大部分Unix内核是单块结构:每一个内核层都被集成到整个内核程序中,并代表当前进程在内核态下运行。而微内核操作系统只需要有一个很小的函数集,通常包括几个同步原语,一个简单的调度程序和进程间通信机制。运行在微内核之上的几个系统进程实现从前操作系统级实现的功能,如内存分配程序、设备驱动程序、系统调用处理程序等等。
关于操作系统的学术研究都是面向微内核的,但这样的操作系统一般比单块内核的效率低,因为操作系统不同层次之间显示的消息传递要花费一定的代价。不过,微内核操作系统比单块内核有一定的理论优势。微内核操作系统迫使系统程序员采用模块化的方法,因为任何操作系统层都是一个相对独立的程序,这种程序必须通过定义明确而清晰的软件接口与其他层交互。此外,已有的微内核操作系统可以很容易地移植到其他的体系架构上,因为所有与硬件相关的部分都被封装进微内核代码中,最后,微内核操作系统比单块内核更加充分的利用了RAM,因为暂且不需要执行的系统进程可以被调出或撤销。