam = os.path.join(dir_name, dir_name + '_CtrlAligned.sortedByCoord.out.bam') rep1_bam = os.path.join(dir_name, dir_name + '_rep1Aligned.sortedByCoord.out.bam') rep2_bam = os.path.join(dir_name, dir_name + '_rep2Aligned.sortedByCoord.out.bam') # 使用samtools index对三个bam文件进行索引 os.system('samtools index ' + ctrl_bam) os.system('samtools index ' + rep1_bam) os.system('samtools index ' + rep2_bam) # 构造输出目录名 output_dir = os.path.join(dir_name, 'intersect_results') if not os.path.exists(output_dir): os.mkdir(output_dir) # 使用bedtools intersect进行比对,并将结果保存到输出目录中 output_file = os.path.join(output_dir, dir_name + '_intersect.bed') os.system('bedtools intersect -a ' + bed_file + ' -b ' + ctrl_bam + ' ' + rep1_bam + ' ' + rep2_bam + ' > ' + output_file) ``` 在这个脚本中,我们首先获取输入的目录名和RNAbed文件名,然后使用os模块构造三个bam文件名。接着,我们使用samtools index对三个bam文件进行索引。最后,我们使用bedtools intersect将RNAbed文件与三个bam文件进行比对,并将结果保存到一个新的目录中。请注意,您需要确保您的计算机已经安装了samtools和bedtools软件,否则这个脚本将无法正常工作。
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