kaggle 入门系列翻译(六) RSNA 肺炎预测

https://www.kaggle.com/zahaviguy/what-are-lung-opacities

这篇从医学的角度来阐述检测图像的特征

这篇文章说比赛主要是检测肺浑浊而非肺炎,反正也是一种肺病吧。

Chest Anatomy

通常肺部的图片还包括很多部分,如血管、脂肪、心脏等。一个正常人的x光肺部图片如下:

在拍摄图像的过程中,x射线穿过身体到达另一侧的探测器。稀疏的组织,如充满空气的肺,不会吸收x射线,在图像中呈黑色。像骨骼这样的致密组织吸收x射线,在图像中呈现白色。简而言之:

  • 黑色:空气
  • 白色:骨骼
  • 灰色:组织或流体

X光的图片是转置的,如上图的L,肺部通常是透明的,但是上面的灰色部分主要是肋骨,气管血管和心脏。

看一下通常肺浑浊的X光图像:

浑浊区域的定义

不透明度是一个相当宽松的术语——“不透明度是指任何优先减弱x射线的区域,因此比周围区域显得更不透明。”它是一个非特异性的术语,并不表示异常的大小或病理性质。

意味着任何比正常情况下更白的区域都可以认为是浑浊区域。比如上述病人2相对于病人1肺的下半部分有明显变白。这个区域可以认为浑浊区域。

浑浊区域代表什么

通常肺部充满空气。当一个人患有肺炎时,肺部的空气会被其他物质——积液、细菌、免疫系统细胞等——所取代。这就是为什么肺中的混浊区域是灰色的,但应该是黑色的。当我们看到他们的时候,我们就知道那个区域的肺组织可能不健康。

下面是几幅图代表:

有些小的不透明块或者线是插在患者身上的仪器。

定位

大家可以看到,肺浊度不是均匀的它们没有一个清晰的中心或边界。我不认为你能正确地从整体中分割出混浊度因为没有明显的边界。然而,如果你能正确地分割肺部并过滤掉图像的其余部分,你就能创建一个清晰的肺部图像供你的神经网络处理(像数据清理一样干净,而不是肺炎或混浊)。之前有一篇翻译介绍使用u-net分割出肺部图像。

有效性

在胸片的解释中,放射科医生之间有一个已知的差异。Neuman et al.(2012)的一项研究中,放射科医生们对是否存在浸润(顾名思义就是混浊)的看法只有中等程度的一致。通过这次比赛的图片,我相信在不同的放射科医师中,带注释的盒子的存在和位置是不同的。

不确定性的肺部状态

在stage_1_train_label.csv中,该患者的“目标”值为0。这意味着他没有肺炎的诊断。

“还有一个二进制目标列,目标,指示肺炎或非肺炎”不理解什么意思。

不同种类的混浊(参见上面关于混浊的一般解释)。有些与肺炎有关,有些与肺炎无关。我们在病人3的图像中看到的是肺结节和肿块,它们被定义为“圆形的不透明,好或差定义”。结节和肿块的区别在于不透明度的大小。不幸的是,病人3他有多处肺部肿瘤,很可能是从另一个身体部位的侵袭性癌症转移的。

这两种患者的浑浊类型的主要区别在于不透明度的边界和形状,患者3有多个圆形,且浑浊的定义清晰。2号病人的肺和心脏边缘模糊,界限不清。这种模糊被称为肺浑浊。

肺不透明(画框区域)-胸片显示咳嗽和发烧的病人很可能患有肺炎

在缺乏临床信息、横向x光片和连续检查的情况下,我们必须做出假设

包括任何比周围区域更不透明的区域(Fleischner定义)

排除:明显肿块(es),结节(s),肺叶塌陷,线性肺不张

在标记为不正常/没有肺不透明的病例中,肺不透明指的是没有可疑的肺炎。其他非肺炎性混浊可能存在。此外,一些不正常的病例有细微的异常,需要训练有素的眼睛才能辨别。

肺炎的定义

Pneumonia

肺炎是一种由细菌、病毒或真菌引起的肺部感染。由于感染和身体的免疫反应,肺袋(称为肺泡)充满了液体而不是空气。与肺炎相关的肺混浊在胸片上呈弥漫性的原因是感染和积液在正常的肺气道内扩散。在感染停止的地方没有明确的界限。这与肿瘤等其他疾病不同,肿瘤与正常肺完全不同,肺内气道结构不正常。

 

患者4 -Ground-Glass Opacities:我们可以看到肺比应该的“更白”,但我们可以看到肺和心脏的大部分边界。Ground-Glass Opacities定义- *”在胸部x光片上,Ground-Glass Opacities表现为肺不透明度增加的模糊区域,通常很广泛,肺血管边缘可能不清楚。

病人5 -Consolidations :肺部有模糊区域,无法看到肺部和心脏的边界。Consolidations定义- *“Consolidations表现为肺实质衰减的均匀增加,模糊了血管和气道壁的边缘。”

肺炎病人一定会有肺浑浊,但是肺浑浊不一定是肺炎。

预测肺炎方式

可以考虑两种方法。最好的解决方案可能是两者的某种组合。

试着从元数据中预测“目标”,比如安•安东诺娃(Ann Antonova)关于数值数据的优秀内核实用EDA,或者茱莉亚•萨沃尔南(Giulia Savorgnan)的信息性数据泄漏:视图位置(PA/AP)问题。

我将尝试用神经网络从图像本身预测“目标”,而不依赖于不透明度盒子的预测。

与肺炎无关的浑浊

患者7右肺下部(右肺在图片左侧)高于正常图像,就是某个肺的下半部分都变成了白色。。这叫做胸腔积液。它是由肺外胸腔积液引起的。这使得胸部x光片上的肺看起来更小。

后面不知道为什么贴不了图了,大概意思误诊的还有可能是

心脏过大,导致血液有问题。

正片肺都是纯白的,因为各种原因,但比赛中都认为是肺浑浊。

大概就是这个意思

感觉单纯的翻译没什么提升。。以后不翻译了。。。

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