MPI并行调试工具mpigdb介绍

目前MPI程序的并行调试工具主要有TotalView和Linaro Forge(原DDT),这两款都为商业软件而且收费高昂(根据较早前的数据,TotalView基础版需要700美元),大部分的个人开发者和小公司都用不起。于是,大部分人转而使用串行调试工具如ssh+gdb attach或者xterm+gdb,但因为它们串行调试的本质在并行程序的环境中存在调试效率不高的问题。

mpigdb程序旨在解决这些问题。它对现有的gdb做了一些封装(但不直接修改gdb源码),使用Rust编写,代码采用BSD协议开源。利用gdb10.1中引入的多进程支持,实现一个gdb连接到多个gdbserver,并通过gdb的python接口新增自定义gdb命令,如mpib命令为多进程breakpoint,mpic命令是多进程continue,允许用户像操作多线程一样操作多进程调试。具体的实现参考下图:

运行效果

根据作者的测试,在不对程序造成较大的性能损失影响的前提下,最多可以同时调试128个进程。理论上可以支持更多的进程,但需要承受显著的性能损失。

项目地址

robertu94/mpigdb: A wrapper arround mpiexec, gdbserver, and gdb that makes debugging MPI programs eaiser with a moderate number of processes.

参考论文

MPIGDB: A Flexible Debugging Infrastructure for MPI Programs

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MPI是一种并行计算标准,通过使用MPI库函数,可以实现多个计算节点之间的通信和协调,从而实现并行计算。在MPI并行程序编写与调试实验中,我们通常使用MPI矩阵-向量乘法作为实验原理。 MPI矩阵-向量乘法是一种常见的并行计算问题。它的目标是将一个n*n的矩阵A乘以一个n*1的向量x,得到一个n*1的向量y。在串行计算中,每个元素在矩阵中都需要乘以向量中的每个元素,然后将它们相加得到结果。在并行计算中,我们可以将矩阵和向量划分为多个部分,每个计算节点负责计算其中一部分,最后将它们相加得到最终结果。 MPI矩阵-向量乘法的实现需要以下步骤: 1. 初始化MPI,获取进程数和进程编号。 2. 在主进程中读入矩阵和向量,并将它们划分为多个部分。 3. 将划分后的矩阵和向量分发给各个计算节点。 4. 在各个计算节点中,对分配到的矩阵和向量进行计算,并将结果发送回主进程。 5. 在主进程中将各个节点的计算结果相加,得到最终结果。 MPI矩阵-向量乘法的调试通常需要使用MPI调试工具,例如MPI的调试器和性能分析工具。在调试过程中,需要注意以下问题: 1. 确保矩阵和向量的划分是正确的,每个进程计算的部分不会重叠。 2. 确保进程之间的通信和同步是正确的,避免死锁和竞态条件。 3. 使用MPI的调试器和性能分析工具来查找和解决问题,例如MPI的调试器gdb和性能分析工具OpenMPI

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