k8s中pod目录访问权限不足

相关背景

在调试mysql-operator和mysql，在部署mysql的过程中，一直出现，mysqld: File ‘/var/lib/mysql-bin.index’ permission deined或者报错Can’t find error-message file ‘/usr/local/mysql/errmsg.sys’

cluster.yaml

apiVersion: mysql.presslabs.org/v1alpha1
kind: MysqlCluster
metadata:
  name: my-cluster
spec:
  replicas: 2
  secretName: my-secret
  volumeSpec:
    hostPath:
      path: /data/mysql
      type: DirectoryOrCreate
  mysqlConf:
    innodb-buffer-pool-size: 1Gi

通过kubectl describe pod podname查看到pod是卡在了mysql-init-log或mysql容器启动过程中。
通过kubectl logs podname -c containername查看到容器的报错都为无法读写容器内/var/lib/mysql目录，而导致容器执行异常退出，而且镜像都在percona镜像。
服务器/data/mysql挂载了容器中的/var/lib/mysql。

思路

1. 判断是服务器上的/data/mysql权限配置不对，导致容器挂载后无权限。容器的默认用户为mysql，uid为999，gid为999。通过将/data/mysql权限设置为777，以及将目录用户和组设置为999:999，问题依旧存在。分析有误。
2. 通过手动模拟容器挂载，复现该问题，判断是否为容器启动时候的权限问题。
   docker run -v /data/mysql:/var/lib/mysql -it percona bash，进入容器后，/var/lib/mysql目录用户就为999，可以访问并读写文件，无问题。分析有误。
3. 通过改变挂载目录/data/mysql变为/data，很奇怪，可以通过init-container，但是无法执行mysql的逻辑。问题依旧存在。
4. 可能是k8s启动有问题，通过模拟mysql容器化启动逻辑，启动后进入pod，判断问题能否复现。
   执行kubectl apply -f pod.yaml，让容器一直在sleep中，并进入容器kubectl exec -it podname – bash,发现/var/lib/mysql的目录用户和组都为root，则确认问题。k8s启动pod和docker启动容器的逻辑不同，k8s会默认使用root来创建设置挂载目录，而docker是使用宿主机上的目录的用户和组。
   相关代码：

apiVersion: v1
kind: Pod
metadata:
  name: mytest
spec:
  containers:
    - name: percona
      image: percona
      volumeMounts:
        - mountPath: /var/lib/mysql
          name: mysql
      imagePullPolicy: IfNotPresent
      command:
        - /usr/bin/bash
        - -c
        - sleep 200000000
  volumes:
    - name: mysql
      hostPath:
        path: /data/mysql

5. 修复
   使用init-container挂载相同目录来修改目录权限解决。相关代码：

apiVersion: mysql.presslabs.org/v1alpha1
kind: MysqlCluster
metadata:
  name: my-cluster
spec:
  replicas: 2
  secretName: my-secret
  volumeSpec:
    hostPath:
      path: /data/mysql
      type: DirectoryOrCreate
  mysqlConf:
    innodb-buffer-pool-size: 1Gi
  podSpec:
    initContainers:
      - name: volume-permissions
        image: busybox
        securityContext:
          runAsUser: 0
        command:
          - sh
          - -c
          - chmod 750 /datea/mysqlk; chown 999:999 /data/mysql
        volumeMounts:
          - name: data
            mountPath: /data/mysql