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kirov1024
这个作者很懒,什么都没留下…
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【生信工具总结】分泌基因簇分析给力工具的安装与使用-Antismash
antiSMASH使用手动编纂并验证过的“规则”,这些规则定义了哪些核心生物合成功能需要在一个基因组区域中存在才能构成一个生物合成基因簇(BGC)。这些规则基于对已知生物合成途径的理解,包括识别负责关键合成步骤的酶编码基因等。原创 2024-05-16 15:19:31 · 1250 阅读 · 1 评论 -
生物大模型文献及代码精读(三)找到所有物种的通用基因?
做了什么?在这里我们介绍SATURN(翻译为土星),一种基于蛋白质语言模型的通用细胞嵌入编码基因的学习方法。通过整合来自不同物种的数据集及基因组相似性,作者提出了一种Macrogenes,用于综合不同基因跨物种共表达;作者基于这种embedding方法,将其用于单细胞多物种整合等下游任务,效果拔群;同时还展现了识别位置基因的功能的作用。意义是什么?解决跨物种分析难题增强对细胞类型的理解:SATURN方法通过整合不同物种的单细胞RNA测序数据,揭示了细胞类型在进化过程中的保守性和多样性。原创 2024-05-09 22:31:43 · 427 阅读 · 1 评论 -
真核细胞中的病毒基因——内源性逆转录病毒 生信工具总结 祖先留下的血源诅咒?
ERV原病毒两侧有两个长末端重复序列(LTRs),提供调控功能,包括启动子、增强子或引物结合位点,LTR内部由编码基因gag、pro、pol和env组成。ERV原病毒的重组会在整合位置残留一个LTR,因此大多数元件以单独的LTR存在,而在我们的基因组中保持完整的全长ERV大约有4000个。前病毒的结构,其内部区域(红线)编码gag、pol和env基因,两侧为两个长末端重复序列(LTR)。异位重组发生在前病毒的两个LTR之间,导致内部区域连同一个LTR一起缺失,从而形成单个LTR。原创 2024-03-11 13:47:53 · 1212 阅读 · 0 评论