如何去除测序数据中的接头和低质量的reads？ 软件fastx

最新推荐文章于 2024-03-23 14:14:35 发布
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分类专栏： 生物信息学 文章标签： 生物信息 转录组
去除报错_转录组分析 | 使用trimgalore去除低质量的reads和adaptor
weixin_29093169的博客
12-16 3974
TCGA|GEO|文献阅读|数据库|理论知识R语言|Bioconductor| 服务器与Linux我前面已经介绍了转录组分析中利用fastqc这个软件来查看测序质量【文章：转录组分析 | fastqc进行质控与结果解读】，通过分析结果报告，我测序的数据还是可以的，但不管怎样，还是要清除一些不好的reads。这里我用trim-galore去除低质量的reads和ada...
fastx_toolkit去除测序数据中的接头和低质量的reads
dibiao4034的博客
12-08 2078
高通量测序数据下机后得到了fastq的raw_data，通常测序公司在将数据返还给客户之前会做“clean”处理，即得到clean_data。然而，这些clean_data是否真的“clean”呢？首先，我们应该做一下质控。如果质控不合格，就需要一些处理，比如去接头、去除量的reads。（1）去除测序数据中的接头(用到的是fastx_toolkit里面的fastx_clipper工具)：...
用cutadapt软件来对双端测序数据去除接头
热门推荐
vickyleexy's blog
08-29 1万+
转载于：http://www.bio-info-trainee.com/1920.html 一般来讲，我们对测序数据进行QC，就三个大的方向：Quality trimming， Adapter removal， Contaminant filtering，当我们是双端测序数据的时候，去除接头时，也会丢掉太短的reads，就容易导致左右两端测序文件reads数量不平衡，有一个比较好...
去除测序reads中的接头：adaptor
05-29 1590
之前用c写过一个程序，查找reads中是否包含了adaptor，如果检测到的话就过滤掉含有adaptor的reads，这次在过滤完数据之后发现接头序列比较多，为了提升组装效果，又不能很大地影响数据量，需要对接头进行截断处理，并过滤过短的reads，用python写了一个简短的程序，指定超过3个错配以内的匹配都认为匹配到，并且长度小于50bp的reads过滤，在以下程序基础上添加传入参数，...
reads去污染接头
weixin_30268071的博客
12-24 493
对于reads：一段一段的文件，比如说下面这个文件，它是四行一段的，我只想匹配每一段第一行末尾是1还是2，匹配是1的话，匹配第二行是否以ATCG开头或者结尾，如果是输出到一个文件，不是输出到另一个文件。匹配是2的话，匹配第二行是否以GCTA开头或者结尾，如果是输出到一个文件，不是输出到另一个文件。 @FCC36J1ACXX:1:1101:1218:2181#GATTAGTG/1 ...
去除fastq文件中不足四行的
weixin_41869644的博客
04-30 1060
1.下机的fastq文件中四行表示一个reads，但是有的reads 是不足四行的，需要我们去过滤这些reads并且也过滤掉第三行碱基数不等的。下面的python脚本专门处理该fastq文件。 #!/usr/bin/env python #-*- encoding=UTF-8 -*- import sys fa = open(sys.argv[1], "r") fb = open(sys.a...
生物信息学软件_高通量测序技术|生信的发展，常用数据格式及分析软件
weixin_39819152的博客
12-03 1921
WeDiscover发起基因检测技术经典书籍共读活动，第一季共读李金明教授的《高通量测序技术》，今天解读第四章前两节关于生物信息学的发展，常用数据存储格式及分析软件。随着高通量测序技术的快速发展，其已由实验室研究逐步应用于临床。高通量测序检测对临床患者的诊断、治疗及预后判断具有重要的指导意义。高通量测序检测流程可分为实验室操作(称为湿实验)和生物信息学分析(称为干实验)。高通量测序技术离...
FASTX-Toolkit
Doris_xixi的博客
09-11 3524
FASTX-Toolkit介绍 背景介绍 高通量测序数据下机后的原始fastq文件，包含4行，其中一行为质量值，另外一行则为对应序列，高通量的数据处理首先要进行质量控制，这些过程包括去接头、过滤低质量reads、去除低质量的3’和5’端，去除N较多的reads等，针对高通量测序数据的质控软件有很多，在此介绍质控工具：fastx_toolkit FASTX-Toolkit FASTX-To...
Linux系统进行RNA-seq分析（数据预处理）
weixin_43927366的博客
03-07 1607
提本案例数据来自GSE80565,本实验选取两组数据,SRR3418005,SRR3418006,SRR3418019,SRR3418020.
RNA-seq Review：RNA-seq数据分析
cfc424的博客
11-08 1万+
文献：RNA-seq数据分析最佳实践调查 本次阅读Genome Biology杂志2016年Online的RNA-seq数据分析方法的Review论文，题目为： A survey of best practices for RNA-seq data analysis 本文翻译来自该文章。 RNA是基因组和蛋白组的中间体，因此转录本的鉴定和定量是重要的生物学问题。该论文综述了RNA-seq项目中相关的各个步骤、每个步骤的局限、和其他组学的整合以及展望。 Note ： 从摘要中可以发现本文综述分为两部分（1）现
「数据质控」为什么read中会有5'接头
xuzhougeng blog
01-11 1621
通常而言测序的时候是不可能会测到5'接头，因为5'接头属于测序引物，我们测序是从5'到3', 整个插入片段测穿了也就是把3'接头测到而已。 测序片段 但在建库过程中其实有一定概率会出现引物自连现象，也就是接头后面连着接头。当我们研究miRNA时，由于miRNA-seq长度只有22 nt左右，而测序P5接头序列长度也是这个范围，那么在胶回收的时候，这种短片段就会一起被回收...
trimmomatic 去接头，处理reads
biolxy的博客
07-21 9127
nohup java -jar /home/lixiangyong/software/Trimmomatic/trimmomatic-0.36.jar PE -threads 2 -phred33 ./Sample_hua_20160524_CGTACG_L001_R1.fastq ./Sample_hua_20160524_CGTACG_L001_R2.fastq Sample_hua_2016
Trimmomatic对raw reads的去接头 赫尔过滤
biolxy的博客
07-22 2933
http://blog.sina.com.cn/s/blog_670445240101kq1r.html
fastq文件预处理（fastp和multiqc）
weixin_43927366的博客
03-23 2995
multiqc ..代表在当前文件夹生成报告--outdir(-o): 在指定的输出目录中创建报告。--title(-i): 报告标题。作为页面页眉打印，如果没有特别指定，则用于文件名。
生信工具 | 测序数据质控与过滤 - fqtrim
long_1998的博客
11-11 917
在这种情况下，只对包含基因序列的读段进行修剪处理，而保留用于标识的条形码读段是有意义的。注意：默认情况下，fqtrim 会查找并修剪每个读数 3'-end 处的 poly-A 和 5'-end 处的 poly-T，因此在不需要自动修剪 poly-A/T 时（如基因组测序），应使用。该程序可接收 FASTA 或 FASTQ 格式的序列数据作为输入（压缩或以 stdin 流的形式），并能以统一的方式处理 双端测序读段（即不分隔成对读段，并生成两个不同的成对读段输出文件，可选择压缩）。
fasta与fastaq的区别以及格式转换
XIUXIU179的博客
11-24 1万+
1.1）测序质量值 首先在了解fastq，fasta之前，了解一下什么是质量值。Phred 功能是处理测序仪直接生成的色谱图，给出相应的碱基和质量值。不同的测序仪会给出不同的色谱文件，Phred 能够识别三种格式的色谱文件，SCF, ABI 和预先处理的 ESD 格式。 碱基的测序质量值 Q 和此碱基出错的概率 Pe 相关。公式：Q = -10 log10( Pe )。phred软件在对reads进行base calling的时候会给出每一个碱基的质量值，这个质量值的计算与测序预期错误率相...
算法（一）截取reads的算法
生信了
10-18 2158
原创：hxj7 关键词：phred; trim; mott; NGS（二代测序）分析的起点往往是fastq文件。fastq文件其实就是一条条的记录，每个记录包含4行。其中比较重要的是第二行和第四行：第二行是测序得到的碱基序列，第四行是每个碱基相应的测序质量，测序质量越高代表该碱基被测错的概率越低，反之越高。 正因为二代测序是有一定的错误率的，所以我们在进行下游分析之前，常常要对fastq文件中的r...
生信学习笔记：测序数据质控
twocanis的博客
12-01 8800
文章目录测序数据质控1.原始数据统计2.质控数据统计 测序数据质控 Illumina 测序属于第二代测序技术，单次运行能产生数十亿级的reads，如此海量的数据无法逐个展示每条read的质量情况；运用统计学的方法，对所测序列进行统计和质控，可以从宏观上直观地反映出样本的文库构建质量和测序质量。 1.原始数据统计 1）原始数据获得 Illumina 平台通过将测序图像信号经CASAVA碱基识别(Base Calling)转换成文字信号，并将其以 fastq 格式储存起来作为原始数据。根据index序列区
RNA-Seq数据去接头(Adapter)
宁生信
06-04 1万+
1、adapter是一段短的序列已知的核酸链，用于链接序列未知的目标测序片段。 2、barcode，也称为index，是一段很短的寡居核酸链，用于在多个样品混合测序时，标记不同的样品。 3、insert是用于测序的目标片段，因为是包括在两个adapter之间，所以被称为“插入”片段。 一个常见测序片段类似与adapter--barcode--insert--adapter。测序开
fastq
最新发布
04-30
### FASTQ 文件格式简介 FASTQ 文件是一种用于存储生物序列及其对应质量分数的标准文件格式[^3]。它不仅包含 DNA 或 RNA 的核苷酸序列，还附加了每个碱基的质量评分信息（Quality Score），这使得 FASTQ 成为了高通量测序数据分析的重要组成部分。 #### FASTQ 文件结构 FASTQ 文件通常由四行一组的数据构成，每组代表一条读取记录： 1. **第一行**：以 `@` 开头，表示该条记录的标识符（ID）以及可选描述信息。 2. **第二行**：实际的核酸序列（如 ACGT...）。 3. **第三行**：以加号 `+` 开头，可能重复第一行的内容或为空。 4. **第四行**：与第二行对应的 ASCII 编码质量得分字符串。 例如： ``` @SEQ_ID GATTTGGGGTTCAAAGCAGTATCGATCAAATAGTAAATCCATTTGTTCAACTCACAGTTT + !''*((((***+))%%%++)(%%%%).1***-+*''))**55CCF>>>>>>CCCCCCC65 ``` 其中，ASCII 字符串中的每一个字符都映射到一个数值范围内的质量分值，用来评估相应位置上的碱基准确性[^3]。 --- ### 常见 FASTQ 文件处理工具 以下是几种常用的 FASTQ 文件处理工具： #### 1. Seqtk 工具 Seqtk 是一款轻便高效的命令行工具，适用于各种 FASTQ 和 FASTA 文件的操作。它可以完成诸如过滤、转换和统计等功能。 示例代码如下： ```bash # 将 fastq 转换为 fasta 格式 seqtk seq -A input.fastq > output.fasta ``` 此操作会移除 quality 部分并将原始序列保存下来[^2]。 #### 2. FastX Toolkit FastX Toolkit 提供了一系列针对 NGS 数据预处理的功能模块，其中包括但不限于修剪低质量末端、去除接头污染等重要步骤。具体而言， 通过运行下面这条指令能够生成关于输入样本的整体质量概况报告： ```bash fastx_quality_stats -i reads.fastq -o quality_report.txt ``` 上述脚本将帮助研究人员更好地理解他们的实验结果特性[^4]。 #### 3. SRA Toolkit (NCBI) 当用户并非亲自参与测序过程而是希望利用公共数据库资源时，则可以借助 NCBI 所开发出来的 SRA toolkit 来获取所需数据集。比如执行 prefetch 下载指定编号下的全部关联资料；而 fastq-dump 则进一步提取这些压缩包里的具体内容至本地磁盘作为纯文本形式存在以便后续分析工作开展[^1]: ```bash prefetch SRR8651554 fastq-dump --gzip --split-files SRR8651554.sra ``` --- ### 总结 综上所述，无论是从理论上认识什么是 FASTQ 还是在实践层面掌握各类实用型软件应用技巧方面都有所涉猎。对于初学者来说建议先熟悉基础概念再逐步深入学习高级功能实现细节部分。
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