nnUNet安装踩坑记录
论文地址:https://arxiv.org/abs/1809.10486
https://github.com/MIC-DKFZ/nnUNet
更新于2020/12/04:
其实应该更早更新,因为我已经用了很久了。pytorch更新1.6版本以后,自带混精度梯度传递,无需编译apex,只需要把nnunet clone到本地,pip install -e . 即可(建议提前装好pytorch,会节省安装时间)
nnUNet采用2D,3D和级联UNet网络结构,最大的亮点在于可以自适应调参,可以适用于多种数据集的图像分割训练,尤其是医学图像分割训练,因此想尝试部署该框架,对CT和MR的癌症靶区进行分割
部署环境
- 操作系统:windows 10
- GPU:nvidia 1080 8G
- python 环境:使用anaconda建立独立虚拟环境,python版本为3.6
- CUDA版本 9.2, cuDNN版本:7.6.5.32
安装pytorch
- 从网址 https://download.pytorch.org/whl/torch_stable.html 中下载 cu92/torch-1.2.0%2Bcu92-cp36-cp36m-win_amd64.whl 和 cu92/to