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原创 2024-python字典-报错compounds.iloc[0].molecule_structures.keys()
【代码】2024-python字典-报错compounds.iloc[0].molecule_structures.keys()
2024-05-27 11:50:45
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原创 天麻钩藤饮与高血压
一般肝阳上亢型高血压患者所出现的伴随症状应用天麻钩藤饮加味也具有良好疗效,在临床中对于高血压患者伴有心血管疾患,运用天麻钩藤饮合补阳还五汤加减,以黄芪为主药,根据患者具体情况运用瓜蒌郁金改善患者胸闷症状,运用葛根羌活改善患者颈部强直不适等进行加味,对于控制患者血压,改善患者症状,防止心血管意外疗效可观。钩藤的主要成分为钩藤碱,其中以异钩藤碱降压效果最为显著,它通过直接和间接抑制血管运动中枢,阻滞交感神经及神经节,扩张外周血管,降低血管阻力以降压。头痛,眩晕,失眠多梦,或口苦面红,舌红苔黄,脉弦或数。
2024-05-21 22:03:40
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原创 2024-AIDD-人工智能药物设计-利用深度学习优化中药复方益气解毒方对胶质母细胞瘤靶点的药物设计研究
利用深度学习优化中药复方益气解毒方对胶质母细胞瘤靶点的药物设计研究
2024-05-10 21:57:28
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原创 2024-AIDD-人工智能药物设计-基于深度学习的胶质母细胞瘤靶点蛋白的识别与药物设计
从UniProt数据库查找胶质母细胞瘤相关的蛋白质数据是一个很好的开始,这可以帮助你识别与疾病相关的关键蛋白。:研究中药(如益气解毒方)与胶质母细胞瘤的关系,结合西药及其他数据库如GeneCards的数据,这有助于揭示潜在的治疗机制或药物靶标。:通过分析调控网络,可以了解哪些转录因子、信号通路在胶质母细胞瘤中扮演重要角色。:构建蛋白质互作网络有助于了解蛋白质之间的相互作用和功能关系。:确定网络中的核心蛋白或关键节点,这些可能是治疗胶质母细胞瘤的潜在药物靶点。
2024-05-10 21:56:35
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原创 2024-AIDD-人工智能药物设计设计思路-Artificial Intelligence for Drug Design
在进行AIDD时,需要综合考虑多个因素,包括靶点的生物学特性、化合物的化学结构、药物的药动学和药效学特性等。此外,还需要关注药物的安全性和耐受性。
2024-05-10 21:51:09
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原创 2024-AIDD-人工智能药物设计-AlphaFold3
准确预测的生物分子复合物结构,对于理解细胞功能和疾病治疗至关重要。AlphaFold2使得蛋白结构预测已经能达到实验精度,基于AF2也迸发出很多算法和进展。这就引出科学问题:是否能用AI算法准确预测所有生物分子,包括:DNA、RNA、小分子、离子、化学修饰等,的复合物结构。虽然最近也有类似的工作。
2024-05-10 21:24:13
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原创 2024-中药网络药理学-教程(全网最牛逼)
我这里研究的是胶质母细胞瘤(GBM),glioblastoma ,输入进去,然后就会得到对应的数据。然后我们去写代码,写python代码,把上面所有的中药.json转换为_targets.txt的文件。复制好后我们要去,这个网址上去处理json代码:https://www.json.cn/因为这里复制了,有很多基因在一行,需要处理,需要处理到每一行换行,所以这里需要代码操作。然后就会的到一个新的处理好的,Disease.txt文件,这里的文件,是覆盖重写的。然后我们就要开始运行代码,比如说我们要。
2024-04-17 10:46:13
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原创 2024-生物信息学-CGGA 数据库的分析
CGGA(Chinese Glioma Genome Atlas)是一个包含大量中国胶质瘤患者基因组数据的资源库。它的目的是为研究人员提供一个用户友好的网络应用程序,用于存储和分析超过2000个中国队列中的脑肿瘤数据集。这个数据库包括全外显子测序、DNA甲基化、mRNA测序、mRNA微阵列和microRNA微阵列等多种数据类型。
2024-04-17 10:40:12
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原创 2024-14.python前端+Django
前端基础总共分为三部分:、和。HTTP协议是Hyper Text Transfer Protocol(超文本传输协议)的缩写,是用于万维网(WWW:World Wide Web )服务器与本地浏览器之间传输超文本的传送协议。HTTP是一个属于应用层的面向对象的协议,由于其简捷、快速的方式,适用于分布式超媒体信息系统。它于1990年提出,经过几年的使用与发展,得到不断地完善和扩展。HTTP协议工作于客户端-服务端架构为上。浏览器作为HTTP客户端通过URL向HTTP服务端即WEB服务器发送所有请求。Web服务
2024-04-16 11:31:33
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原创 20024-13.python前端
B/S即:Browser与Server,中文意思:浏览器端与服务器端架构。Browser浏览器,其实也是一种Client客户端,只是这个客户端不需要大家去安装什么应用程序,只需在浏览器上通过HTTP请求服务器端相关的资源(网页资源)即可。HTTP协议是Hyper Text Transfer Protocol(超文本传输协议)的缩写,是用于万维网(WWW:World Wide Web )服务器与本地浏览器之间传输超文本的传送协议。超文本:超文本就是指“含有指向其他资源链接”内容的文本。大概就是,不仅仅是文字,
2024-04-16 11:30:28
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原创 2024-12.python高级语法
由于各种原因,比如时间紧,比如人手不足,比如架构缺陷,比如考虑不周等等,没有为函数的调用进行安全认证。正是由于生成器是一个“新”的东西,所以,它一方面没有引起广大工程师的重视,另一方面,也增加了工程师的学习成本,最终导致大家错过了Python中如此有用的一个特性。之前我们说过,不是只使用通用的异常类Exception就万事大吉了,为了效率问题,我们需要对常见的异常信息进行精准的捕获,那么如果异常出现在用户层的话,则就需要对用户操作可能会出现的异常进行判断然后精准捕获了,如何操作呢?想法不错,但事实却没有。
2024-04-16 11:24:04
420
原创 2024-11.python面向对象
比如,某个服务器的配置信息存在在一个文件中,客户端通过AppConfig类来读取配置文件的信息.如果程序的运行的过程中,很多地方都会用到配置文件信息,则就需要创建很多的AppConfig实例,这样就导致内存中有很多AppConfig对象的实例,造成资源的浪费.其实这个时候AppConfig我们希望它只有一份,就可以使用单例模式.上面的调用方式是我们大多数情况下都需要的,但是往往我们也不希望所有的变量和方法能被外部访问,需要针对性地保护某些成员,限制对这些成员的访问。建议只使用类名.类方法的调用方式。
2024-04-16 11:23:19
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原创 2024-10.python包与模块
在计算机程序的开发过程中,随着程序代码越写越多,在一个文件里代码就会越来越长,越来越不容易维护。为了编写可维护的代码,我们把很多函数分组,分别放到不同的文件里,这样,每个文件包含的代码就相对较少,很多编程语言都采用这种组织代码的方式。而这样的一个py文件在Python中称为模块(Module)。模块是组织代码的更高级形式,大大提高了代码的阅读性和可维护性。解释器内建模块python标准库第三方模块应用程序自定义模块另外,使用模块还可以避免函数名和变量名冲突。
2024-04-16 11:22:09
368
原创 2024-9.python文件操作
为了防止诸如open这一类文件打开方法在操作过程出现异常或错误,或者最后忘了执行close方法,文件非正常关闭等可能导致文件泄露、破坏的问题。write()动作可以多次重复进行,其实都是在内存中的操作,并不会立刻写回硬盘,直到执行close()方法后,才会将所有的写入操作反映到硬盘上。在这过程中,如果想将内存中的修改,立刻保存到硬盘上,可以使用f.flush()方法。使用open()方法操作文件就像把大象塞进冰箱一样,可以分三步走,一是打开文件,二是操作文件,三是关闭文件。文件句柄/文件描述符。
2024-04-16 11:21:32
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原创 2024-8.python作用域+函数其他
当我们在创建函数时,有些时候,不需要显式地定义函数,直接传入匿名函数更方便。匿名函数用好了,会有画龙点睛的效果,没用好,就容易“画虎不成反类犬”,需要我们在平时的代码过程中,多学、多看、多琢磨。通常而言,在编程语言中,变量的作用域从代码结构形式来看,有块级、函数、类、模块、包等由小到大的级别。但是在Python中,没有块级作用域,也就是类似if语句块、for语句块、while语句块,with上下文管理器等等是不存在作用域概念的,他们等同于普通的语句。通常,函数内部的变量无法被函数外部访问,但内部可以访问;
2024-04-16 11:20:03
288
原创 2024-7.python函数操作
因为最关键的b.append(4)这句代码,它不同于“=”赋值语句,不会创建新的变量,而列表作为可变类型,具有append方法,这个方法只是对列表的一种调用而已。绝大多数函数在定义的时候需要接收一定数量的参数,然后根据实际调用时提供的参数的不同,输出不同的结果。顾名思义,动态参数就是传入的参数的个数是动态的,可以是1个、2个到任意个,还可以是0个。上面例子中的a,b,c就是位置参数,我们在使用add(4, 5, 6)调用时,就是将4的地址传给a,5的传给b,6的传给c的一一对应传递。
2024-04-16 11:19:08
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原创 2024-6.python流程控制
一组被重复执行的语句称之为循环体,能否继续重复,决定循环的终止条件。同样是正常结束循环时,else子句执行。 可以不间断的进行猜数字游戏环节,找到猜对了,结束程序,猜不对,可以不断的进行游戏,并且需要提示用户猜大了还是猜小了。上图中就是一组典型的流程控制操作,很明确的阐述了编程中的因果关系,同一个输入不管执行多少次必然会得到同样的输出结果。 2.每一个用户的初始分数为100,每猜错一次扣5分,最后程序结束,统计用户的得分。1.将序列中的元素两两比较,然后实现将序列中的最大值逐一偏移到序列的末尾位置。
2024-04-16 11:18:14
361
原创 2024-4.python4基本数据类型
浮点数也就是小数,如1.23,3.14,-9.01,等等。但是对于很大或很小的浮点数,一般用科学计数法表示,把10用e替代,1.23x10^9就是1.23e9,或者12.3e8,0.000012可以写成1.2e-5,等等。对于数学计算,除了前面提到过的简单的加减乘除等等,更多的科学计算需要导入math这个库,它包含了绝大多数我们可能需要的科学计算函数,如下表。字符串属于序列类型,所谓序列,指的是一块可存放多个值的连续内存空间,这些值按一定顺序排列,可通过每个值所在位置的编号(称为索引)访问它们。
2024-04-16 11:16:20
414
原创 2024-3.python运算符和输入输出
print可以接受多个字符串,字符串类型的变量。每个字符串用逗号“,”隔开,连成一串输出。print会依次打印每个字符串,同时,每遇到一个逗号“,”就输出一个空格。input可以获取用户输入,保存成一个字符串。一定要注意,input的返回值是一个字符串类型。哪怕你输入的是个数字1,返回给你的只会是字符串“1”,而不是 整数1。print用于将内容格式化显示在标准输出上,主要指的是屏幕显示器。%百分号格式化输出方式。
2024-04-16 09:49:40
327
原创 2024-2.基础操作-Python
在 Python 中,对于类定义、函数定义、流程控制语句、异常处理语句等,行尾的冒号和下一行的缩进,表示下一个代码块的开始,而缩进的结束则表示此代码块的结束。简单地理解,标识符就是一个名字,就好像我们每个人都有属于自己的名字,它的主要作用就是作为变量、函数、类、模块以及其他对象的名称。注释是编写程序时,写程序的人给一个语句、程序段、函数等的解释或提示,能提高程序代码的可读性。我们通过定义变量来申请并命名这样的存储空间,并通过变量的名字来使用这段存储空间。在python中变量就是引用,引用就是变量。
2024-04-16 09:45:17
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原创 2024-1.Python介绍&环境安装
Python翻译成汉语是蟒蛇的意思,并且Python的logo也是两条缠绕在一起的蟒蛇的样子,然而Python语言和蟒蛇实际上并没有一毛钱关系。Python语言是由荷兰程序员Guido van Rossum,江湖人称“龟叔”,独立开发完成初版的。“龟叔”曾供职于google。1989年圣诞节期间,在阿姆斯特丹,为了打发圣诞节的无趣,决心开发一个新的计算机编程语言,然后他就这么做了,并实现了(大神的能力)。
2024-04-16 09:41:06
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原创 2024-中药网络药理学研究的免费数据库、在线平台与软件工具介绍
中药网络药理学要解决的一个核心问题是,如何在疾病相关网络的背景下,评价中药的多成分、多靶点的协同作用。根据中药方剂成分复杂、靶点不清、以全面调节的方式干预复杂疾病的特点,研究者们提出了一些中药网络药理学的研究路线,如图1就是一个典型的中药复方研究的网络药理学路线图。这个路线图包括数据获取和网络分析两大部分。需要获取的数据包括中药方剂的有效活性成分、活性化合物的靶点和疾病相关基因等。基于这些数据,构建和分析疾病相关网络、药物影响网络,识别疾病和药物影响的信号通路和生物学过程,能帮助我们阐明中药方剂的作用机制。
2024-04-16 09:34:04
1583
原创 2024-在 macOS 上禁用 Gatekeeper
Gatekeeper 是 macOS 操作系统的一项安全功能。它验证只有受信任的软件才能在您的 Mac 上运行。如果正在启动的软件已更改,用户将收到有关损坏的消息…如果不禁用 Gatekeeper 功能或绕过隔离功能(通常该过程称为 Dequarantine 或 de-quarantine),就不可能启动损坏的应用程序。
2024-03-30 16:26:07
1050
原创 2024-Python-在做科研的时候遇见word里面的很多图片删除不了,那么我应该如何用程序操作呢
【代码】2024-Python-在做科研的时候遇见word里面的很多图片删除不了,那么我应该如何用程序操作呢。
2024-02-06 22:54:41
512
原创 2024-macOS系统或Kail系统重——破解ZIP压缩的文件密码
【代码】2024-macOS系统或Kail系统重——破解ZIP压缩的文件密码。
2024-01-27 19:15:36
1849
2
原创 2024-人工智能-mnist.load_data直接这么写报错的问题
【代码】2024-人工智能-mnist.load_data直接这么写报错的问题。
2024-01-25 11:20:28
462
原创 2024-人工智能-关于mlp.predict_classes失效报错的问题-如何修改
【代码】2024-人工智能-关于mlp.predict_classes失效报错的问题-如何修改。
2024-01-25 11:13:09
715
原创 2024-python画图永久解决 matplotlib 中文乱码
不多说了吧,大家肯定是自己安装了python,这些环境了,毕竟都知道乱码了,所有此处省略1万字,如果这些前期不会的,就不要来找我了,自己解决,我拒绝回答。
2024-01-05 11:35:41
660
原创 2024-AI人工智能学习-安装了pip install pydot但是还是报错
但是我明明安装了,但是还是报错了。所以大家不要慌,不要心急,稳住!!!!!!
2023-12-24 23:04:27
668
原创 2023-macOS下安装anaconda,终端自动会出现(base)字样,如何取消
安装后,我们再打开终端,就会自动出现了(base)就会出现这样子的,让人头大,所以我们要解决它具体原因是 安装了anaconda后,每次启动终端都会启动anaconda的base环境。原因:安装conda后,每次启动终端,都会自动启动conda的base环境,conda的环境可以用 conda env list 查看只要设置conda不要自动启动base环境就可以了。
2023-11-01 15:40:18
2039
原创 2023-在mac下安装Homebrew的国内镜像
通常情况下,如果您计划使用 Homebrew 安装命令行工具和桌面应用程序,您应该至少选择 “Y” 来克隆 Core 和 Cask 仓库。如果您计划使用 Homebrew Cask 来安装桌面应用程序(如浏览器、文本编辑器等),则需要选择 “Y” 来克隆 Cask 仓库。在 Homebrew 安装过程中,您看到的信息是提示您是否要继续克隆 Homebrew 仓库的子模块。如果您想安装和使用 Homebrew 提供的软件包,通常需要选择 “Y” 来克隆 Core 仓库。
2023-10-30 18:35:21
3318
原创 2023-python pdf转换为PPT代码
CADD(Computer Aided Drug Design):计算机辅助药物设计,依据生物化学、酶学、分子生物学以及遗传学等生命科学的研究成果,针对这些基础研究中所揭示的包括酶、受体、离子通道及核酸等潜在的药物设计靶点,并参考其它类源性配体或天然产物的化学结构特征,以计算机化学为基础,通过计算机的模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的相互作用,考察药物与靶点的结构互补、性质互补等,设计出合理的药物分子。基于代谢组学的高性价比特性,它被药学领域的研究者给予了厚望,有望加速新药开发的进程。
2023-10-22 10:56:14
985
原创 2023-CADD、AIDD/分子对接、gromacs分子动力学全程实操、代谢组学
CADD(Computer Aided Drug Design):计算机辅助药物设计,依据生物化学、酶学、分子生物学以及遗传学等生命科学的研究成果,针对这些基础研究中所揭示的包括酶、受体、离子通道及核酸等潜在的药物设计靶点,并参考其它类源性配体或天然产物的化学结构特征,以计算机化学为基础,通过计算机的模拟、计算和预算药物与受体生物大分子之间的相互作用,考察药物与靶点的结构互补、性质互补等,设计出合理的药物分子。基于代谢组学的高性价比特性,它被药学领域的研究者给予了厚望,有望加速新药开发的进程。
2023-10-03 10:59:34
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原创 2023-mac-git-xcrun: error: invalid active developer path (/Library/Developer/CommandLineTools)
您可能会收到一条错误信息 “无法安装软件,因为软件更新服务器当前无法提供该软件”。在这种情况下,xcode-select --reset 可以像 akozin 指出的那样工作。作为后续步骤,如果您有多个版本或希望在没有 Xcode 的情况下运行命令行工具,您可能需要重新设置 Xcode 的路径。您不需要 Xcode,只需在此处安装命令行工具,它大约有 130 MB(Xcode v14.1 时为 600 MB)。这将弹出一个对话框,选择 “安装”,它将下载并安装命令行工具包并修复问题。
2023-09-13 16:55:02
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空空如也
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