动态规划之最长公共子序列问题 C++实现

动态规划之最长公共子序列问题 C++实现

原理

在之前的文章当中，作者论述了什么是动态规划，这次，我们来看看，如何用动态规划解决最长公共子序列问题。

这个问题经常运用在判断两种生物的相似度----DNA比对上。对比俩串的方式有很多种，例如如果一个串是另一个的字串，那么可以说两个串是相似的：如果将一个串转换为另一个串的操作很少，那么也可以说这两个串是相似的。另一种衡量俩串$S_1,S_2$的相似度方式为：寻找第3个串$S_3$，它的所有元素也都出现在$S_1$和$S_2$中，且在三个串中出现的顺序都相同，但在$S_1,S_2$中不要求连续出现。我们将最后一种相似的概念描命名最长公共子序列问题。

其形式化定义如下：给定一个序列$X=⟨x_1,x_2\dots ,x_m⟩$，另一个序列$Y=⟨y_1,y_2,\dots ,y_k⟩$满足如下条件时成为$X$的子序列（sunsequence），即存在一严格递增的$X$的下标序列$⟨i_1,i_2,\dots ,i_k⟩$，对所有$j=1,2,\dots ,k$满足${}_{i_j}=z_j$。例如，$Z=⟨B,C,D,B⟩$是$X=⟨A,B,C,B,D,A,B⟩$的子序列，对应的下标为$⟨2,3,5,7⟩$。
给定一个序列$X=⟨x_1,x_2\dots ,x_m⟩$，对$i=1,2,\dots ,k$，定义$X$的第$i$前缀为$X_i=⟨x_1,x_2\dots ,x_i⟩$。

刻画最长公共子序列的特征

$LCS$的最优子结构：令$X=⟨x_1,x_2\dots ,x_m⟩$和$Y=⟨y_1,y_2,\dots ,y_n⟩$为两个序列，$Z=⟨z_1,z_2,\dots ,z_k⟩$为$X$和$Y$的任意$LCS$。
1.如果$x_m=y_n$，则$z_k=x_m=y_n$且$Z_{k-1}$是$X_{m-1}$和$Y_{n-1}$的一个$LCS$。
2.如果$x_m\ne y_n$，则$z_k\ne x_m$且$Z$是$X_{m-1}$和$Y$的一个$LCS$。
3.如果$x_m\ne y_n$，则$z_k\ne y_n$且$Z$是$X$和$Y_{n-1}$的一个$LCS$。

一个递归解

我们定义$c[i,j]$表示$X_i$和$Y_j$的$LCS$的长度。则根据$LCS$问题的最优子结构性质，可得如下公式：
$$c[i,j]=\{\begin{array}{cc}0& ifi=0orj=0\\ c[i-1,j-1]+1& ifi,j>0and{x}_i=y_j\\ max(c[i,j-1],c[i-1,j])& ifi,j>0and{x}_i\ne y_j\end{array}$$

源代码

#include <iostream>
#include <utility>
#include <vector>
#include <string>

using namespace  std;

//ACCGTCGAGTGCGCGGAAGCCGGCCGAA & CTCGTTCGGAATGCCGTTGCTCTGTAAA
string temp_strX = { "#ACCGTCGAGTGCGCGGAAGCCGGCCGAA" }, temp_strY = { "#CTCGTTCGGAATGCCGTTGCTCTGTAAA" }; 

//Memoized of Lcs
pair<vector<vector<int>>,vector<vector<int>>> Lcs_Length(const string &temp_strX, const string &strY) {
	auto temp_m = temp_strX.size() - 1, temp_n = temp_strY.size() - 1;
	vector<vector<int>> temp_VecB, temp_VecC;

	temp_VecB.resize(temp_m + 1);
	temp_VecC.resize(temp_m + 1);

	for(auto &i : temp_VecB) {
		i.resize(temp_n + 1);
	}
	for(auto &i : temp_VecC) {
		i.resize(temp_n + 1);
	}

	for(auto i = 1; i <= temp_m; ++i) {
		temp_VecC[i][0] = 0;
	}
	for(auto j = 0; j <= temp_n; ++j) {
		temp_VecC[0][j] = 0;
	}

	for(auto i = 1; i <= temp_m; ++i) {
		for(auto j = 1; j <= temp_n; ++j) {
			if(temp_strX[i] == temp_strY[j]) {
				temp_VecC[i][j] = temp_VecC[i - 1][j - 1] + 1;
				temp_VecB[i][j] = -1;
			}
			else if(temp_VecC[i - 1][j] >= temp_VecC[i][j - 1]) {
				temp_VecC[i][j] = temp_VecC[i - 1][j];
				temp_VecB[i][j] = -2;
			}
			else {
				temp_VecC[i][j] = temp_VecC[i][j - 1];
				temp_VecB[i][j] = -3;
			}
		}
	}

	return make_pair(temp_VecC, temp_VecB);
}

//Print
void Print_Lcs(const vector<vector<int>> & temp_VecB, const string &temp_strX, const size_t &i, const size_t &j) {
	if(i == 0 || j == 0) {
		return;
	}

	if(temp_VecB[i][j] == -1) {
		Print_Lcs(temp_VecB, temp_strX, i - 1, j - 1);
		cout << temp_strX[i];
	}
	else if(temp_VecB[i][j] == -2) {
		Print_Lcs(temp_VecB, temp_strX, i - 1, j);
	}
	else {
		Print_Lcs(temp_VecB, temp_strX, i, j - 1);
	}
}

int main() {
	auto temp_pair = Lcs_Length(temp_strX, temp_strY);
	Print_Lcs(temp_pair.second, temp_strX, temp_strX.size() - 1, temp_strY.size() - 1);

	return 0;
}