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练习时长两年半的生信生
喜欢R,python,shell
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自动批量导出web of science检索结果
这是一个可以模拟点击鼠标操作来进行自动批量导出检索结果的python脚本原创 2023-12-17 00:09:46 · 531 阅读 · 1 评论 -
基于Astral利用单拷贝同源基因构建物种树
全网最简单:基于基因组构建物种树,一条命令,两种结果都有了!原创 2021-01-22 20:04:14 · 6264 阅读 · 2 评论 -
构建单拷贝同源蛋白系统发育树,一条命令提序列!
一条命令提取单拷贝同源蛋白序列!原创 2020-09-10 11:37:05 · 4176 阅读 · 2 评论 -
HMMER批量比对及结果处理
拿来立马可用的hmmer分析脚本,走过路过不要错过~原创 2020-09-04 21:34:06 · 16516 阅读 · 5 评论 -
统计基因组氨基酸频率-windows下可执行
一个统计基因组中氨基酸频率的小程序,windows下可执行忽略这随意的变量命名o(╯□╰)o#统计氨基酸频率#读取氨基酸序列get_file = input('输入文件名:')with open(get_file) as input_file: seq = [] for line in input_file: if line[0] != '>': seq.append(line.strip())seq1 = ''.join(seq)#统计氨基酸种类seq2 = set.原创 2020-07-10 11:32:44 · 1317 阅读 · 0 评论 -
提取大序列文件的子集
有时候需要比较大的序列里提取出它的子集,通常是根据序列号来操作的,上代码:#存入字典def read_to_dict(in_file): sequence = {} ac = '' seq = '' for line in open(in_file): if line.startswith('>') and seq != '': sequence[ac] = seq seq = '' if line.startswith('>'): ac = line.st原创 2020-06-16 09:58:23 · 357 阅读 · 0 评论