AIDD-人工智能药物设计-AI从零设计抗菌肽，对抗耐药菌还有清除生物膜超能力！

西湖大学团队登上Nature Materials，AI从零设计抗菌肽，对抗耐药菌还有清除生物膜超能力！

在抗生素滥用引发耐药危机的当下，我们亟需更安全、更智能的抗菌策略。而就在最近，一项由西湖大学黄晶教授与王怀民教授团队联合主导的研究登上《Nature Materials》，提出了一种以深度学习模型引导、全新设计的抗菌自组装肽（SAFP）。

西湖大学AI设计抗菌肽.pdf

该团队不仅开发了强效、广谱、低毒、无耐药风险的新型抗菌肽，还构建了一个可迁移的AI模型“TransSAFP”，为下一代抗菌药物设计打开了新的大门！

AI+生物：从头设计功能性自组装肽

过去，自组装肽（SAFP）因其结构多变、合成简单、生物相容性好，被广泛用于组织工程、药物递送等领域。而赋予它们“抗菌功能”却一直是难点，特别是当我们使用非天然氨基酸或添加N端修饰基团时，传统的经验设计法几乎失效。

为了突破这一瓶颈，研究团队开发出一个深度学习模型——TransSAFP，结合预训练 + 迁移学习策略，能够在少量实验数据的基础上，高效预测肽段的抗菌能力，并在模拟中引入11种N端自组装修饰，极大拓展了设计空间。

| Overview of the discovery workflow of the new SAFP materials

从模型预测到实验验证：抗菌率高达86%

研究人员利用TransSAFP在6–15个氨基酸长度的肽库中进行全景预测，并从中筛选出140条得分最高的候选序列。随后进行化学合成与实测，结果令人震撼：

121条序列（约86%）具有明确抗菌活性！

更令人兴奋的是，这些肽段不仅能对抗大肠杆菌、金黄色葡萄球菌等常见菌株，甚至在对抗耐药菌和生物膜方面展现出惊人效果。

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The TransSAFP protocol for identifying potential SAFPs.

| Experimental validation and screening of SAFP candidates

明星抗菌肽 p45：性能媲美环丙沙星

其中一条名为p45的自组装肽表现尤为出色：

• 广谱抗菌：对14种致病菌有效，包括ESKAPE耐药菌株
• 自组装能力强：能在体内浓度下自动聚集成纳米纤维
• 不诱导耐药性：连续传代30次，MIC保持稳定
• 清除生物膜能力强：远超常用抗生素环丙沙星
• 体内疗效显著：在小鼠肠道感染模型中恢复肠道屏障、稳定微生物群落

简而言之，p45几乎就是AI设计的“理想抗菌肽”，具备临床转化的巨大潜力。

Prediction and analysis of SAFP in entire octapeptide library.

Therapeutic efficacy of p45 against intestinal infection

模型真的有“想象力”：挖掘了完全陌生的有效序列！

更令人期待的是，研究团队利用TransSAFP还进行了de novo筛选：从理论上组合出全部可能的8肽（超过2×10¹¹种），再预测其抗菌能力。

最终选出的新型SAFP（如octa-p2），与已知抗菌肽序列相似度极低，却依然在实测中表现出强效抗菌性！

这意味着：AI不只是模仿，它正在创造从未出现过的新型抗菌肽！

展望：从抗菌肽走向更多功能肽材料的智能设计

这项工作不仅为抗菌药物开发提供了新路线，也展示了一个强大的范式：通过深度学习辅助分子设计，打通计算与实验的闭环。

研究团队表示，未来TransSAFP框架还可扩展至其他功能，比如：

• 抗肿瘤肽
• 组织修复肽
• 靶向递送肽
• 生物成像肽等

这不仅是一次AI与化学生物交叉的突破，更可能是开启分子材料智能设计时代的关键一步！