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图像处理&数据处理
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JianJuly
中国科学技术大学生物医学工程博士,研究方向为医学图像处理,深度学习。
Email: jianjunming94@163.com
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【资料汇总】数据处理&图像处理
1. 图像处理OpencvOpenCV中文官方文档Matplotlib【Python绘图】matplotlib:先搞明白plt. /ax./ fig再画Matplotlib速查表——画图时候一定要放手边的表2. 数据处理预处理【R语言】数据标准化处理Pandas【Python数据分析】pandas 基本操作...原创 2020-07-09 09:32:39 · 466 阅读 · 0 评论 -
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用于对simpleitk object进行膨胀操作原创 2022-07-08 08:20:23 · 1245 阅读 · 0 评论 -
【Python数据分析】Pandas按行遍历Dataframe
Pandas按行遍历Dataframe的方法主要有两种:iterrows()和itertuples(),具体用法如下:# 构建数据集import pandas as pdimport numpy as npN = 20dataset = pd.DataFrame({ 'date': pd.date_range(start='2016-01-01',periods=N,freq...原创 2019-07-19 13:33:46 · 14334 阅读 · 0 评论 -
【Python数据分析】pandas读写csv
read_csv# 函数原型pandas.read_csv(filepath_or_buffer, sep=', ', delimiter=None, header='infer', names=None, index_col=None, usecols=None, squeeze=False, prefix=None, mangle_dupe_cols=True, dtype=None, ...原创 2019-08-21 16:12:51 · 318 阅读 · 0 评论 -
【Python数据分析】pandas, DataFrame, Index的方法delete和drop的区别
delete和drop都是Index类删除索引的方法 《利用Python进行数据分析》一书对二者的描述如下 delete 删除索引i处的元素,并得到新的Index drop 删除传入的值,并得到新的Index 事实上,delete接受的参数是数字下标,而drop接受的参数是具体的索引值import numpy as np import pandas as...原创 2018-05-06 19:55:25 · 6357 阅读 · 0 评论 -
【SimpleITK教程】GetSize()方法和GetArrayFromImage()方法
GetSize()方法可用于获取SimpleITK对象的三个维度大小GetArrayFromImage()可用于将SimpleITK对象转换为ndarrayimport SimpleITK as sitk# 实验用的图片大小为320*250*80,# 即矢状面(x轴方向,)切片数为320,冠状面(y轴方向)切片数为250,横断面(z轴方向)切片数为80 # 如下图所示![在这里插入图.........原创 2019-08-14 11:22:34 · 13890 阅读 · 6 评论 -
【SimpleITK教程】SimpleITK读取Dicom序列
医学图像数据常用的格式为dcm或者nrrd。下面的教程展示,如何读取一个包含多张切片的dicom序列,并将其转换为单个3D的dcm文件import SimpleITK as sitk# Dicom序列所在文件夹路径(在我们的实验中,该文件夹下有多个dcm序列,混合在一起)file_path = "/data/jianjunming/BEOT/BEOT_1st/B/B13-5219...原创 2018-07-26 09:42:02 · 18280 阅读 · 23 评论 -
【Python绘图】设置pycharm不在SciView中显示图片
File -> Settings -> Tools -> Python Scientific -> 去掉Show plots in tool window勾选原创 2019-08-05 11:40:12 · 8293 阅读 · 7 评论 -
【Python绘图】matplotlib:先搞明白plt. /ax./ fig再画
原文链接:https://zhuanlan.zhihu.com/p/93423829我这个傻子的matplotlib学习过程很神奇:刚开始,找几个教程,呕吼,简单,plt.*** 一顿写。画完了。遇到坐标啊之类的细节不会调?打开谷哥,要啥搜啥。我最开始觉得这样蛮好的,这是一个很容易学的lib嘛。然后问题出现了,matplotlib最烦人的地方就是,同样一个目标,你可以有N种不同...转载 2019-12-23 14:07:56 · 7222 阅读 · 5 评论 -
【Python绘图】解决使用 plt.savefig 保存图片时一片空白问题
注意在 plt.show() 之前调用 plt.savefig()即可原创 2019-08-05 11:42:05 · 1624 阅读 · 0 评论 -
【R语言】数据标准化处理
1、标准化——数据处理preProcess(x, method = c("center", "scale"), thresh = 0.95, pcaComp = NULL, na.remove = TRUE, k = 5, knnSummary = mean, outcome = NULL, fudge = 0.2, numUnique = 3, verbose = FALSE, freqCut = 95/5, uniqueCut转载 2020-06-10 11:29:20 · 47860 阅读 · 3 评论 -
【SimpleITK教程】SimpleITK调用MITK或其它图像浏览器显示3D图像
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【SimpleITK教程】滤波器列表
滤波器名字 描述 AbsImageFilter 计算每个像素的绝对值 Computes the absolute value of each pixel. AbsoluteValueDifferenceImageFilter Implements pixel-wise the computation of absolute value difference. Aco.....原创 2021-03-11 19:41:26 · 2572 阅读 · 0 评论 -
【资料汇总】医学图像处理
图像分割医学图像分割多目标分割(多分类)实践原创 2020-11-30 20:31:45 · 491 阅读 · 0 评论 -
【opencv】opencv-Python读(imread)写(imwrite)图像及图像类型转换
读取图像from pathlib import Pathimport cv2import numpy as nppath_img = Path(r'Morphling.jpg') # 原始图像路径img_raw = cv2.imread(str(path_img), flags=-1)print(f'原始图像尺寸:{img_raw.shape}, 深度:{img_raw.dtype...原创 2019-07-25 16:15:47 · 3602 阅读 · 0 评论 -
【opencv】cv2.rectangle 报错:TypeError: Layout of the output array rectList is incompatible with cv::Mat
问题:使用Python + Opencv 对图像进行矩形框标注时cv2.rectangle(img, (box[0], box[1]), (box[2], box[3]), (0, 255, 0) ,2)报错:TypeError: Layout of the output array rectList is incompatible with cv::Mat (step[n...原创 2019-07-13 17:48:35 · 1012 阅读 · 2 评论 -
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转载自:https://blog.csdn.net/loveliuzz/article/details/73648505 在本教程中,我们将首先给出一个简单的方法,使用OpenCV的预定义的颜色映射来将灰度图像伪彩色化。另外,我们还将展示一个方法,如果你想使用你自己定义一个自定义的调色板。我会分享C++和Python代码,你可以在这里下载。 这篇文章是专门为美国宇航局的新边...转载 2018-07-18 21:37:26 · 2400 阅读 · 0 评论