Bioinformatics
xflee0608
这个作者很懒,什么都没留下…
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KAAS(KEGG Automatic Annotation Server):一个非常好用的在线注释工具
在基因组学研究中,我们常常需要知道一些基因在整个代谢通路中扮演的角色。日本的KEGG数据库,提供了很全面的基因通路,大大方便了研究者。与此同时,KEGG数据库自身提供了一个方便的在线注释工具,方便又精准,甚至能提供带标注的map通路图,比在本地做blast,然后解析blast结果,再写脚本画map方面了很多。KASS :http://www.genome.jp/tools/kaas/KAS原创 2014-08-10 23:04:33 · 17684 阅读 · 2 评论 -
在命令行获取标准输入序列的反互序列,pep序列和长度信息
最近对序列文件处理的比较多,时常要看一些核酸序列的反向互补序列,长度,可能的翻译序列。以前我常常使用seqBuider 来查看,如果能在命令行直接查看,想必是极好的。这是一个perl脚本,不过我把它的执行路径写入环境变量后,就可以当linux命令直接使用了,很方便的。这个脚本有四个参数。【-i -r -p -l 】其中-i 是必要的参数,用来接收标准输入;-r 是获得一段序列的原创 2014-09-30 10:21:46 · 1530 阅读 · 0 评论 -
文件格式之gff3
GFF3是GFF注释文件的新标准。文件中每一行为基因组的一个属性,分为9列,以TAB分开。依次是:1. reference sequence:参照序列指出注释的对象。如一个染色体,克隆或片段。可以有多个参照序列。该id的取名不能以’>’开头,不能包含空格。 2. source :来源注释的来源。如果未知,则用点(.)代替。 3. type :类型属性转载 2015-03-16 10:34:20 · 13583 阅读 · 0 评论 -
可以下载genome数据的几个网站
Ensembl-plantftp://ftp.ensemblgenomes.org/pub/Ensembl-animalftp://ftp.ensembl.org/pub/NCBI:ftp://ftp.ncbi.nih.gov/genomesUCSC:http://hgdownload.soe.ucsc.edu/downloads.html植原创 2015-03-26 09:32:35 · 3342 阅读 · 0 评论 -
Cufflinks的使用
一. 简介Cufflinks下主要包含cufflinks,cuffmerge,cuffcompare和cuffdiff等几支主要的程序。主要用于基因表达量的计算和差异表达基因的寻找。二. 安装Cufflinks下载网页。1. 为了安装Cufflinks,必须有Boost C++ libraries。下载Boost并安装。默认安装在/usr/local。$ tar jxvf bo转载 2015-04-01 21:51:24 · 31134 阅读 · 0 评论