graph-tool在anaconda上的安装和使用兼容问题-已解决

省流版:用mamba安装graph-tool==2.40


历史失败方案

笔者尝试了很多方案,都以失败告终,包括但不限于:

  • 按照官网的方式直接:
    • conda create --name openea python=3.6 graph-tool==2.40 -c conda-forge
    • 在ssh终端上solving了半天,进程自杀Killed;
    • 在本地尝试,报错PackagesNotFound
  • anaconda换源:
    • 尝试过Tsinghua、bfsu、aliyun,都以失败告终,报错同上;
  • apt-get方法:
    • 用的是autodl提供的ssh服务,由于笔者不太懂原理,使用此方法过程中报错403 forbidden,这个方法也华丽丽地失败了。

参考文献:
ubuntu18.04下安装graph-tool
在pycharm里面安装graph-tool

最终成功方案

在亲爱的、伟大的、技艺高超的学姐的指导下,终于成功!

  1. anaconda换源:
    • 因为不能确定换源会否影响安装,这里贴一下笔者的最终源,仅供参考:
channels:
  - defaults
show_channel_urls: true
default_channels:
  - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
custom_channels:
  conda-forge: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: http://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  1. 安装mamba:
conda install mamba -c conda-forge

ssh连服务器后安装得挺快的,但是本地上solving了很久,最后也成功安装了。总之耐心等一等。

  1. create env的同时安装graph-tool:
mamba create --name openea python=3.6 graph-tool==2.40 -c conda-forge

关于graph-tool的版本,强调如下:
笔者配置的为openea环境,官方要求graph-tool==2.29,但是2.29版本配置后会在运行样例代码时狠狠报错:

ImportError: /root/miniconda3/envs/openea/lib/python3.6/site-packages/graph_tool/libgraph_tool_core.so: undefined symbol: _ZN5boost9iostreams4zlib6finishE

而新建了graph-tool==2.40的版本可顺利执行样例代码。
所以关于graph-tool的版本,诸位酌情考虑,一个不行可以换个环境和版本试试。


至此,graph-tool就水灵灵地安装成功了!!
感谢学姐!感谢mamba!感谢世界!

评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值