1045 access denied for user 'root'@'localhost' using password yes

到MySQL安装目录bin文件夹下，my.ini改为自己的文件路径

C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.1\bin>mysqld  --defaults-file="C:\Program

Files\MySQL\MySQL Server 5.1\my.ini" --console --skip-grant-tables

Files\MySQL\MySQL Server 5.1\my.ini" --console --skip-grant-tables
090515 22:06:09 [Warning] The syntax '--log' is deprecated and will be removed i
n MySQL 7.0. Please use '--general_log'/'--general_log_file' instead.
090515 22:06:09 [Warning] The syntax '--log_slow_queries' is deprecated and will
 be removed in MySQL 7.0. Please use '--slow_query_log'/'--slow_query_log_file'
instead.
090515 22:06:09 [Warning] The syntax '--log' is deprecated and will be removed i
n MySQL 7.0. Please use '--general_log'/'--general_log_file' instead.
090515 22:06:09 [Warning] The syntax '--log_slow_queries' is deprecated and will
 be removed in MySQL 7.0. Please use '--slow_query_log'/'--slow_query_log_file'
instead.
090515 22:06:09 [ERROR] The update log is no longer supported by MySQL in versio
n 5.0 and above. It is replaced by the binary log. Now starting MySQL with --log
-bin='' instead.
090515 22:06:09  InnoDB: Started; log sequence number 0 324221
090515 22:06:09 [Note] mysqld: ready for connections.
Version: '5.1.33-community-log'  socket: ''  port: 3306  MySQL Community Server
(GPL)

看到这个结果就说明MySQL已经起来了。
再开一个DOS窗口，同样切到mysql bin目录下，
C:\Program Files\MySQL\MySQL Server 5.1\bin> mysql -uroot mysql
Welcome to the MySQL monitor.  Commands end with ; or \g.
Your MySQL connection id is 2
Server version: 5.1.33-community-log MySQL Community Server (GPL)

Type 'help;' or '\h' for help. Type '\c' to clear the buffer.

mysql>

mysql> UPDATE user SET Password=PASSWORD(’newpassword’) where USER=’root’; 
mysql> FLUSH PRIVILEGES; 
mysql> quit ;

之后正常重启MySQL服务就行了。