质谱分析生成的原始文件vendor,多数以.raw(特别是Thermo fisher)为主,作为standand format。作为一种质谱分析的收费垄断手段。
作为民间的屌丝格式,mzxml以其免费转化为用户广泛使用。
.raw到mzxml格式成为了逃脱收费的必通之路。
windows下实现msconvert并不难实现,可是巧了,手边没有windows成为了我的致命伤。
于是用了一个周末的时间,重新抄起了自己的wine。
直接进入正题,wine运行Proteowizard并不难,因为有linux版本,链接略,可以自行查阅。
难的是,一般linux默认都是x64架构,而x64一直诟病于对Framework的支持。
然而运行MSConvert(msconvet的GUI )又必须至少Dotnet452以上。Windows proteowizard的安装包安装需要运行dotnet35。 但是winetricks有个bug,那就是dotnet35无法正确,因为其和必须安装的dotnet20相冲突。。。
好吧现在来讲下我的解决方案:
首先新建win32架构的wine
export WINEARCH=win32
export WINEPREFIX=./wine32
wineboot -u
新建好后,使用wine-mono进行安装软件(注意不要着急安装dotnet,因为wine默认在安装dotnet时卸载mono)
env WINEPREFIX=~/.wine32 wine msiexec /i direction_of_mono.msi
安装好后安装必要的vcrun (记得不要忘记安装vcrun2015)
env WINEPREFIX=~/.wine32 winetricks vcrun2003 vcrun2005 vcrun2008 vcrun2010 vcrun2012 vcrun2013 vcrun2015
最后安装dotnet,注意一定要直接安装dotnet46,因为不然会发生各种bug,(不要问我怎么知道的。。。)
env WINEPREFIX=~/.wine32 winetricks dotnet46
好了&#