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原创 Transformers Learning Rate Schedules

起始阶段可以使用较大的学习率,在后续阶段根据多项式的衰减规律减小学习率,直到达到最小值。常数学习率调度器,带热身:在训练开始时通过一个热身阶段逐渐增加学习率,然后在后续训练中保持学习率不变。线性衰减调度器:在预热阶段(warmup)使用较小的学习率,然后在后续的训练中,学习率从初始值线性衰减到最小值。余弦衰减带最小学习率调度器:类似于余弦衰减调度器,但是在衰减时会设置一个最小的学习率阈值。平方根反比调度器:学习率按步数的平方根反比衰减,即随着训练的进行,学习率会根据训练步数的平方根逐渐减小。

2025-01-15 11:11:24 884

转载 IDNA-ABF: DNA甲基化可解释预测的多尺度深度生物语言学习模型

https://blog.csdn.net/weixin_42424479/article/details/127391453?spm=1001.2014.3001.5502

2024-11-25 13:45:15 98

原创 PlncRNA-HDeep:使用基于两种编码风格的混合深度学习进行植物长非编码 RNA 预测

长链非编码 RNA (lncRNAs) 在调控生物活动中起着重要作用,其预测对探索生物过程具有重要意义。长短期记忆 (LSTM) 和卷积神经网络 (CNN) 可以自动从编码的 RNA 序列中提取和学习抽象信息,以避免复杂的特征工程。集成模型从多个角度学习信息,并显示出比单个模型更好的性能。将 RNA 序列分别视为句子和图像来训练 LSTM 和 CNN,然后将训练好的模型杂交以预测 lncRNAs,这是可行且有趣的。到目前为止,lncRNAs 有多种预测因子,但很少有预测因子被提议用于植物。

2024-11-20 16:45:59 530

原创 DNABERT2简单使用

1.导包2.导入模型(国内要手动下载下来放到本地)3.读取数据,二分类,数据就是基因序列(ATCGGGGAAA)和标签(0,1)4.使用dataset和dataloader5.建立模型6.定义其他参数7.训练和评估。

2024-11-19 10:25:05 558 2

原创 BERT-TFBS:一种基于 BERT 的新型模型,通过迁移学习预测转录因子结合位点

转录因子(TF)是通过结合 DNA 序列中的转录因子结合位点(TFBS)来调控基因转录所必需的蛋白质。准确预测 TFBS 有助于设计和构建基于 TF 的代谢调控系统。尽管已经开发了各种用于预测 TFBS 的深度学习算法,但预测性能仍有待提高。本文提出了一种基于 Transformer 的双向编码器表示 (BERT) 的模型 BERT-TFBS,用于仅基于 DNA 序列预测 TFBS。

2024-11-19 09:40:15 745

转载 BIB|通过自注意力与残差网络来预测DNA与蛋白质结合位点

在本文中,作者设计并实现了一种新颖的深度迁移学习方法SAResNet,以预测DNA序列中的DNA-蛋白质结合位点。特别是,作者结合了自注意力机制和残差结构来提出了一个新的深度学习架构,并通过迁移学习训练了网络模型。在基准数据集(690 ChIP-seq数据集)上的测试表明,作者提出的SAResNet的性能优于其他最新方法。Web Server参考文献。

2024-11-14 19:39:36 64

原创 【无标题】特征降维的常见方法

x_1.shape torch.Size([32, 96, 1000])怎么在1000的维度上降维,1000是seq_len要在形状 [32, 96, 1000] 的张量上对序列长度(seq_len = 1000)进行降维,可以采用多种方法。

2024-11-06 09:50:28 913

原创 计算深度学习的参数

构建模型和学习率衰减。

2024-10-03 12:51:25 663

原创 ReduceLROnPlateau学习率衰减设置

学习率衰减有多种方式,本次采用optim.lr_scheduler.ReduceLROnPlateau,这种方式代表在发现loss不再降低或者acc不再提高之后,降低学习率。在训练过程中加入如下代码。

2024-09-23 15:20:08 556

原创 flask开启调试模式,热部署

功能快捷键什么是热部署?简单说就是你程序改了,现在要重新启动服务器,嫌麻烦?不用重启,服务器会自己悄悄的把更新后的程序给重新加载一遍,这就是热部署(抄的)。没有找到怎么在pycharm中设置,我是在命令行中执行的,执行图片在最后面1.把命令行切换到你所用的anaconda环境下(没有conda的可以忽略),再切换到所在的目录下2.在命令行中输入输入set FLASK_DEBUG=1 # 开启debug模式set FLASK_ENV=development # 开启开发模式。

2024-07-27 09:11:46 436

原创 DNABERT2报错

下面是一些我个人使用的版本。

2024-07-19 13:14:50 514 2

原创 箱线图模板

箱线图模板

2024-06-20 15:27:32 208

原创 pytorch保存加载模型的两种方式

pytorch保存加载模型的两种方式

2024-06-19 14:27:28 446 1

原创 jbrowse2 [idx_check_range] Region cannot be stored in a tbi index. Try using a csi inde

修改config.json。ln -s 原地址。

2024-02-26 20:57:36 490

原创 阿里云配置安全组端口无法访问

要选择根服务器地区相同的来配置安全组。

2024-01-08 18:32:57 411

转载 STORAGE_WRITE_ERROR_:./Application/Runtime/Cache/Home/5f5878b563bbd0551b6c84d71156b7e9.php

解决2:如果上面方案没有解决,考虑服务器的空间是否充足,如果服务器空间用尽也会出现上述报错,禁止缓存文件生成,将之前生成的缓存文件删除,,在common下的conf下的配置文件中加上。‘TMPL_CACHE_ON’ => false,//禁止模板编译缓存。‘HTML_CACHE_ON’ => false,//禁止静态缓存。解决1:给Runtime目录添加权限;

2023-12-28 10:23:11 220

转载 Linux下用find查找并复制指定文件到指定目录下

将./ 目录下所有的 .doc 文件 移动到/tmp/doc目录下。

2023-12-27 14:48:04 437

转载 Ubuntu18.04安装miniconda3及使用

ubuntu18.04安装anaconda。接下来需要注意安装路径,记住安装路径。没有安装成功,则需要进行配置环境变量。接下来进行测试是否安装成功。接着退出,进行环境变量生效。然后一直enter就行。

2023-03-27 19:24:59 648

原创 FGM对抗训练

【代码】FGM对抗训练。

2023-03-22 15:06:38 371

原创 Cannot resolve symbol ‘HttpServlet‘

要导入jsp-api.jar和servlet-api.jar包 这两个包可以在tomcat中找到。web项目extends HttpServlet爆红。

2023-03-16 20:37:33 158

原创 from gensim._matutils import logsumexp, mean_absolute_difference, dirichlet_expectation File “

ValueError: numpy.ndarray size changed, may indicate binary incompatibility. Expected 88 from C header, got 80 from PyObject

2023-02-27 09:03:23 339

原创 huggingface的Transformers库报错 Failed to import transformers.models.gpt2.modeling_gpt2 because of the f

huggingface报错**

2023-02-25 09:26:44 6185 2

原创 深度学习常用的python函数(一)

由于我只简单的学过python和pytorch,其中有很多函数的操作都还是一知半解的,其中有些函数经常见到,所以就打算记录下来。

2023-02-17 20:57:16 635

原创 关于loss.backward()optimizer.step()optimizer.zero_grad()的顺序

loss.backward()要写在optimizer.step()之前。

2022-11-22 19:05:45 2491

原创 TensorDataset和DataLoader使用

TensorDataset和DataLoader使用

2022-11-14 18:17:39 1338

转载 drop_last=True

drop_last

2022-11-07 11:12:43 478

原创 Transformer与attention

Transformer

2022-10-25 20:17:51 215

原创 解决pandas数据显示省略号问题

解决pandas显示省略号

2022-09-02 10:27:48 672

转载 解决vue项目中style加入lang=“stylus“报错问题

stylus报错

2022-07-03 15:03:41 1897

转载 【转载】VScode光标乱跳、换行失灵、保存导致光标乱跳等解决办法

一、卸载JS-CSS-HTML Formatter插件很大的可能,是VScode安装了JS-CSS-HTML Formatter这个插件,或者其他类似这样功能的插件导致了光标bug。直接卸载,重启VScode就好了。二、设置自动保存我们可能无法确定是否安装上述的类似软件时,还有一种解决办法,就是设置自动保存,如图因为在官方文档中有说明,设置自动保存后,默认延迟为1000毫秒,有些地方建议在配置延迟更改为5000毫秒。个人认为,主要还是插件引起的光标bug,自动保存只能部分解决。...

2022-04-25 15:29:32 3132 1

原创 报错Component name “xxx“ should always be multi-word vue/multi-word-component-names

VUE3报错Component name “Header” should always be multi-word vue/multi-word-component-names是因为开启了语法检查,写成驼峰就可以,如果不写成驼峰,则要在vue.config.js中加入下列语句:lintOnSave:false//关闭语法检查const { defineConfig } = require('@vue/cli-service')module.exports = defineConfig({ tr

2022-04-17 22:52:51 12890

原创 js高级03变量提升、闭包(2)

这里写目录标题6.条件判断下的变量提升6.条件判断下的变量提升在当前作用域下,不管条件是否成立都要进行变量提升=>带var的还是只声明=>带function的在老版本浏览器渲染机制下,声明+定义都处理。但是为了迎合ES6中的块级作用域,新版浏览器对于函数(在条件判断中的函数),不管条件是否成立,都只是先声明,没有定义,类似于var。 console.log(a);//undefined if (1 === 2) { var a = 12; } console.log(

2022-04-08 10:46:24 774

原创 js高级02变量提升、闭包(1)

变量提升机制1.数据值操作机制2.变量提升机制+什么是变量提升+带var和不带的区别+等号左边变量提升+条件判断下的变量提升+重名问题的处理3.ES6中let不存在变量提升+不允许重复定义+暂时性死区+不存在变量提升...

2022-04-07 16:37:26 217

原创 js基础知识07(未完)

1.Math数学函数(背就完事了)数学函数︰但是它不是一个函数,它是一个对象,对象中存储了很多操作数字的属性方法,因此被称为数学函数 console.log(typeof Math); //object console.dir(Math)//输出如下图 console.log(Math.PI);//3.141592653589793 console.log(Math.abs(111.11));//绝对值absoluteMath中常用的属性和方法1.Math.abs([number va

2022-04-07 12:28:35 125

原创 js基础知识06

这里写目录标题1.变量和属性的区别2.for...in循环3.for...in循环实现隔行变色+自定义属性4.函数的底层运行机制问题:(选项卡案例,堆栈)解决方法1:自定义属性5.函数内置的实参集合arguements(任意数求和)1.变量和属性的区别一个对象的属性名只有两个格式:数字或者字符串var name = 10; var obj = { name: '培训', }; console.log(obj.name); //获取OBJ这个对象的NAME属性对应的值 console.

2022-04-06 21:39:18 362

原创 js基础知识05习题课(这就是八股文吗?i了i了)

这里写自定义目录标题一.问答题1.JS中常用的数据类型有哪些?2.浏览器中常用的内核有哪些?3.数据类型之间的区别?4.列举常用的关键字和保留字5.JS中创建变量的几种常用方式?二.写输出1.写出下面结果输出的答案(阿里2.写出下面结果输出3.写出下面结果输出4.写出下面结果输出5.输出1的有哪些6.输出undefined的有哪些7.输出true的有哪些8.输出结果9.输出结果10.输出结果三.扩展题1.浏览器常用的输出方式,除了console.log还有哪些2.一.问答题1.JS中常用的数据类型有哪些?

2022-04-06 10:02:39 553

原创 js基础知识04

这里写目录标题习题1(堆栈)console.dir(box);//查看详细信息习题1(堆栈)已知下面代码可以修改BOX元素的样式1 box.style.color = 'red ';那么下面的写法是否可以修改元素的样式,如果不可以是为什么?let box = document.getElementById('box');通过方法获取的元素box是 对象数据类型 的值console.dir(box);//查看详细信息//第一种方案let AA = box.style;AA

2022-04-02 20:48:00 298

原创 js基础知识03

这里写目录标题面试题11.1.堆的嵌套,会导致内存溢出2.分别写出下列表达式输出的结果面试题js所有的赋值都是关联,不是拷贝1 //1.写出下面结果输出的答案 let a = { n: 1 }; let b = a; a.x = a = { n: 2 }; console.log(a.x); // undefined

2022-04-01 21:39:04 319

原创 js基础知识02

这里写目录标题2.String字符串2.1把其他类型的值转化为字符串1.[val].toStirng()2.字符串拼接3.Boolean3.1把其他值转化为boolean1.boolean([val]) 2.!/!! 3.条件判断4.null // 5.undefined2.String字符串所有用单引号、双引号、 反引号(ES6字符串模板)包起来的都是字符串2.1把其他类型的值转化为字符串1.[val].toStirng() 2.字符串拼接1.[val].toStirng()co

2022-04-01 00:02:34 435

转载 js基础01

一:浅聊前端发展史第一阶段:C/S(client server) -> B/S(browser server) 网页制作 技术栈:PhotoShop、HTML、CSS第二阶段:从静态到动态,从后端到前端 前端开发工程师前后端分离后台:完成数据的分析和业务逻辑编写(包含API接口编写)前端:网页制作、JS交互效果、数据的交互和绑定技术栈:JavaScript、AJAX(跨域技巧)、jQuery…第三阶段:从前端到全端(从PC端到移动端)技术栈:H5、CSS3、响应式布局开发...

2022-03-31 09:42:21 147

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