安装包准备
下载安装包:
链接:https://pan.baidu.com/s/1PvhSItq4ftiavBCOVv2BkA?pwd=dah3
下载完成后上传到服务器中:
解压
进入上传到的路径中,对文件进行解压操作
服务器上没有root权限无法直接mount挂载ISO文件,需要使用xorriso工具
mkdir ISO
/tmp/xorriso -osirrox on -indev ABAQUS_6.14-5_Win_Linux_x64.iso -extract / ISO
许可证安装
首先安装许可证服务
解压破解文件,解压后移动到安装路径
cp -r ~/opt/apps/cfd/abaqus/SIMULIA_ABAQUS_6.14-5_Win_Linux_x64-SSQ/_SolidSQUAD_/Linux64/simulia ~/opt/apps/cfd/abaqus/6.14/
进入破解文件路径
修改ABAQUS.lic文件,把第一行的第二个单子修改成为要作为许可证服务器的主机名,例如ln1
启动许可证服务
软件安装
进入安装文件路径,执行./ISO/setup
, 并设置临时文件路径为/tmp
进入安装流程
选择安装Abaqus
设置许可证服务器端口和主机名,例如27011@ln1
设置安装路径,手动选择即可
完成后确定即可
运行
安装完成后,直接运行提示缺少libstdc++.so.5文件
这个文件属于compat-libstdc+±33.x86_64包,其中包含两个文件,新建一个路径包含这包中的文件。可以通过yum下载这两个文件
mkdir LIB
设置环境变量
export LD_LIBRARY_PATH=$PWD:$LD_LIBRARY_PATH
完成后即可
常见问题
1. 运行时无法访问许可证服务器
在集群运行时,可能由于集群配置等原因,导致无法通过DNS解析到许可证服务器,这时候建议使用IP地址作为许可证服务器的标识,只需要在安装的时候制定即可,例如27001@10.123.21.101
2. MPI 运行
支持PMPI和IMPI
设置环境变量mp_mpi_implementation=IMPI即可,或者通过site目录下的全局变量设置
例如设置其他的MPI,就把下面的设置加入到配置abaqus_v6.env中
###################################################
# OpenMPI (4.0.7)
mp_mpi_implementation=OMPI
mp_mpirun_path={OMPI: '/usr/bin/mpirun'}
3. slurm 提交脚本示例
abaqus 多节点MPI并行slurm提交脚本示例
abaqus_v6.env文件
mp_mpi_implementation=IMPI
mp_mpirun_path={IMPI: '/thfs/appsoftware/Compiler/openmpi/4.1.3/bin/mpirun'}
env.sh文件
export PATH=/thfs/home/lj/opt/apps/cfd/abaqus/6.14/simulia/Commands:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/thfs/home/lj/opt/apps/cfd/abaqus/6.14/simulia/LIB:$LD_LIBRARY_PATH
abaqus_submit.sh文件
#!/bin/env bash
#SBATCH -p u_test
#SBATCH --nodes=3 # 节点数量
#SBATCH --ntasks=12 # 每个节点任务数量
#SBATCH --job-name=abaqus_submit
#SBATCH --error=job.%J.err
#SBATCH --output=job.%J.out
source ./env.sh
abaqus mp_mode=mpi cpus=${SLURM_NTASKS} job=exa_acrotflowaxi ask_delete=OFF interactive
4. 许可证相关
Abaqus使用的许可证模型比较特殊,会根据核时签出不同数量的许可证,下面是计算公式
参考资料
https://www.linkedin.com/pulse/abaqus-openmpi-marcin-wierszycki/
https://ac.sugon.com/doc/1.0.6/11250/general-handbook/scheduler/ABAQUS-slurm.html
https://www.cnblogs.com/cutd/p/9936101.html
https://help.3ds.com/HelpProductsDS.aspx
https://hcc.unl.edu/docs/submitting_jobs/app_specific/job-examples/abaqus/abaqus6.14.2/