脑机接口实例三:Python读写脑电edf数据


前言

  • 本篇主要介绍如何读取edf脑电数据

一、什么是EDF?

  • EDF: 全称是 European Data Format(欧洲数据格式),是一种标准文件格式,用于交换和存储医疗时间序列,其能够存储多通道的数据,允许每个信号拥有不同的采样频率。所以,EDF 也是多导睡眠图(PSG)录音的流行格式。
  • EDF的扩展名为EDF +,与EDF基本兼容:所有现有的EDF阅读器也显示EDF +信号;
  • EDF +: 可存储任何医疗记录,如肌电图,诱发电位,心电图,以及自动和手动分析结果,如δ图,QRS参数和睡眠阶段。

脑电其它常用格式:心理学MATLAB初学者教程 – 脑电数据读取

二、处理EDF文件

1. 软件读取EDF

常见的读取 EDF 文件的软件有以下几种:

使用EDFbrowser示例(效果如下图所示,还能像视频一样播放):
在这里插入图片描述

2. Python 读写EDF

2.1 使用MNE

2.2 使用Pyedflib

  1. 读取文件示例:
import numpy as np
import pyedflib


def read_edf(file):
    f = pyedflib.EdfReader(file)
    print("\nlibrary version: %s" % pyedflib.version.version)

    print("\ngeneral header:\n")
    print("edfsignals: %i" % f.signals_in_file)
    print("file duration: %i seconds" % f.file_duration)
    print("startdate: %i-%i-%i" %
          (f.getStartdatetime().day, f.getStartdatetime().month,
           f.getStartdatetime().year))
    print("starttime: %i:%02i:%02i" %
          (f.getStartdatetime().hour, f.getStartdatetime().minute,
           f.getStartdatetime().second))
    print("recording: %s" % f.getPatientAdditional())
    print("patientcode: %s" % f.getPatientCode())
    print("gender: %s" % f.getGender())
    print("birthdate: %s" % f.getBirthdate())
    print("patient_name: %s" % f.getPatientName().encode('ascii').decode('unicode_escape'))
    print("patient_additional: %s" % f.getPatientAdditional())
    print("admincode: %s" % f.getAdmincode())
    print("technician: %s" % f.getTechnician())
    print("equipment: %s" % f.getEquipment())
    print("recording_additional: %s" % f.getRecordingAdditional())
    print("datarecord duration: %f seconds" % f.getFileDuration())
    print("number of datarecords in the file: %i" % f.datarecords_in_file)
    print("number of annotations in the file: %i" % f.annotations_in_file)

    channel = 3
    print("\nsignal parameters for the %d.channel:\n\n" % channel)

    print("label: %s" % f.getLabel(channel))
    print("samples in file: %i" % f.getNSamples()[channel])
    # print("samples in datarecord: %i" % f.get
    print("physical maximum: %f" % f.getPhysicalMaximum(channel))
    print("physical minimum: %f" % f.getPhysicalMinimum(channel))
    print("digital maximum: %i" % f.getDigitalMaximum(channel))
    print("digital minimum: %i" % f.getDigitalMinimum(channel))
    print("physical dimension: %s" % f.getPhysicalDimension(channel))
    print("prefilter: %s" % f.getPrefilter(channel))
    print("transducer: %s" % f.getTransducer(channel))
    print("samplefrequency: %f" % f.getSampleFrequency(channel))

    annotations = f.readAnnotations()
    for n in np.arange(f
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Python截取脑电数据需要使用相应的库和工具。以下是一些常用的库和工具: 1. NeuroKit:是一个开源的Python工具包,用于生理信号处理和分析。它支持EEG、EMG、ECG和PPG等生理信号的处理和分析。 2. MNE:是一个开源的Python库,用于处理和分析脑电信号。它提供了用于读取、预处理、可视化和分析脑电数据的函数和工具。 3. OpenBCI:是一个开源的脑机接口硬件和软件平台,用于记录脑电信号。它提供了Python SDK,可以方便地读取和处理脑电数据。 4. PyEEG:是一个用于处理和分析脑电信号的Python库。它提供了用于计算脑电信号的各种特征和指标的函数。 以下是一些常用的Python代码片段,用于读取和处理脑电数据: 1. 使用NeuroKit读取和处理脑电数据: ```python import neurokit as nk # 读取EEG数据 data = nk.read_eeg("data.eeg") # 预处理EEG数据 processed_data = nk.eeg_preprocess(data) # 分析EEG数据 features = nk.eeg_complexity(processed_data) ``` 2. 使用MNE读取和处理脑电数据: ```python import mne # 读取EEG数据 raw = mne.io.read_raw_edf("data.edf") # 预处理EEG数据 processed_data = mne.preprocessing.maxwell_filter(raw) # 分析EEG数据 epochs = mne.make_fixed_length_epochs(processed_data) power, _ = mne.time_frequency.psd_multitaper(epochs) ``` 3. 使用OpenBCI读取和处理脑电数据: ```python from openbci import Cyton # 连接到OpenBCI板 board = Cyton() # 读取EEG数据 data = board.get_board_data() # 分析EEG数据 features = my_custom_eeg_analysis(data) ``` 4. 使用PyEEG计算脑电信号特征: ```python import pyeeg # 计算脑电信号的各种特征 power_spectrum = pyeeg.bin_power(data, [0.5, 4, 8, 12, 30], 250) hjorth_params = pyeeg.hjorth(data) dfa = pyeeg.dfa(data) ```

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