比较两个不同列的文件并打印不同列

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Compare two files of different columns and print different columns

我想将file2的第二列与file1的第一列进行比较。 如果它们相等，我想将file1的第二列添加到file2中，如output.txt中所示。

文件2

1 2 3 4

chr5    ENST00000514151    utr5    0    + chr5    ENST00000512281    utr5    0    + chr5    ENST00000512281    utr5    0    + chr5    ENST00000512281    utr5    0    +

文件1

1 2 3

ENST00000512281    a ENST00000504031    b ENST00000776348    c

output.txt

1 2 3

chr5    a    ENST00000512281    utr5    0    + chr5    a    ENST00000512281    utr5    0    + chr5    a    ENST00000512281    utr5    0    +

我可以比较文件

1	awk 'NR==FNR{a[$1];next}$2 in a{print}' file1 file2

这给出以下输出：

1 2 3

chr5    ENST00000512281    utr5    0    + chr5    ENST00000512281    utr5    0    + chr5    ENST00000512281    utr5    0    +

但是我不知道如何将file1的第二列添加到输出中。

 相关讨论

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您可以使用a[$1]=$2将file1中的$2值存储到数组中。 因此，您可以尝试：

1 2 3 4 5 6 7

awk '    NR==FNR{      a[$1]=$2 ; next }    $2 in a {      $1=$1 FS a[$2]      print    }' file1 file2

输出：

1 2 3 4 5

chr5 b ENST00000504031 utr5 0 + chr5 b ENST00000504031 utr5 0 + chr5 a ENST00000512281 utr5 0 + chr5 a ENST00000512281 utr5 0 + chr5 a ENST00000512281 utr5 0 +

说明：

• 这会使用$1=$1 FS a[$2]修改file2中的$1，其中FS是默认的字段分隔符，它是一个空格..然后重建记录，以便以后可以由print打印。
• 如果需要，可以将print简化为1。类似于$2 in a { $1=$1 FS a[$2] }1
• 请注意，这将重建file2中的记录，因此任何空格或制表符序列都将被截断为输出中的单个空格。 要使原始格式保持为file2，可以使用Gnu Awk版本4中的split()函数。