省流版:用mamba安装graph-tool==2.40
历史失败方案
笔者尝试了很多方案,都以失败告终,包括但不限于:
- 按照官网的方式直接:
conda create --name openea python=3.6 graph-tool==2.40 -c conda-forge
- 在ssh终端上solving了半天,进程自杀Killed;
- 在本地尝试,报错
PackagesNotFound
;
- anaconda换源:
- 尝试过Tsinghua、bfsu、aliyun,都以失败告终,报错同上;
- apt-get方法:
- 用的是autodl提供的ssh服务,由于笔者不太懂原理,使用此方法过程中报错
403 forbidden
,这个方法也华丽丽地失败了。
- 用的是autodl提供的ssh服务,由于笔者不太懂原理,使用此方法过程中报错
参考文献:
ubuntu18.04下安装graph-tool
在pycharm里面安装graph-tool
最终成功方案
在亲爱的、伟大的、技艺高超的学姐的指导下,终于成功!
- anaconda换源:
- 因为不能确定换源会否影响安装,这里贴一下笔者的最终源,仅供参考:
channels:
- defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
- http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
- http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
- http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
custom_channels:
conda-forge: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
msys2: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
bioconda: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
menpo: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
pytorch: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
simpleitk: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
- 安装mamba:
conda install mamba -c conda-forge
ssh连服务器后安装得挺快的,但是本地上solving了很久,最后也成功安装了。总之耐心等一等。
- create env的同时安装graph-tool:
mamba create --name openea python=3.6 graph-tool==2.40 -c conda-forge
关于graph-tool的版本,强调如下:
笔者配置的为openea环境,官方要求graph-tool==2.29
,但是2.29版本配置后会在运行样例代码时狠狠报错:
ImportError: /root/miniconda3/envs/openea/lib/python3.6/site-packages/graph_tool/libgraph_tool_core.so: undefined symbol: _ZN5boost9iostreams4zlib6finishE
而新建了graph-tool==2.40
的版本可顺利执行样例代码。
所以关于graph-tool的版本,诸位酌情考虑,一个不行可以换个环境和版本试试。
至此,graph-tool就水灵灵地安装成功了!!
感谢学姐!感谢mamba!感谢世界!