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RSS订阅原创 生物化学Learning Track（26）糖异生
本笔记基于杨荣武教授主编的《生物化学》第四版，配图也源于教材糖异生泛指一种生物以非糖物质作为原料净合成葡萄糖的过程，如果是脊椎动物，那么糖异生主要发生在肝脏（约80%）和肾皮质（约20%）细胞中，胰岛β细胞和小肠细胞也可以进行低水平的糖异生。糖异生是动物细胞从头合成葡萄糖的唯一手段。
2025-12-06 16:35:31
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原创 生物化学Learning Track（20）生物能学
其实我认为这一节更加重要的是补充热力学背景知识，以及有这样一个观念，代谢归根到底是化学反应，化学反应归根到底是物理规律。我虽然按照我的理解讲了下能量还有其他热力学，但是我们在进行后面的学习当中，不需要对于每一个涉及能量的步骤都这么分析一遍，之所以细致深入了解能量，是为了让我们在提到能量的时候不再虚无缥缈。小编水平有限，若有错误之处请多多指教友善交流~~
2025-11-16 20:37:48
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原创 生物化学Learning Track（15）酶活性的调节
那么F会反馈抑制E3，部分反馈抑制E1，同理Y，这样就使得E1在F和Y都过量的时候才会被完全抑制，如果有一个产物仍需合成，E1的活性就不会被完全抑制住。那么这样分别抑制分步抑制的好处十分明显：对于某一产物过量，可以特异性关停这个产物的合成途径，但是不会很大程度影响到另外一个分支产物的合成。这样的反馈抑制，有利于避免产物积累可能导致的毒性，同时也可以促进能量的合理分配。
2025-10-26 20:00:58
2025
原创 生物化学Learning Track（13）核酸的性质和研究方法
（本笔记基于杨荣武教授主编的《生物化学》第四版，如有未说明来源的配图也源于教材）
2025-10-04 16:15:49
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原创 生物化学Learning Track（12）蛋白质的性质和研究方法
（本笔记基于杨荣武教授主编的《生物化学》第四版，未说明来源的配图也源于教材）
2025-10-03 21:45:51
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原创 生物化学Learning Track（11） 酶动力学
那么简单总结一下，我们从影响酶反应速率出发，从酶结构的角度重新思考为什么温度和pH可以影响酶的活性，并且对最适温度最适pH进行了细致的阐述。同时我们也从最基本的米氏动力学出发，了解单底物单产物酶的动力学机理，解释模型特征量的生物学含义，再进一步研究抑制剂会对酶动力产生什么影响。接着我们在单底物的基础上，研究多底物，其实也就是将其他底物固定浓度，调动其中之一底物浓度来实现分析目的。最后的最后我们分析别构酶的动力学，我们着重分析的是寡聚酶在抑制剂和激活剂的作用下体现的协同性。
2025-10-03 10:55:43
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原创 生物化学Learning Track（10）酶学概论
（本笔记基于杨荣武教授主编《生物化学》第四版，文中配图若无说明也皆源于教材）此篇酶学概论其实更多的是与先前我们的对酶的认知的一种承接，主要讲述了三方面内容：酶的化学本质、酶的催化性质和酶的分类与命名。
2025-10-02 11:34:33
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原创 生物化学Learning Track（9）核酸的结构和功能
本文主要介绍了DNA和RNA的结构差异及其生物学意义。DNA作为遗传物质，使用脱氧核糖和胸腺嘧啶(T)来确保遗传稳定性，而RNA则保留2'羟基和尿嘧啶(U)，赋予其功能多样性。文章详细阐述了DNA选择T而非U的进化优势：C的自发脱氨会产生U，若DNA使用U将难以区分突变与正常碱基。RNA由于寿命短且功能灵活，可容忍U的存在。此外，文中还讨论了核酸的一级结构（磷酸二酯键连接）和二级结构（如DNA双螺旋），并指出RNA的2'羟基使其更易降解但更适合催化功能。最后，文章将RNA分为编码RNA和非编码RNA两类，强
2025-09-29 20:30:12
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原创 生物化学Learning Track（VIII）核苷酸
这一章我认为主要是给后面的章节做铺垫用的，我对自己的学习要求就是记住这些分子式的结构以及重要的一些性质就好，主要是为了后面的核酸如何形成打下基础~（所以这一篇笔记的风格和前面几篇就会有些不同啦）（本笔记基于杨荣武教授《生物化学》第四版，图片也源于教材）
2025-09-25 21:49:29
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原创 Cell Biology Learning Track（II）物质的跨膜运输
其实这一块我在刚刚看到开头的时候会想，这不是老掉牙的内容了吗，但是当你仔细去思考背后的一些原理，你会觉得有一些问题似乎我们还没有理解清楚比如你是否可以回答以下几个问题呢：1. 为什么水孔蛋白不可以转运离子？2. 为什么载体蛋白可以顺浓度梯度运输物质，载体蛋白是如何改变结构的？3. 为什么通道蛋白只可以顺浓度梯度运输物质4. 协同运输是如何进行的？5. 为什么调节胞质的钙离子浓度同时要两种转运钙离子的膜蛋白（一个是pump，一个是协同）？
2025-09-24 10:27:34
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原创 Cell Biology Learning Track（I）膜结构
这个笔记主要基于小编老师的PPT的顺序进行总结的，所以就直接从细胞质膜开始了，对于前面细胞概述的内容咱们就直接略过了，这一块大家应该都有了解。
2025-09-15 21:10:57
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原创 Quality Control II: Trimming （二）：BBDuk
Kmer的应用可以说是贯穿了BBDuk始终的，其实Kmer的概念是很好理解的，解释长度为kbp的DNA片段（在此碱基测序语境下，如果在蛋白质会有不一样），那么通常我们也就是从read或者是reference序列里面取子集来时生成Kmer的。但是如果我们真的想要深入了解Kmer的含义，我们必须得先了解hdist（Hamming Distance）和qhdist（Query Hamming Distance）的区别。两个等长字符串之间对应位置上不同字符的数量（豆包）
2025-08-06 12:40:08
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原创 Quality Control II: Trimming （一）：Trimmomatic
先简单介绍一下这两种工具的语法：trimmomatic：（先介绍最基本的步骤，后面的适配器去除，端低质量修建和长度过滤会依次介绍）# SE表示单端，SRR1972917_1.fastq是输入文件，trimmed_1.fastq是输出文件上面是对单端测序文件操作（但其实我用的是双端的，故仅仅起到演示作用），尤其介绍一下最后一个参数SLIDINGWINDOW：4:30，这个意思是滑动窗口是4个碱基作为一个窗口，阈值是30。
2025-08-04 12:14:14
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原创 Quality Control I：Visualize Sequencing Data Quality
我们对上述数据的分析，我们可以大致得到这个数据的质量如何，并且可以初步指示出现了哪些状况导致了这些测序数据上的质量下降，那么这也为我们进行Quality Control奠定了很好的基础。小编水平有限，如有不足错误之处请多指教友善交流~
2025-08-01 17:37:25
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原创 NCBI数据下载随记
因为小编对于这一块一直比较迷惑，所以就简单记一下自己的下载经历，一方面方便自己日后查看，当然如果也能帮到你是最好的啦！首先先说一下，小编在Windows笔记本上下载了Ubuntu的Linux运行环境，所以这里涉及的所有命令行都是在Ubuntu进行的哦~再多说一嘴，最开始初学生信的时候小编就只建立了一个conda环境，但是在使用prefetch的时候怎么CA也没有办法通过，所以想着干脆新建立一个conda环境专门用来下载sra文件，然后再在bioinfo环境分析处理文件（问了AI，似乎是可行的）
2025-08-01 11:39:54
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原创 Unix生信常用命令行
如果对Unix基础命令行还不熟悉的可以参考小编写的另一篇Unix命令行入门在这个基础上，小编将介绍其他的unix在生物信息学当中常用命令行，持续更新中~
2025-07-31 18:38:19
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原创 AWK入门（Linux中使用）
小编在学习生信的时候，awk总是不时出现在命令行操作当中，忍无可忍之后决心系统学习awk语法，结果发现awk其实是自成一套编程体系的（天，第一眼确实震惊我！），虽然有很多地方是有借鉴于C的，但是仍然有很多其独特语法所在之处。
2025-07-30 23:43:23
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原创 ORA（Over Representation—Analysis）分析
有这样一个问题，如果我们去查看某个基因的功能一种常用的方式就是敲除这个基因看变化，但是除了表观的变化比如说肤色等等我们可以直接观测到的，对于一些代谢通路的阻断或者增强我们可能就没有办法从表型的角度进行观测。所以我们需要从分子水平上对这个基因到底起什么作用进行分析，而ORA就是其中常用的方法之一。
2025-07-27 21:11:56
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原创 Unix命令行入门
标准输入（stdin）和标准输出（stdout）可以理解为给命令输送数据和命令输出数据的通道，一般来说输入通道是导向键盘输入的，输出通道是导向终端输出的，但是重定向本质上就是对这些通道的方向进行挪移，改变输入和输出的来源。cat在上面的情况是交互模式（其后面不加文件名），我们更加关注其后有文件名的，可以认为cat的核心作用就是读取文件内容，合并文件，创建新文件显示文件内容，cat行使此功能的时候还可以搭配多种选项如-n，读者有兴趣可以自行学习#将new.txt的内容显示在终端合并文件。
2025-07-25 11:12:14
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原创 正则表达式入门
d对应0-9中所有数字\D对应除了0-9中的数字的所有字符\w对应0-9，a-z，A-Z,_中的所有字符，等同于[0-9a-zA-Z_]\W对应除了0-9，a-z，A-Z,_中的字符，等同于[^0-9a-zA-Z_]\s对应whitespace（包括了space，tab，\n等）\S对应除了whitespace的字符对应所有字符\b对应\w和\W之间的分隔重复0次至无穷次，等同于{0,}重复1次至无穷次，等同于{1,}?
2025-07-24 13:25:17
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空空如也
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