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RSS订阅原创 R语言readLines函数
R语言逐行读取文件：con <- file(inFile, "r")lineCnt = 0while(1){ oneline = readLines(con, n = 1) if(length(oneline) == 0){ break } lineCnt = lineCnt+1}
2017-01-17 11:03:21
23189
原创 生物信息学QuantumClone软件使用
QuantumClone是根据等位基因频率VAF识别，考虑亚克隆基因型，识别肿瘤中的亚克隆的一个软件，其R packages网址为：https://cran.r-project.org/web/packages/QuantumClone/输入SNV_list格式如下：今天自己用了一下，是这样处理的：library(QuantumClone)sim <- read.ta
2017-01-16 20:09:28
521
原创 R语言read.table函数
read.table(file, header = FALSE, sep = "", quote = "\"'", dec = ".", numerals = c("allow.loss", "warn.loss", "no.loss"), row.names, col.names, as.is = !stringsAsFactors,
2017-01-12 16:09:27
22925
原创 昨天写的关于处理LBLGXE的一段R程序
LBLprocess <- function(inputFile, rootDir){ dt <- read.table(inputFile, colClasses = "character") cov <- sample(c(0, 1), dim(dt)[1], replace = T) vec <- matrix(0, dim(dt)[1], 202) for(i in 1:dim(
2017-01-09 19:12:57
358
原创 R语言字符串处理相关
> str nchar(str) = 6nchar函数算的是字符的个数length(str) = 1length函数算的是向量的长度> str[1]"string"这里并没有显示's'要想得到's','t'这些可以这样做：> s >s[[1]][1]"s"
2017-01-09 19:07:10
427
原创 单体型软件LBLGXE用法
#file.rda文件中的变量名就是LBL函数的第一个参数LBL.data#运行结果out.LBL有7个指标（BF，OR，CI.OR，freq，CI.freq，CI.lambda，CI.D），将它们都写入res.txt中load("file.rda")library(hapassoc)library(dummies)library(LBLGXE)out.LBL
2017-01-09 18:55:18
569
原创 mysql中查询某个数据库的username
mysql> use mysql;mysql> select use,host from mysql;
2017-01-09 15:49:42
2093
原创 R语言.rda格式文件
R语言中的.rda文件是rdata的简写，可用RStudio打开也可以输入命令load(".rda文件绝对路径名")加载生成.rda文件：save(data, file = "example.rda")
2017-01-09 10:18:52
21093
原创 MySQL创建数据库
第一次接触到项目中用到数据库，所以把步骤记录下来。打开MySQL 5.6 Command Line Client1、创建数据库mydbmysql> CREATE DATABASE mydb;2、选择刚刚创建的数据库mysql> USE mydb;Database changed这就进入刚才创建的数据库mydb中了。3、执行sql文件使用source命令执行m
2017-01-09 09:38:39
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原创 linux下GD-Graphics-library中的GD-1.18安装总结
今天在安装BreakDancer的过程中花了好长时间在CentOS下安装GD，安装步骤如下：tar -zvxf GD-1.18.tar.gzcd GD-1.18perl Makefile.PLmakemake install主要卡在了make这一步1、需要几个相关的库：如lfreetype，libgd等，这些可以直接通过apt-get install(Ubuntu)
2016-12-20 21:19:04
3209
原创 近似误差与估计误差
Assume h is a function from some fixed function class H. Thenexcess error = estimation error + approximation errorEstimation error measures how far h is from the optimal within H. The approximatio
2016-11-23 10:06:29
5252
原创 感知器Perceptron Learning Algorithm
读了李航的《统计学习方法》后，用Java简单实现了感知器的代码，输入数据就是例子里面的三个点。public class Main{ public static void main(String args[]){ int n = 3; int [][]x = {{3, 3}, {4, 3}, {1, 1}}; int []y = {1, 1, -1}; int []w =
2016-11-22 17:24:15
468
转载 自旋锁spinlock
1、自旋锁spinlock自旋锁广泛应用于多处理器多线程场景中，线程通过busy-wait-loop的方式获取锁，在任一时刻，只有一个线程可以获得锁，其他线程需要忙等待直到获得锁。通常情况下，要求spinlock的临界区尽量简短，且临界区中不能有显示或隐式的系统调用。2、与mutex的对比spinlock不会导致线程的状态发生切换（用户态->内核态）；mutex获取不到锁时会选择sle
2016-11-15 17:27:42
172
转载 C/C++的类型安全
类型安全的代码不会视图访问没被授权的内存区域。类型安全的编程语言指的是其提供保障类型安全的机制；类型安全的程序指的是该程序没有隐含类型错误。1、C语言的类型安全C语言只在局部上下文中表现类型安全，例如试图将一种类型的指针转换成其他类型的指针时，编译器会报错，除非使用显示类型转换。例1、printf输出格式void main(){printf("%d\n", 10);//程序输出
2016-11-14 22:47:06
625
转载 MySQL主从复制架构
转载于http://www.cnblogs.com/mindwind/p/4973635.html原生复制架构MySQL 的原生复制架构原理如上图所示。从库的 I/O Thread 线程负责不断读取主库的 binlog 日志文件并写入本地的 Relay log 临时缓存。从库的 SQL Thread 线程则不断读取 Relay log 重放事件入库。整个过程看起来是
2016-11-14 21:52:21
251
原创 java对象输入输出流
ObjectInputStream和ObjectOutputStream节点流、非缓冲流、顺序文件读对象：类型名 read首字母大写类型名()public final Object readObject() throws OptionalDataException, ClassNotFoundException, IOException写对象：write首字母大写类型名()pu
2016-11-14 11:11:25
431
原创 java文件操作
1、字节输入流io包抽象基类InputStreamFileInputStreamPipedInputStream |--PushbackInputStreamFilterInputStream——|--BufferedInputStreamObjectInputStream |--DataInputStreamSequenceInputStream By
2016-11-14 09:54:13
192
原创 并查集
并查集是一种树型数据结构。由一个整型数组和两个函数构成。数组pre[i]表示节点i的父节点，两个基本操作有查找findRoot和合并union。递归实现查找：int findRoot(int r){ if(r == pre[r]) return r; return findRoot(pre[r]);}查找并压缩路径：int findAndCompres
2016-11-10 16:12:14
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原创 POJ Problem 2406 Power Strings
定义两个字符串a*b是它们的串联，字符串的非负指数为：a^0 = ""，a^(n+1) = a*a^n。现给定一个字符串s，求最大的指数n使得s=a^n。定理：假设s的长度为len，则s存在循环子串，当且仅当len可以被len-next[len]整除，最短循环子串为s[len-next[len]]例子证明：设s=q1q2q3q4q5q6q7q8，next[8] = 6，此时
2016-11-08 21:32:33
172
原创 java中compareTo方法详解
int java.lang.String.compareTo(String anotherString)Compares two strings lexicographically. The comparison is based on the Unicode value of each character in the strings. The character sequence re
2016-11-07 14:56:50
3686
原创 Java图形界面学习
import java.awt.*;import java.awt.event.*;public class Main extends WindowAdapter{ Frame f; T wt1, wt2; public class T extends Thread implements ActionListener{ Panel p; TextField tf; Button b
2016-11-07 11:45:43
313
原创 POJ Problem 1017 Packets
某个工厂生产的产品都是正方体，大小分别为1*1, 2*2, 3*3, 4*4, 5*5, 6*6，现将这些产品装进大小为6*6的包裹中，求最少需要多少个这样的包裹？贪心法：对于6*6，5*5和4*4的物品，一个包裹只能装一个；3*3的物品，一个包裹最多能装4个；2*2的物品，一个包裹最多可以装9个；1*1的物品，一个包裹最多能装36个。import java.util.Scanner;p
2016-11-06 16:40:28
305
原创 POJ Problem 2533 Longest Ordered Subsequenc
求最长递增子序列的长度动态规划法，算法复杂度为O(nlogn)#include #include #include #include using namespace std;int main(){ int n; cin >> n; vector arr(n, 0); for(int i = 0; i < n; ++i) cin >
2016-11-06 15:38:05
203
原创 关于Java 变量
1、Java中的所有对象均自动存储在堆上，当只声明一个类的对象时，只是创建了一个引用，并没有为该对象分配内存空间，必须使用new()。2、Java不同于C/C++，不需要提前声明（forward declaration），标识符（类和方法名称）可以在源文件中自动识别。//Main.javapublic class Main { public static void main(S
2016-11-03 22:27:51
268
原创 POJ Problem 3278 Catch That Cow
John在位置N处，奶牛在K处，John每次只能有以下两种移动方式：walking和teleportingWalking：在一个单位时间里John可以从X处移动到X-1或X+1。Teleporting：在一个单位时间里John可以从X处移动至2*X。假设奶牛的位置不变，求John移动到奶牛所在位置所需的最短时间。主要方法：用队列进行宽度优先搜索BFS，同时用一个数组标记已经访问过的
2016-11-03 17:35:09
236
转载 线段树
转载于http://blog.csdn.net/metalseed/article/details/8039326一：线段树基本概念1：概述线段树，类似区间树，是一个完全二叉树，它在各个节点保存一条线段（数组中的一段子数组），主要用于高效解决连续区间的动态查询问题，由于二叉结构的特性，它基本能保持每个操作的复杂度为O(lgN)!性质：父亲的区间是[a,b],(c
2016-11-01 19:55:41
276
原创 POJ Problem 1664 放苹果
递归：fun(m, n)表示m个苹果，放在n个盘子上有多少种方法，则n（1）至少有一个盘子上没有放苹果，即为fun(m, n-1)；（2）所有盘子都有苹果，然后从每个盘子上拿走一个苹果，即为fun(m-n, n)故fun(m, n) = fun(m, n-1) + fun(m-n, n)import java.util.Scanner;public class Main{
2016-11-01 16:10:02
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原创 POJ Problem 1088 滑雪
将高度从低到高排序，依次计算路径长度：（1）对于最小的高度而言，由它结束的最长路径是1；（2）对于任意一个高度而言，由它结束的路径最大长度是其周围（上、下、左、右）比它小的高度的最长路径值加1的最大值。如果周围没有比它小的，则其最大路径为1。#include#include#includeusing namespace std;struct Data{ int num,
2016-10-31 19:11:49
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原创 POJ Problem 3910 GCD Determinant
import java.util.Scanner;public class beta { public static long det(int n){ long ans = n; for(int i = 2; i*i <= n; ++i){ if(n%i == 0){ ans = ans/i*(i-1); while(n%i == 0)
2016-10-31 16:02:02
355
原创 POJ Problem 3910 Build Your Home
给定多边形的各个顶点，求该多边形的面积。选多边形的任意一个顶点作为原点，它与任意相邻的两个顶点可构成一个三角形，而三角形面积可由三个顶点构成的两个平面向量的外积求得。任意多边形的面积公式为：import java.io.*;import java.lang.Math;import java.util.Scanner;class Point{ public do
2016-10-29 10:30:50
315
原创 POJ Problem 3941 Expected Allowance
现有n个m面的骰子，Ujisato要掷这些骰子，他所获得的钞票数是这些骰子的点数之和减去k。而且即使点数之和小于k，Ujisato也能得到一张钞票。假设骰子的每一面的点数为1到m，投得每一面的概率是相等的。动态规划思想：设dp[i%2][j]表示投第i（0#include#include#include#includeusing namespace std;int main(
2016-10-26 11:38:52
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原创 浅析Java接口与抽象类的区别
Java中接口interface和抽象类abstract class很相近，从某种意义上说，接口可以看做“多重继承”。但是两者之间还是有很大的区别的。接口中的方法一定均为抽象方法，且一般情况下，接口中不含变量，也不能有静态方法。抽象类中至少有一个抽象方法就可以了，而且抽象类中允许有各种类型的成员变量，也可以有静态方法。接口是对行为的抽象，实现的是“has a”的关系。抽象类是对事物
2016-10-25 22:19:37
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原创 POJ Problem 1089 Intervals
给定一系列闭区间[a, b]，将重叠的区间合并，输出最少数目的区间。思路：将这些区间按照起点升序排列，然后依次判断当前区间是否与前一个区间重叠，如果重叠，更新前一个区间；如果不重叠，输出前一个区间。#include#include#includeusing namespace std;struct Interval{ int start; int stop;};boo
2016-10-25 17:44:44
236
原创 POJ Problem 3931 Classmates题解
类似于约瑟夫环问题，输入Mike的编号m和在环中剩余的人数k（包含Mike），求解Mike最少有多少名同学。#includeusing namespace std;typedef long long LL;LL joseph(LL m, LL k){ if(m == 1) return 2*k-1; else if(m%2 == 0){ LL n
2016-10-25 15:20:28
228
空空如也
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