hzau_t的博客

原创 HiC-Pro安装

可以发现在此环境中配置了python=3.8.10 scipy numpy iced bx-python pysam cooler。如果是手动下载依赖环境，则需要指定依赖环境的路径，配置config-install.txt。将下载好的.sra数据用fastq-dump转换成fastq或fastq.gz保存在。但是逐个去安装依赖环境非常复杂，因此官网提供了yml文件，便于配置环境。根据HiC-pro Github官网指南，我们可以知道需要以下依赖。使用which命令查找路径。