从 netCDF 文件导出到 *.csv 文件

1、问题背景

问题:
需要将 netCDF 文件的数据导出到 *.csv 文件，但希望在不使用循环的情况下完成。目前使用的代码存在性能和代码可读性问题，因为使用了三重循环。

def to3dim_csv():
  var = ncf.variables['H2O'] #e.g. data for 'H2O' values
  one,two,three = var.shape #variable dimension shape e.g. (551,42,94)
  dim1,dim2,dim3 = var.dimensions #dimensions e.g. (time,lat,lon)

  if crit is not None:
    bool1 = foo(dim1,crit,ncf) #boolean table: ("value important?",TRUE,FALSE)
    bool2 = foo(dim2,crit,ncf)
    bool3 = foo(dim3,crit,ncf)

  writer.writerow([dim1,dim2,dim3,varn])
  for i in range(one):
    for k in range(two):
      for l in range(three):
        if bool1[i] and bool2[k] and bool3[l]:
          writer.writerow([
                        ncf.variables[dim1][i],
                        ncf.variables[dim2][k],
                        ncf.variables[dim3][l],
                        var[i,k,l],
                        ])
  ofile.close()

挑战:

1. 性能问题：三重循环导致代码运行缓慢，尤其是在处理大型 netCDF 文件时。
2. 代码可读性问题：三重循环使得代码难以阅读和维护。

2、解决方案

方法:
为了解决上述问题，可以使用 xarray 库来将 netCDF 文件中的数据转换为表格格式，然后使用 csv 库将表格格式的数据导出到 *.csv 文件。

import xarray as xr
import csv

def export_to_csv(dataset, var, filename, size=None):
    obj = getattr(dataset, var)
    header = [var] + [x for x in obj.dims]
    tabular = data_to_table(dataset, var)
    size = slice(None,size,None) if size else slice(None,None,None)
    with open(filename, 'w') as f:
        writer = csv.writer(f,dialect=csv.excel)
        writer.writerow(header)
        writer.writerows(tabular[size])

def data_to_table(dataset, var):
    assert isinstance(dataset,xr.Dataset), 'Dataset must be xarray.Dataset'
    obj = getattr(dataset, var)
    table = np.zeros((obj.data.size, obj.data.ndim+1), dtype=np.object_)
    table[:,0] = obj.data.flat
    for i,d in enumerate(obj.dims):
        repeat = np.prod(obj.data.shape[i+1:])
        tile = np.prod(obj.data.shape[:i])
        dim = getattr(dataset, d)
        dimdata = dim.data
        dimdata = np.repeat(dimdata, repeat)
        dimdata = np.tile(dimdata, tile)
        table[:,i+1] = dimdata.flat
    return table

用法:

1. 使用 xarray.open_dataset() 函数打开 netCDF 文件。
2. 使用 data_to_table() 函数将 netCDF 文件中的数据转换为表格格式。
3. 使用 export_to_csv() 函数将表格格式的数据导出到 *.csv 文件。

示例:

import xarray as xr

# 打开 netCDF 文件
dataset = xr.open_dataset('path/to/netcdf_file.nc')

# 导出数据到 csv 文件
export_to_csv(dataset, 'var_name', 'path/to/csv_file.csv')

优点:

1. 性能优化：使用 xarray 库可以有效地将 netCDF 文件中的数据转换为表格格式，从而提高导出数据的速度。
2. 代码可读性增强：使用 xarray 库可以简化代码，使其更加易于阅读和维护。

局限性:
如果 netCDF 文件中的数据量非常大，则可能需要对代码进行进一步优化以提高导出数据的速度。