用tophat 将clear reads mapping 到植物基因组上

nohup /home/lixiangyong/software/tophat/tophat2 -p 8 -G /data/plant_genome/Lj3.0/Lj3.0_gene.gtf   -o tophat_output /data/plant_genome/Lj3.0/Lj3.0_genome  \*_1/R_R1.fastq_filtered_trimmed \*_2/R_R2.fastq_filtered_trimmed &

详情参见 

http://blog.sciencenet.cn/u/nsaa001

结果会在tophat_output 文件夹里面生成 accept_hits.bam 文件

将mapping上的reads合成为转录组数据

nohup cufflinkss -g /data/plant_genome/Lj3.0/Lj3.0_gene.gtf -o cufflinks_sample -p 16 accepted_hits.bam &

会在cufflink_sample 中输出4个文件  

genes.fpkm_tracking    isoforms.fpkm_tracking    skipped.gtf    transcripts.gtf